More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1028 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1028  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 250 aa  500  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1440  extracellular solute-binding protein  97.2 
 
 		 273 aa  488  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.506156  normal  0.1259 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0187  extracellular solute-binding protein  77.87 
 
 		 253 aa  383  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.056665 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2392  extracellular solute-binding protein family 3  61.63 
 
 		 255 aa  326  3e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0360  extracellular solute-binding protein  61.98 
 
 		 276 aa  314  9e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3587  extracellular solute-binding protein  61.5 
 
 		 255 aa  300  1e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.100685 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0232  extracellular solute-binding protein  54.96 
 
 		 248 aa  279  3e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4839  extracellular solute-binding protein  52.94 
 
 		 250 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000733894  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1500  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  48.79 
 
 		 270 aa  241  9e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.238692  normal  0.502241 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3410  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  51.58 
 
 		 255 aa  240  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.214637 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2745  extracellular solute-binding protein family 3  49.19 
 
 		 254 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2369  extracellular solute-binding protein  50.21 
 
 		 256 aa  236  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5575  extracellular solute-binding protein  50.22 
 
 		 254 aa  235  6e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.141446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4027  extracellular solute-binding protein  47.53 
 
 		 258 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4339  extracellular solute-binding protein  47.53 
 
 		 258 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6014  extracellular solute-binding protein  47.53 
 
 		 258 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.794278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0776  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.32 
 
 		 270 aa  199  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.616971 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0854  extracellular solute-binding protein family 3  36.64 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0178983  normal  0.218059 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  34.22 
 
 		 257 aa  124  1e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  35.96 
 
 		 264 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  35.59 
 
 		 254 aa  122  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  35.59 
 
 		 254 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  32.47 
 
 		 247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  31.76 
 
 		 263 aa  119  6e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  34.94 
 
 		 247 aa  118  7.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  32.24 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  36.96 
 
 		 249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  31.06 
 
 		 247 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  34.17 
 
 		 247 aa  115  5e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  32.13 
 
 		 268 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  30.74 
 
 		 271 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  33.6 
 
 		 252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  36.69 
 
 		 251 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.47 
 
 		 251 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  33.85 
 
 		 260 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  33.62 
 
 		 242 aa  112  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3038  extracellular solute-binding protein  34.01 
 
 		 250 aa  112  8.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  31.4 
 
 		 245 aa  111  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  32.23 
 
 		 245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  34.39 
 
 		 247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  30.84 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  34.55 
 
 		 247 aa  109  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 		 266 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  32.59 
 
 		 247 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  35 
 
 		 246 aa  109  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  31.67 
 
 		 265 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  29.96 
 
 		 266 aa  107  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 		 272 aa  108  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4024  extracellular solute-binding protein  34.32 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.400278  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1758  extracellular solute-binding protein family 3  32.88 
 
 		 247 aa  107  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.809792  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.48 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  32.88 
 
 		 272 aa  107  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  34.89 
 
 		 246 aa  106  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3406  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.11 
 
 		 251 aa  106  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.940811  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  32.8 
 
 		 250 aa  106  4e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  32.14 
 
 		 266 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  28.39 
 
 		 265 aa  105  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 		 266 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 		 266 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4769  arginine-binding periplasmic protein 2  31.65 
 
 		 246 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.129317  normal  0.0665997 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4748  arginine-binding periplasmic protein 2  31.65 
 
 		 246 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00354956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4629  arginine-binding periplasmic protein 2  31.65 
 
 		 246 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336124  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4712  arginine-binding periplasmic protein 2  31.65 
 
 		 246 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00168872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  32.88 
 
 		 264 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2452  extracellular solute-binding protein family 3  31.6 
 
 		 259 aa  103  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  31.98 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  31.98 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.98 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  34.68 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3995  extracellular solute-binding protein family 3  31.42 
 
 		 263 aa  103  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0932187  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  34.23 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.33 
 
 		 258 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  32.43 
 
 		 264 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4620  arginine-binding periplasmic protein 2  31.22 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3903  extracellular solute-binding protein  34.25 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.754855  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  31.08 
 
 		 277 aa  102  4e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  29.63 
 
 		 252 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3742  extracellular solute-binding protein  33.8 
 
 		 261 aa  102  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  30.63 
 
 		 253 aa  102  6e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  31.7 
 
 		 264 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.22 
 
 		 493 aa  102  7e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.98 
 
 		 264 aa  102  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  32.43 
 
 		 264 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  31.98 
 
 		 264 aa  102  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  32.43 
 
 		 264 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  32.43 
 
 		 264 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  31.86 
 
 		 266 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  31.86 
 
 		 266 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  31.86 
 
 		 266 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  31.86 
 
 		 266 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  33.77 
 
 		 246 aa  101  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.86 
 
 		 266 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  32.14 
 
 		 266 aa  101  1e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  30.32 
 
 		 502 aa  101  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3547  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 		 263 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.171423  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  30.32 
 
 		 502 aa  101  1e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3233  extracellular solute-binding protein  32.51 
 
 		 263 aa  101  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.228634  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2600  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>