More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2775 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2775  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  100 
 
 
283 aa  585  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.550613  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2503  extracellular solute-binding protein  98.59 
 
 
283 aa  577  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3092  extracellular solute-binding protein  87.99 
 
 
282 aa  523  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.559619  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5536  extracellular solute-binding protein family 3  70.41 
 
 
279 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.901177  normal  0.273691 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5258  extracellular solute-binding protein family 3  71.21 
 
 
279 aa  403  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.677856  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0965  extracellular solute-binding protein  72.31 
 
 
280 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000439884  n/a   
 
 
 
NC_009620  Smed_4546  extracellular solute-binding protein  67.51 
 
 
280 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322856  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3379  extracellular solute-binding protein  34.08 
 
 
278 aa  149  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  34.1 
 
 
297 aa  118  9e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0676  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.79 
 
 
276 aa  113  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  27.92 
 
 
286 aa  113  3e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.79 
 
 
276 aa  113  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.79 
 
 
276 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.42 
 
 
276 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  26.42 
 
 
276 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.42 
 
 
276 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0552  glutamine ABC transporter substrate-binding protein  26.42 
 
 
276 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.42 
 
 
276 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.42 
 
 
276 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 
275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 
276 aa  110  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  34.29 
 
 
277 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  26.39 
 
 
281 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
265 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3082  glutamine/glutamate ABC transporter, periplasmic glutamine/glutamate-binding protein  33.48 
 
 
290 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.171544  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  33.61 
 
 
278 aa  106  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5218  extracellular solute-binding protein  33.18 
 
 
290 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2669  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 
287 aa  105  7e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00514827  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0529  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.53 
 
 
277 aa  105  9e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.488243  hitchhiker  0.00197621 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2941  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 
290 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.343687  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0228  extracellular solute-binding protein  33.49 
 
 
292 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.946575  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.83 
 
 
284 aa  104  2e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  30.33 
 
 
286 aa  103  5e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  30.33 
 
 
286 aa  102  7e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3508  extracellular solute-binding protein family 3  28.94 
 
 
319 aa  102  7e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  29.54 
 
 
246 aa  101  1e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  28.41 
 
 
283 aa  99.4  6e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 
268 aa  99  8e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0693  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding lipoprotein  27.1 
 
 
275 aa  98.6  9e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0779  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 
350 aa  98.2  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 
246 aa  98.2  1e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0527  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.4 
 
 
273 aa  96.3  4e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000799284  normal  0.37581 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 
260 aa  96.3  5e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0094  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.09 
 
 
300 aa  96.3  5e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.546217  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 
250 aa  95.9  6e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0664  surface antigen, CjaA  30.4 
 
 
285 aa  95.9  7e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0251747  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  30.12 
 
 
271 aa  95.5  8e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0999  bifunctional adhesin/ABC transporter aspartate/glutamate-binding protein  26.62 
 
 
259 aa  95.5  9e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  27.99 
 
 
285 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1064  surface antigen, CjaA  27.69 
 
 
279 aa  94  2e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.433625  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  28.57 
 
 
266 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  27.99 
 
 
266 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  28.57 
 
 
266 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1001  CjaA protein  27.69 
 
 
279 aa  94  2e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6294  extracellular solute-binding protein  32.3 
 
 
305 aa  94  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102459  normal  0.206297 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37210  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  28.74 
 
 
324 aa  93.6  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.734714  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0806  CjaA protein  27.69 
 
 
279 aa  93.6  3e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.834  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0448  extracellular solute-binding protein family 3  28.84 
 
 
298 aa  94  3e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.917749  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  28.22 
 
 
266 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  28.22 
 
 
266 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  28.22 
 
 
266 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3707  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 
341 aa  93.2  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.371845 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0928  bifunctional adhesin/ABC transporter aspartate/glutamate-binding protein  26.24 
 
 
259 aa  92.8  5e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0467601  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  27.61 
 
 
266 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3062  extracellular solute-binding protein family 3  27.78 
 
 
318 aa  92.4  7e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000243689 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0290  acriflavine resistance protein  29.27 
 
 
288 aa  92  9e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  29.75 
 
 
257 aa  92  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  27.61 
 
 
268 aa  91.3  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  27.61 
 
 
266 aa  92  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  27.61 
 
 
266 aa  91.3  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0893  bifunctional adhesin/ABC transporter aspartate/glutamate-binding protein  25.86 
 
 
259 aa  91.7  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.144905  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
268 aa  91.7  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  27.61 
 
 
266 aa  92  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.76 
 
 
247 aa  91.7  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1224  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 
323 aa  91.3  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0438  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 
341 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  27.61 
 
 
285 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3462  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.29 
 
 
341 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.117773  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3563  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.29 
 
 
341 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3652  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.87 
 
 
341 aa  90.9  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4587  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.87 
 
 
341 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  27 
 
 
271 aa  90.1  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3754  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.87 
 
 
341 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.248765  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3701  extracellular solute-binding protein family 3  28.92 
 
 
343 aa  89.7  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.09 
 
 
247 aa  90.1  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3766  extracellular solute-binding protein family 3  26.49 
 
 
300 aa  89.7  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 
272 aa  88.6  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3857  extracellular solute-binding protein family 3  27.21 
 
 
343 aa  88.2  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.164094  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  31.2 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
274 aa  88.6  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4441  extracellular solute-binding protein family 3  25.56 
 
 
299 aa  87.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  29.83 
 
 
272 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4947  extracellular solute-binding protein family 3  27.82 
 
 
345 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0229057  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  28.86 
 
 
276 aa  87.8  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.97 
 
 
248 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  32.42 
 
 
288 aa  87.4  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.97 
 
 
248 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.97 
 
 
248 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.97 
 
 
248 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.97 
 
 
248 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>