More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3679 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2892  extracellular solute-binding protein  91.01 
 
 		 345 aa  638    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0042428 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3679  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 345 aa  708    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.520079  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0705  general L-amino acid-binding periplasmic protein  79.42 
 
 		 345 aa  572  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5283  extracellular solute-binding protein family 3  76.74 
 
 		 344 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19279  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4673  extracellular solute-binding protein  77.26 
 
 		 341 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4382  extracellular solute-binding protein  76.97 
 
 		 341 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.98504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2832  extracellular solute-binding protein family 3  56.41 
 
 		 353 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169864  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2558  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  57.31 
 
 		 338 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2549  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  57.14 
 
 		 350 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.216585  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2912  extracellular solute-binding protein  59.05 
 
 		 337 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.392971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1529  extracellular solute-binding protein  54.73 
 
 		 346 aa  411  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.202985 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3923  putative amino-acid ABC transporter, substrate-binding protein  57.86 
 
 		 338 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2071  extracellular solute-binding protein  54.97 
 
 		 344 aa  412  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0757625  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1705  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  55.32 
 
 		 340 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.402619 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1640  extracellular solute-binding protein  58.96 
 
 		 337 aa  402  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.521048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1602  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  57.32 
 
 		 336 aa  397  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.499841  normal  0.998345 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1760  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  54.46 
 
 		 341 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.186199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1108  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  55.36 
 
 		 341 aa  388  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3560  extracellular solute-binding protein  55.22 
 
 		 342 aa  391  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.801082 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02361  hypothetical protein  51.81 
 
 		 350 aa  384  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1563  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  54.17 
 
 		 341 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.519908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4546  extracellular solute-binding protein  55.03 
 
 		 336 aa  384  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.922143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6377  extracellular solute-binding protein family 3  52.1 
 
 		 337 aa  383  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1004  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  55.1 
 
 		 340 aa  382  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.670148  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003418  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  51.51 
 
 		 342 aa  380  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.49248  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5870  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  55.74 
 
 		 340 aa  376  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.297557 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0975  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  54.14 
 
 		 342 aa  377  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0561977  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2057  general L-amino acid-binding periplasmic protein precursor  51.05 
 
 		 342 aa  372  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.288114  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1113  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  53.16 
 
 		 340 aa  372  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1255  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  53.13 
 
 		 342 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2551  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  54.11 
 
 		 341 aa  368  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2818  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  50.32 
 
 		 337 aa  371  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2822  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  50 
 
 		 337 aa  370  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148614  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3701  extracellular solute-binding protein family 3  51.05 
 
 		 343 aa  367  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0229  extracellular solute-binding protein family 3  50 
 
 		 341 aa  364  1e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1406  extracellular solute-binding protein  48.52 
 
 		 339 aa  364  1e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3707  extracellular solute-binding protein  50.9 
 
 		 341 aa  363  2e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.371845 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3857  extracellular solute-binding protein family 3  50.45 
 
 		 343 aa  363  2e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.164094  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1072  extracellular solute-binding protein  51.64 
 
 		 342 aa  363  3e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0890  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.27 
 
 		 339 aa  362  4e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0948  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.27 
 
 		 339 aa  362  5.0000000000000005e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0233  extracellular solute-binding protein family 3  49.7 
 
 		 341 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4393  extracellular solute-binding protein  53.48 
 
 		 341 aa  357  1.9999999999999998e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1297  general amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  53.02 
 
 		 342 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3652  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.06 
 
 		 341 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0438  extracellular solute-binding protein  52.06 
 
 		 341 aa  356  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3563  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.06 
 
 		 341 aa  356  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3462  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.06 
 
 		 341 aa  356  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.117773  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4552  extracellular solute-binding protein  53.02 
 
 		 342 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3754  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.06 
 
 		 341 aa  356  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.248765  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4587  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.06 
 
 		 341 aa  356  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0741  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.52 
 
 		 343 aa  355  5.999999999999999e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0736  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.52 
 
 		 343 aa  355  5.999999999999999e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0904  extracellular solute-binding protein  53.02 
 
 		 342 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.700259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4428  extracellular solute-binding protein  52.7 
 
 		 342 aa  354  1e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.78571 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14100  putative amino acid-binding protein  51.75 
 
