More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3092 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3092  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
282 aa  585  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.559619  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2775  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  87.99 
 
 
283 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.550613  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2503  extracellular solute-binding protein  87.28 
 
 
283 aa  517  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5258  extracellular solute-binding protein family 3  68.36 
 
 
279 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.677856  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5536  extracellular solute-binding protein family 3  68.36 
 
 
279 aa  400  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.901177  normal  0.273691 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4546  extracellular solute-binding protein  68.52 
 
 
280 aa  398  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322856  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0965  extracellular solute-binding protein  73.05 
 
 
280 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000439884  n/a   
 
 
 
NC_008786  Veis_3379  extracellular solute-binding protein  34.46 
 
 
278 aa  151  8.999999999999999e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  35.48 
 
 
297 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  28.69 
 
 
286 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  29.05 
 
 
281 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0529  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.77 
 
 
277 aa  110  3e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.488243  hitchhiker  0.00197621 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5218  extracellular solute-binding protein  34.1 
 
 
290 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3082  glutamine/glutamate ABC transporter, periplasmic glutamine/glutamate-binding protein  35.24 
 
 
290 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.171544  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.9 
 
 
276 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0676  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.9 
 
 
276 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 
276 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.9 
 
 
276 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0094  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.9 
 
 
300 aa  108  1e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.546217  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.54 
 
 
276 aa  107  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0552  glutamine ABC transporter substrate-binding protein  25.54 
 
 
276 aa  107  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  30.96 
 
 
286 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.54 
 
 
276 aa  107  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.54 
 
 
276 aa  107  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 
275 aa  108  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
265 aa  107  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.54 
 
 
276 aa  107  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  25.54 
 
 
276 aa  107  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2941  extracellular solute-binding protein  34.7 
 
 
290 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.343687  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0228  extracellular solute-binding protein  34.42 
 
 
292 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.946575  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  30.54 
 
 
286 aa  107  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0999  bifunctional adhesin/ABC transporter aspartate/glutamate-binding protein  27.68 
 
 
259 aa  107  3e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.69 
 
 
284 aa  107  3e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  34.02 
 
 
277 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 
278 aa  106  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2669  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 
287 aa  106  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00514827  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 
246 aa  105  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0928  bifunctional adhesin/ABC transporter aspartate/glutamate-binding protein  27.31 
 
 
259 aa  104  2e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0467601  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  31.56 
 
 
250 aa  103  3e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3508  extracellular solute-binding protein family 3  30.86 
 
 
319 aa  102  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0893  bifunctional adhesin/ABC transporter aspartate/glutamate-binding protein  26.94 
 
 
259 aa  102  5e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.144905  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  27.88 
 
 
283 aa  102  9e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  29.54 
 
 
246 aa  102  9e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 
268 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0527  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.85 
 
 
273 aa  101  2e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000799284  normal  0.37581 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  29.71 
 
 
266 aa  99.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0779  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 
350 aa  98.6  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  30.61 
 
 
266 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1064  surface antigen, CjaA  27.67 
 
 
279 aa  97.4  2e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.433625  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 
268 aa  97.4  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0693  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding lipoprotein  25.67 
 
 
275 aa  97.8  2e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  30.29 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  30.29 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1001  CjaA protein  27.67 
 
 
279 aa  97.4  2e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  30.29 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.85 
 
 
247 aa  97.4  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0806  CjaA protein  28.1 
 
 
279 aa  97.1  3e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.834  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0448  extracellular solute-binding protein family 3  28.88 
 
 
298 aa  97.1  3e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.917749  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  28.78 
 
 
285 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3062  extracellular solute-binding protein family 3  29.3 
 
 
318 aa  96.7  4e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000243689 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  28.78 
 
 
266 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  28.78 
 
 
266 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  28.78 
 
 
266 aa  95.5  8e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  28.78 
 
 
266 aa  95.1  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0664  surface antigen, CjaA  28.24 
 
 
285 aa  95.1  1e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0251747  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  28.78 
 
 
266 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  28.78 
 
 
285 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 
260 aa  94  2e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0290  acriflavine resistance protein  29.15 
 
 
288 aa  92.8  5e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  32.03 
 
 
272 aa  92.8  6e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.85 
 
 
248 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.85 
 
 
248 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.85 
 
 
248 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.85 
 
 
248 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6294  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 
305 aa  92.4  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102459  normal  0.206297 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.85 
 
 
248 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.85 
 
 
248 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  28.85 
 
 
248 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.85 
 
 
248 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.99 
 
 
247 aa  92.4  8e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.08 
 
 
248 aa  92.4  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.08 
 
 
248 aa  92  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  30.86 
 
 
272 aa  92  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.08 
 
 
248 aa  92  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.08 
 
 
248 aa  92  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.08 
 
 
248 aa  92  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3707  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 
341 aa  91.7  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.371845 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  28.4 
 
 
275 aa  92  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 
268 aa  91.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  28.41 
 
 
257 aa  90.9  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  29.48 
 
 
272 aa  91.3  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3766  extracellular solute-binding protein family 3  26.59 
 
 
300 aa  91.3  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1224  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 
323 aa  90.9  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2098  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 
343 aa  90.5  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0603168  normal  0.126386 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 
274 aa  90.5  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3463  extracellular solute-binding protein family 3  29.43 
 
 
274 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.19 
 
 
248 aa  90.1  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0715  extracellular solute-binding protein family 3  28.38 
 
 
362 aa  89.7  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.337122 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  30.74 
 
 
272 aa  90.1  4e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4947  extracellular solute-binding protein family 3  28.23 
 
 
345 aa  90.1  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0229057  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>