More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0229 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_3701  extracellular solute-binding protein family 3  90.91 
 
 		 343 aa  660    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0233  extracellular solute-binding protein family 3  98.24 
 
 		 341 aa  698    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0229  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 341 aa  707    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3857  extracellular solute-binding protein family 3  90.62 
 
 		 343 aa  660    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.164094  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3707  extracellular solute-binding protein  84.75 
 
 		 341 aa  604  9.999999999999999e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.371845 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4587  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  85.04 
 
 		 341 aa  596  1e-169  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3563  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  84.75 
 
 		 341 aa  595  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3462  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  84.75 
 
 		 341 aa  595  1e-169  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.117773  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0438  extracellular solute-binding protein  84.75 
 
 		 341 aa  595  1e-169  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3652  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  84.75 
 
 		 341 aa  594  1e-169  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3754  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  85.04 
 
 		 341 aa  596  1e-169  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.248765  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03126  predicted amino-acid transporter subunit  86.56 
 
 		 305 aa  556  1e-157  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03077  hypothetical protein  86.56 
 
 		 305 aa  556  1e-157  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3560  extracellular solute-binding protein  71.55 
 
 		 342 aa  523  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.801082 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1072  extracellular solute-binding protein  70.67 
 
 		 342 aa  519  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1297  general amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  72.5 
 
 		 342 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4552  extracellular solute-binding protein  71.74 
 
 		 342 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0904  extracellular solute-binding protein  72.81 
 
 		 342 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.700259  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1255  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.37 
 
 		 342 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4428  extracellular solute-binding protein  71.88 
 
 		 342 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.78571 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0973  extracellular solute-binding protein  66.96 
 
 		 343 aa  482  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.846042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14100  putative amino acid-binding protein  63.96 
 
 		 341 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.111954  normal  0.0628834 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1253  putative amino acid-binding protein  64.38 
 
 		 341 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1004  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  61.29 
 
 		 340 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.670148  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02361  hypothetical protein  57.35 
 
 		 350 aa  426  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2549  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  59.53 
 
 		 350 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.216585  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003418  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  56.76 
 
 		 342 aa  421  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.49248  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6377  extracellular solute-binding protein family 3  59.38 
 
 		 337 aa  418  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2071  extracellular solute-binding protein  58.11 
 
 		 344 aa  420  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0757625  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1563  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  57.73 
 
 		 341 aa  418  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.519908  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1760  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  57.43 
 
 		 341 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.186199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2558  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  56.3 
 
 		 338 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5870  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  58.65 
 
 		 340 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.297557 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2832  extracellular solute-binding protein family 3  57.82 
 
 		 353 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169864  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1705  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  56.3 
 
 		 340 aa  409  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.402619 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2818  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  59.43 
 
 		 337 aa  410  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2822  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  59.12 
 
 		 337 aa  410  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2057  general L-amino acid-binding periplasmic protein precursor  56.8 
 
 		 342 aa  409  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.288114  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2912  extracellular solute-binding protein  57.18 
 
 		 337 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.392971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1108  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  56.56 
 
 		 341 aa  409  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3923  putative amino-acid ABC transporter, substrate-binding protein  56.6 
 
 		 338 aa  411  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1602  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  56.46 
 
 		 336 aa  410  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.499841  normal  0.998345 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1529  extracellular solute-binding protein  56.47 
 
 		 346 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.202985 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0975  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  55.29 
 
 		 342 aa  404  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0561977  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0120  extracellular solute-binding protein  54.82 
 
 		 342 aa  401  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1113  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  53.55 
 
 		 340 aa  399  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2551  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  58.36 
 
 		 341 aa  401  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0741  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  54.78 
 
 		 343 aa  393  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0736  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  54.78 
 
 		 343 aa  393  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4393  extracellular solute-binding protein  56.96 
 
 		 341 aa  394  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1406  extracellular solute-binding protein  53.8 
 
 		 339 aa  389  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2557  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  53.62 
 
 		 343 aa  391  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.584097  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4546  extracellular solute-binding protein  55.26 
 
 		 336 aa  390  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.922143  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0948  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  54.68 
 