 		 341 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.111954  normal  0.0628834 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03126  predicted amino-acid transporter subunit  53.14 
 
 		 305 aa  352  5e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03077  hypothetical protein  53.14 
 
 		 305 aa  352  5e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2557  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  51.26 
 
 		 343 aa  352  8e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.584097  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1253  putative amino acid-binding protein  50.79 
 
 		 341 aa  351  1e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2984  extracellular solute-binding protein  53.5 
 
 		 367 aa  348  7e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47136 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0973  extracellular solute-binding protein  49.7 
 
 		 343 aa  347  1e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.846042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0120  extracellular solute-binding protein  49.85 
 
 		 342 aa  346  4e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2579  extracellular solute-binding protein  49.04 
 
 		 336 aa  330  2e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.171917  normal  0.200935 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4484  extracellular solute-binding protein  48.7 
 
 		 335 aa  328  8e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0793  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  49.52 
 
 		 341 aa  327  2.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2324  extracellular solute-binding protein  48.66 
 
 		 344 aa  327  3e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0740  extracellular solute-binding protein  49.19 
 
 		 356 aa  325  6e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4667  extracellular solute-binding protein family 3  45.82 
 
 		 364 aa  321  9.000000000000001e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.144935  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2522  family 1 extracellular solute-binding protein  49.19 
 
 		 355 aa  321  9.999999999999999e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1998  extracellular solute-binding protein  47.73 
 
 		 343 aa  321  9.999999999999999e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0338  extracellular solute-binding protein family 3  46.82 
 
 		 389 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000810551  normal  0.021176 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2946  extracellular solute-binding protein family 3  48.26 
 
 		 344 aa  320  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116907  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4005  extracellular solute-binding protein  48.11 
 
 		 389 aa  319  3.9999999999999996e-86  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1454  extracellular solute-binding protein  47.48 
 
 		 389 aa  319  6e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.758875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0715  extracellular solute-binding protein family 3  47.73 
 
 		 362 aa  318  1e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.337122 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1747  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, periplasmic substrate-binding protein  48.57 
 
 		 338 aa  315  9e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.913718  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2503  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  48.89 
 
 		 338 aa  315  9e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0393  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  48.25 
 
 		 338 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0323019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0627  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  45.9 
 
 		 338 aa  310  2e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.452411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0318  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transporter  48.05 
 
 		 338 aa  310  2e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.762797 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2136  extracellular solute-binding protein  46.69 
 
 		 339 aa  308  6.999999999999999e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204406 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0246  extracellular solute-binding protein  45.65 
 
 		 359 aa  306  4.0000000000000004e-82  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3606  extracellular solute-binding protein  46.2 
 
 		 345 aa  305  7e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020858 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2086  extracellular solute-binding protein family 3  46.6 
 
 		 363 aa  299  5e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.256894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2062  extracellular solute-binding protein family 3  46.6 
 
 		 363 aa  299  5e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4179  extracellular solute-binding protein family 3  44.3 
 
 		 350 aa  296  4e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0294  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  46.67 
 
 		 338 aa  296  4e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3988  extracellular solute-binding protein family 3  43.35 
 
 		 350 aa  291  1e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4094  extracellular solute-binding protein  42.73 
 
 		 339 aa  287  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0267267 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3397  hypothetical protein  46.01 
 
 		 345 aa  280  2e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.167886  normal  0.231083 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1695  extracellular solute-binding protein  43.65 
 
 		 411 aa  279  5e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0207768  hitchhiker  0.000479364 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1420  extracellular solute-binding protein  43.65 
 
 		 415 aa  279  7e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000217844  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0149  extracellular solute-binding protein  43.08 
 
 		 343 aa  277  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0394116  decreased coverage  0.0000000197566 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3587  extracellular solute-binding protein  43.81 
 
 		 345 aa  276  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0949603 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5881  extracellular solute-binding protein  40.38 
 
 		 345 aa  273  3e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7860  extracellular solute-binding protein family 3  38.26 
 
 		 341 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0779  extracellular solute-binding protein  40.32 
 
 		 350 aa  270  4e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14271  extracellular solute-binding protein  36.92 
 
 		 353 aa  269  5e-71  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0614  extracellular solute-binding protein  36.92 
 
 		 353 aa  269  5.9999999999999995e-71  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.11305  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>