More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3995 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3995  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 
263 aa  539  9.999999999999999e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0932187  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4186  extracellular solute-binding protein family 3  96.2 
 
 
263 aa  522  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0172  extracellular solute-binding protein family 3  82.88 
 
 
259 aa  445  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00460836  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0217  extracellular solute-binding protein family 3  83.27 
 
 
255 aa  435  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4191  extracellular solute-binding protein family 3  59.27 
 
 
269 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0112  ABC-type amino acid transport system, periplasmic component  44.78 
 
 
271 aa  192  4e-48  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  39.62 
 
 
502 aa  186  2e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  39.62 
 
 
502 aa  186  3e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002010  amino acid ABC transporter amino acid-binding portion  42.67 
 
 
248 aa  175  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000538879  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00441  ABC amino acid transporter periplasmic component  42.22 
 
 
248 aa  174  9e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2600  extracellular solute-binding protein  38.91 
 
 
252 aa  174  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2509  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.67 
 
 
248 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000936361  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3038  extracellular solute-binding protein  39.46 
 
 
250 aa  171  9e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0008  putative amino acid ABC transporter,substrate-binding protein  40.89 
 
 
250 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00216943  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1920  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  40.35 
 
 
252 aa  160  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.541755  hitchhiker  0.00384825 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3545  solute-binding family 3 protein  37.8 
 
 
263 aa  148  8e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3547  extracellular solute-binding protein  37.8 
 
 
263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.171423  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3233  extracellular solute-binding protein  37.96 
 
 
263 aa  145  5e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  35.93 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2908  cystine transporter subunit  33.19 
 
 
265 aa  133  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647057  normal  0.0539473 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  33.96 
 
 
270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  33.85 
 
 
266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.82 
 
 
264 aa  124  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  31.78 
 
 
256 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  31.78 
 
 
256 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.82 
 
 
264 aa  123  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  32.44 
 
 
264 aa  124  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 
266 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  31.65 
 
 
266 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  32.23 
 
 
266 aa  123  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 
290 aa  123  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.63 
 
 
266 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  31.97 
 
 
266 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  31.97 
 
 
266 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  32.1 
 
 
270 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  33.05 
 
 
266 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  31.35 
 
 
266 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  31.35 
 
 
266 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.35 
 
 
266 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  33.21 
 
 
266 aa  121  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.68 
 
 
264 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.06 
 
 
264 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.62 
 
 
267 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  31.1 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  33.21 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  31.68 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  31.68 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.68 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  31.68 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  32.57 
 
 
266 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 
266 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  32.57 
 
 
266 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  32.57 
 
 
266 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1926  solute-binding family 1 protein  34.48 
 
 
250 aa  118  9e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  30.92 
 
 
264 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 
259 aa  117  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 
259 aa  117  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  32.95 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  32.31 
 
 
266 aa  116  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  32.45 
 
 
266 aa  116  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  32.31 
 
 
285 aa  116  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  34.89 
 
 
265 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.48 
 
 
262 aa  116  3.9999999999999997e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  31.56 
 
 
266 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  33.18 
 
 
277 aa  116  5e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  31.92 
 
 
266 aa  115  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  32.06 
 
 
264 aa  115  6e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  31.97 
 
 
320 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  31.97 
 
 
315 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 
264 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 
264 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 
264 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 
264 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 
264 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  33.21 
 
 
257 aa  115  8.999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  32.58 
 
 
264 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.15 
 
 
266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  33.48 
 
 
266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  31.92 
 
 
285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.33 
 
 
257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3835  extracellular solute-binding protein family 3  33.77 
 
 
257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  34.62 
 
 
265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  31.54 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.33 
 
 
257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  32.18 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.9 
 
 
264 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  27.59 
 
 
264 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4163  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 
257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.33 
 
 
264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.33 
 
 
264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.33 
 
 
284 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.33 
 
 
264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.33 
 
 
264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.59 
 
 
264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.33 
 
 
264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.33 
 
 
264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  31.18 
 
 
266 aa  112  6e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7224  ABC transporter substrate binding protein (nopaline)  33.77 
 
 
257 aa  112  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  31.18 
 
 
266 aa  112  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>