 		 339 aa  387  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0890  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  54.68 
 
 		 339 aa  387  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1640  extracellular solute-binding protein  56.41 
 
 		 337 aa  378  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.521048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0705  general L-amino acid-binding periplasmic protein  53.33 
 
 		 345 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4673  extracellular solute-binding protein  54.29 
 
 		 341 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4382  extracellular solute-binding protein  54.6 
 
 		 341 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.98504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2579  extracellular solute-binding protein  53.75 
 
 		 336 aa  369  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.171917  normal  0.200935 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3679  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 345 aa  364  1e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.520079  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4484  extracellular solute-binding protein  53.33 
 
 		 335 aa  363  3e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2892  extracellular solute-binding protein  51.11 
 
 		 345 aa  360  1e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0042428 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2984  extracellular solute-binding protein  53.46 
 
 		 367 aa  357  1.9999999999999998e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47136 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2324  extracellular solute-binding protein  53.58 
 
 		 344 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2946  extracellular solute-binding protein family 3  52.52 
 
 		 344 aa  354  8.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116907  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5283  extracellular solute-binding protein family 3  52.06 
 
 		 344 aa  354  1e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19279  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1747  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.7 
 
 		 338 aa  352  5e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.913718  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0393  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  52.38 
 
 		 338 aa  351  1e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0323019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2503  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  49.85 
 
 		 338 aa  347  1e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3606  extracellular solute-binding protein  48.9 
 
 		 345 aa  346  4e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020858 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2136  extracellular solute-binding protein  51.57 
 
 		 339 aa  342  4e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204406 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0793  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  49.84 
 
 		 341 aa  335  7.999999999999999e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7860  extracellular solute-binding protein family 3  46.67 
 
 		 341 aa  334  2e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4005  extracellular solute-binding protein  47.65 
 
 		 389 aa  329  3e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0627  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  48.97 
 
 		 338 aa  329  5.0000000000000004e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.452411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1454  extracellular solute-binding protein  47.34 
 
 		 389 aa  328  1.0000000000000001e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.758875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1998  extracellular solute-binding protein  44.31 
 
 		 343 aa  327  3e-88  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0318  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transporter  51.76 
 
 		 338 aa  325  7e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.762797 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0338  extracellular solute-binding protein family 3  45.51 
 
 		 389 aa  319  3.9999999999999996e-86  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000810551  normal  0.021176 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0149  extracellular solute-binding protein  45.96 
 
 		 343 aa  316  4e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0394116  decreased coverage  0.0000000197566 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0715  extracellular solute-binding protein family 3  46.98 
 
 		 362 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.337122 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0294  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  50.16 
 
 		 338 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0246  extracellular solute-binding protein  45.06 
 
 		 359 aa  310  2e-83  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4179  extracellular solute-binding protein family 3  46.54 
 
 		 350 aa  309  5e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3988  extracellular solute-binding protein family 3  46.54 
 
 		 350 aa  308  8e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2062  extracellular solute-binding protein family 3  46.39 
 
 		 363 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0740  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 		 356 aa  306  2.0000000000000002e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2086  extracellular solute-binding protein family 3  46.39 
 
 		 363 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.256894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4094  extracellular solute-binding protein  43.99 
 
 		 339 aa  305  6e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0267267 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4667  extracellular solute-binding protein family 3  44.59 
 
 		 364 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.144935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2051  extracellular solute-binding protein  43.66 
 
 		 347 aa  300  2e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2522  family 1 extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 		 355 aa  299  5e-80  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0779  extracellular solute-binding protein  43.48 
 
 		 350 aa  296  3e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3587  extracellular solute-binding protein  43.99 
 
 		 345 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0949603 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12151  ABC transporter for amino acids, substrate binding protein  42.82 
 
 		 349 aa  290  3e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14271  extracellular solute-binding protein  40.46 
 
 		 353 aa  288  9e-77  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0614  extracellular solute-binding protein  40.46 
 
 		 353 aa  288  1e-76  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.11305  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1809  extracellular solute-binding protein  41.28 
 
 		 353 aa  285  8e-76  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5881  extracellular solute-binding protein  42.33 
 
 		 345 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>