More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0854 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0854  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 
251 aa  503  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0178983  normal  0.218059 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1440  extracellular solute-binding protein  36.93 
 
 
273 aa  162  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.506156  normal  0.1259 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1028  extracellular solute-binding protein  36.93 
 
 
250 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0187  extracellular solute-binding protein  34.78 
 
 
253 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.056665 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0360  extracellular solute-binding protein  36.51 
 
 
276 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2392  extracellular solute-binding protein family 3  32.23 
 
 
255 aa  149  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2745  extracellular solute-binding protein family 3  34.68 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4839  extracellular solute-binding protein  34.65 
 
 
250 aa  146  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000733894  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0232  extracellular solute-binding protein  32.08 
 
 
248 aa  143  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1500  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  33.87 
 
 
270 aa  143  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.238692  normal  0.502241 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3410  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  33.6 
 
 
255 aa  142  5e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.214637 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5575  extracellular solute-binding protein  33.87 
 
 
254 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.141446  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2369  extracellular solute-binding protein  31.62 
 
 
256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3587  extracellular solute-binding protein  31.42 
 
 
255 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.100685 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4027  extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 
258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6014  extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 
258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.794278  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4339  extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 
258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0776  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.3 
 
 
270 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616971 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  30.5 
 
 
266 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  30.5 
 
 
266 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.5 
 
 
266 aa  99.8  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 
264 aa  96.3  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.17 
 
 
503 aa  96.3  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 
266 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 
266 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  29.67 
 
 
247 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 
266 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.57 
 
 
266 aa  91.3  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
266 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
266 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  28.08 
 
 
266 aa  90.5  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.06 
 
 
276 aa  90.1  3e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2912  glutamine ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.1 
 
 
277 aa  89  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.357027  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
259 aa  88.6  8e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
259 aa  88.6  8e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.09 
 
 
503 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0891  extracellular solute-binding protein family 3  28.17 
 
 
267 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 
264 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 
264 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0684  extracellular solute-binding protein family 3  28.38 
 
 
228 aa  87.8  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3903  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 
252 aa  87  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.754855  normal  0.154621 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.08 
 
 
248 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.08 
 
 
248 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.08 
 
 
248 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.08 
 
 
248 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  30.99 
 
 
283 aa  86.7  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.08 
 
 
248 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.08 
 
 
248 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.2 
 
 
247 aa  86.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  33.02 
 
 
281 aa  86.7  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 
255 aa  86.7  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.08 
 
 
248 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  31.08 
 
 
248 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05402  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  27.31 
 
 
280 aa  85.9  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  29.01 
 
 
271 aa  85.9  5e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  33.49 
 
 
286 aa  86.3  5e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.31 
 
 
264 aa  85.5  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.28 
 
 
248 aa  85.5  7e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1156  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.92 
 
 
248 aa  85.1  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3995  extracellular solute-binding protein family 3  34.14 
 
 
263 aa  85.1  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0932187  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.4 
 
 
248 aa  85.1  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.4 
 
 
248 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.57 
 
 
262 aa  84.7  0.000000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.2 
 
 
247 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.4 
 
 
248 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.6 
 
 
248 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5123  extracellular solute-binding protein family 3  34.13 
 
 
252 aa  84.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815904  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.4 
 
 
248 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
253 aa  85.1  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.4 
 
 
248 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1044  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.03 
 
 
244 aa  84  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 
267 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6374  extracellular solute-binding protein family 3  28.84 
 
 
278 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213399  normal  0.625492 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.4 
 
 
247 aa  84  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.6 
 
 
248 aa  84  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.78 
 
 
513 aa  84.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9241  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.68 
 
 
272 aa  83.6  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.2 
 
 
264 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.32 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.6 
 
 
244 aa  83.6  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7667  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.24 
 
 
279 aa  83.6  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 
270 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30 
 
 
248 aa  82.8  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  30.88 
 
 
285 aa  82.8  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  30.89 
 
 
257 aa  82.8  0.000000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3545  solute-binding family 3 protein  26.03 
 
 
263 aa  82.4  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3547  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 
263 aa  82.4  0.000000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.171423  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  27.14 
 
 
278 aa  82.4  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 
242 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6372  extracellular solute-binding protein family 3  27.57 
 
 
280 aa  82.4  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1946  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.25 
 
 
485 aa  82  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000538211  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1912  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.25 
 
 
485 aa  82  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000291813  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.1 
 
 
250 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1395  amino acid ABC transporter, permease/amino acid-binding protein, putative  32.81 
 
 
485 aa  82  0.000000000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3053  extracellular solute-binding protein  33.03 
 
 
244 aa  82  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000807518  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2179  extracellular solute-binding protein  30.62 
 
 
250 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.158318  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2389  extracellular solute-binding protein family 3  30.05 
 
 
260 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.68817  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>