More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0232 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0232  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
248 aa  498  1e-140  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2392  extracellular solute-binding protein family 3  58.8 
 
 
255 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0360  extracellular solute-binding protein  57.09 
 
 
276 aa  291  5e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3587  extracellular solute-binding protein  59.91 
 
 
255 aa  290  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.100685 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1028  extracellular solute-binding protein  54.96 
 
 
250 aa  279  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1440  extracellular solute-binding protein  53.72 
 
 
273 aa  276  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.506156  normal  0.1259 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0187  extracellular solute-binding protein  54.08 
 
 
253 aa  272  4.0000000000000004e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.056665 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2369  extracellular solute-binding protein  54.31 
 
 
256 aa  266  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1500  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  50.81 
 
 
270 aa  262  4e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.238692  normal  0.502241 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2745  extracellular solute-binding protein family 3  50.81 
 
 
254 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5575  extracellular solute-binding protein  53.36 
 
 
254 aa  258  6e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.141446  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6014  extracellular solute-binding protein  53.81 
 
 
258 aa  255  5e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.794278  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4027  extracellular solute-binding protein  53.81 
 
 
258 aa  255  5e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4339  extracellular solute-binding protein  53.81 
 
 
258 aa  255  5e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3410  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  51.23 
 
 
255 aa  252  4.0000000000000004e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.214637 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4839  extracellular solute-binding protein  48.19 
 
 
250 aa  245  4e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000733894  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0776  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.22 
 
 
270 aa  203  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616971 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0854  extracellular solute-binding protein family 3  32.31 
 
 
251 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0178983  normal  0.218059 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  36.4 
 
 
264 aa  126  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  31.84 
 
 
247 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  35.27 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  34.66 
 
 
243 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0959  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  34.66 
 
 
243 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  34.66 
 
 
243 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  34.66 
 
 
243 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  34.66 
 
 
243 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  31.02 
 
 
247 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
254 aa  112  5e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  30.68 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  31.91 
 
 
271 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32 
 
 
493 aa  108  6e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  34.11 
 
 
284 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.05 
 
 
253 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  32.39 
 
 
242 aa  107  2e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1376  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.96 
 
 
243 aa  105  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  33.63 
 
 
727 aa  105  7e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  32.37 
 
 
252 aa  103  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  32 
 
 
266 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  32.24 
 
 
736 aa  103  4e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1594  extracellular solute-binding protein  37.42 
 
 
233 aa  103  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.50159  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  32 
 
 
266 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  32 
 
 
266 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.11 
 
 
513 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  35.9 
 
 
247 aa  102  8e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.89 
 
 
243 aa  101  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  31.84 
 
 
264 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  33.04 
 
 
243 aa  101  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  32.29 
 
 
264 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.89 
 
 
243 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  34.35 
 
 
243 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4712  arginine-binding periplasmic protein 2  29.72 
 
 
246 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00168872  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  34.35 
 
 
245 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4629  arginine-binding periplasmic protein 2  29.72 
 
 
246 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336124  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4769  arginine-binding periplasmic protein 2  29.72 
 
 
246 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.129317  normal  0.0665997 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.06 
 
 
244 aa  100  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.03 
 
 
250 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4748  arginine-binding periplasmic protein 2  29.72 
 
 
246 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00354956  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  33.04 
 
 
243 aa  100  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  34.35 
 
 
245 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4752  extracellular solute-binding protein family 3  29 
 
 
269 aa  100  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000170582  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  30 
 
 
263 aa  100  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  34.35 
 
 
243 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.76 
 
 
492 aa  100  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  34.35 
 
 
243 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  33.04 
 
 
243 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.04 
 
 
243 aa  100  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  33.04 
 
 
243 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4620  arginine-binding periplasmic protein 2  29.72 
 
 
246 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  33.04 
 
 
243 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.04 
 
 
243 aa  100  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.39 
 
 
264 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.85 
 
 
250 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 
266 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  33.04 
 
 
243 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 
266 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 
266 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  31.84 
 
 
258 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2075  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 
280 aa  99.8  4e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  31.39 
 
 
264 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0434  arginine-binding periplasmic protein 1  33.33 
 
 
246 aa  99.8  4e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.53 
 
 
284 aa  99.4  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  31.47 
 
 
250 aa  99.8  4e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  31.39 
 
 
264 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  31.39 
 
 
264 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.53 
 
 
264 aa  99.4  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.53 
 
 
264 aa  99.4  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.93 
 
 
250 aa  99.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.53 
 
 
264 aa  99.4  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.53 
 
 
264 aa  99.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.53 
 
 
264 aa  99.4  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.53 
 
 
264 aa  99.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.58 
 
 
250 aa  99  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.58 
 
 
250 aa  99  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1379  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.33 
 
 
243 aa  99  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.11 
 
 
266 aa  98.6  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  35.04 
 
 
247 aa  98.6  7e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.33 
 
 
248 aa  98.6  8e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.54 
 
 
250 aa  98.6  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.98 
 
 
264 aa  98.6  8e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 
272 aa  98.6  8e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>