More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5218 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5218  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 290 aa  584  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0228  extracellular solute-binding protein  85.67 
 
 		 292 aa  478  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.946575  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3082  glutamine/glutamate ABC transporter, periplasmic glutamine/glutamate-binding protein  80 
 
 		 290 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.171544  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2941  extracellular solute-binding protein  79.65 
 
 		 290 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.343687  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  58.89 
 
 		 286 aa  330  2e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  58.52 
 
 		 286 aa  328  6e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  51.25 
 
 		 283 aa  293  2e-78  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  54.25 
 
 		 297 aa  276  3e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0664  surface antigen, CjaA  48.23 
 
 		 285 aa  266  2e-70  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0251747  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0290  acriflavine resistance protein  45.07 
 
 		 288 aa  255  8e-67  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0806  CjaA protein  44.89 
 
 		 279 aa  251  7e-66  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.834  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1064  surface antigen, CjaA  44.53 
 
 		 279 aa  251  1e-65  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.433625  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1001  CjaA protein  44.53 
 
 		 279 aa  250  2e-65  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0693  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding lipoprotein  44.44 
 
 		 275 aa  249  3e-65  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2669  extracellular solute-binding protein  44.06 
 
 		 287 aa  244  9.999999999999999e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00514827  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  43.01 
 
 		 284 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0094  amino acid ABC transporter periplasmic protein  42.21 
 
 		 300 aa  218  6e-56  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.546217  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0448  extracellular solute-binding protein family 3  39.63 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.917749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  37.7 
 
 		 281 aa  181  1e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  38.72 
 
 		 281 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  37.82 
 
 		 286 aa  168  9e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  35.5 
 
 		 275 aa  158  9e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.58 
 
 		 276 aa  154  1e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0676  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.58 
 
 		 276 aa  154  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  34.59 
 
 		 276 aa  155  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.58 
 
 		 276 aa  154  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.21 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  33.21 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0552  glutamine ABC transporter substrate-binding protein  33.21 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  33.21 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  33.21 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.21 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  38.82 
 
 		 276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1245  amino acid  35.5 
 
 		 268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0529  amino acid ABC transporter periplasmic protein  34.38 
 
 		 277 aa  132  6e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.488243  hitchhiker  0.00197621 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0527  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.17 
 
 		 273 aa  129  5.0000000000000004e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000799284  normal  0.37581 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3951  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.43 
 
 		 280 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  31.92 
 
 		 275 aa  124  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0520  amino acid  30.74 
 
 		 270 aa  124  2e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  34.15 
 
 		 266 aa  122  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  31.97 
 
 		 275 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  34.32 
 
 		 258 aa  119  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0438  antigenic protein  30.13 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.657093  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  35.75 
 
 		 246 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  38.01 
 
 		 250 aa  115  7.999999999999999e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  35.78 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1512  extracellular solute-binding protein  32.88 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  31.15 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  33.18 
 
 		 263 aa  112  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3163  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 		 295 aa  112  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0813  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  30.17 
 
 		 271 aa  112  7.000000000000001e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  unclonable  0.000000000481343  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3092  extracellular solute-binding protein  34.23 
 
 		 282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.559619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1276  extracellular solute-binding protein  33.67 
 
 		 260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.581317 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1497  extracellular solute-binding protein family 3  31.09 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4667  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 269 aa  111  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  32.77 
 
 		 261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4307  family 1 extracellular solute-binding protein  32.43 
 
 		 292 aa  111  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 		 277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  34.13 
 
 		 261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2787  extracellular solute-binding protein family 3  30.33 
 
 		 275 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  31.6 
 
 		 266 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2022  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.61 
 
 		 748 aa  110  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 		 273 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  30.38 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  31.69 
 
 		 260 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  35.02 
 
 		 247 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2423  extracellular solute-binding protein  35.09 
 
 		 343 aa  109  5e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0450755  normal  0.051876 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36870  amino acid-binding protein  29.83 
 
 		 290 aa  109  6e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.567657  normal  0.765232 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  29.79 
 
 		 266 aa  109  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2503  extracellular solute-binding protein  33.64 
 
 		 283 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4525  extracellular solute-binding protein  32.6 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335654  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2775  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.18 
 
 		 283 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.550613  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  32.11 
 
 		 268 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6294  extracellular solute-binding protein  33.03 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102459  normal  0.206297 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3988  extracellular solute-binding protein family 3  31.4 
 
 		 350 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1935  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.83 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  31.3 
 
 		 260 aa  106  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 		 255 aa  106  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.87 
 
 		 269 aa  105  6e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3321  extracellular solute-binding protein family 3  34.67 
 
 		 259 aa  106  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  29.57 
 
 		 268 aa  105  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 		 265 aa  105  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1224  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 323 aa  105  7e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  35.59 
 
 		 271 aa  105  8e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.24 
 
 		 262 aa  105  9e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 268 aa  105  9e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 		 262 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  30.21 
 
 		 271 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.24 
 
 		 262 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0671  extracellular solute-binding protein family 3  30.34 
 
 		 283 aa  104  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159271  normal  0.167572 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3508  extracellular solute-binding protein family 3  29.77 
 
 		 319 aa  103  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 		 261 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0859  amino acid ABC transporter permease  31.25 
 
 		 990 aa  104  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0204986  normal  0.722319 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1036  amino acid ABC transporter permease  31.25 
 
 		 990 aa  104  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.328178 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  31.06 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.17 
 
 		 261 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  33.48 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3796  extracellular solute-binding protein family 3  32.18 
 
 		 281 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0150584  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5951  extracellular solute-binding protein family 3  35.23 
 
 		 276 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0245803  normal  0.0107841 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  32.07 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>