More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3410 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3410  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  100 
 
 
255 aa  511  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.214637 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2369  extracellular solute-binding protein  69.7 
 
 
256 aa  331  9e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1500  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  64.96 
 
 
270 aa  330  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.238692  normal  0.502241 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2745  extracellular solute-binding protein family 3  65.08 
 
 
254 aa  330  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5575  extracellular solute-binding protein  69.2 
 
 
254 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.141446  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4027  extracellular solute-binding protein  70.22 
 
 
258 aa  322  4e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6014  extracellular solute-binding protein  70.22 
 
 
258 aa  322  4e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.794278  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4339  extracellular solute-binding protein  70.22 
 
 
258 aa  322  4e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0360  extracellular solute-binding protein  56.5 
 
 
276 aa  273  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2392  extracellular solute-binding protein family 3  52.23 
 
 
255 aa  263  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0232  extracellular solute-binding protein  51.23 
 
 
248 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3587  extracellular solute-binding protein  54.5 
 
 
255 aa  249  3e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.100685 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0187  extracellular solute-binding protein  52.04 
 
 
253 aa  245  4.9999999999999997e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.056665 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1028  extracellular solute-binding protein  51.58 
 
 
250 aa  240  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1440  extracellular solute-binding protein  51.13 
 
 
273 aa  239  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.506156  normal  0.1259 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4839  extracellular solute-binding protein  44.49 
 
 
250 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000733894  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0776  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.47 
 
 
270 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616971 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0854  extracellular solute-binding protein family 3  34.07 
 
 
251 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0178983  normal  0.218059 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  33.74 
 
 
247 aa  131  9e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  32.16 
 
 
257 aa  112  6e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  32.89 
 
 
284 aa  112  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  30.14 
 
 
247 aa  111  9e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.58 
 
 
253 aa  109  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.34 
 
 
250 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.34 
 
 
250 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.17 
 
 
250 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0959  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  33.48 
 
 
243 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.93 
 
 
250 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.93 
 
 
250 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  33.48 
 
 
243 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  33.48 
 
 
243 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  33.48 
 
 
243 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.93 
 
 
250 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  33.48 
 
 
243 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.93 
 
 
250 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 
264 aa  102  4e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  31.98 
 
 
263 aa  103  4e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  29.37 
 
 
254 aa  102  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.47 
 
 
250 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  33.33 
 
 
736 aa  100  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4712  arginine-binding periplasmic protein 2  32.39 
 
 
246 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00168872  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4748  arginine-binding periplasmic protein 2  32.39 
 
 
246 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00354956  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4769  arginine-binding periplasmic protein 2  32.39 
 
 
246 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.129317  normal  0.0665997 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 
266 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4629  arginine-binding periplasmic protein 2  32.39 
 
 
246 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336124  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0824  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
256 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.471601 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4024  extracellular solute-binding protein  32.08 
 
 
270 aa  99.8  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.400278  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  32.44 
 
 
264 aa  99.8  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  31.88 
 
 
266 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  31.88 
 
 
266 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  31.02 
 
 
243 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 
266 aa  99.4  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  31.78 
 
 
281 aa  99.4  5e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 
266 aa  99.4  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.88 
 
 
266 aa  99.4  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 
264 aa  98.6  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3406  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.59 
 
 
251 aa  97.8  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.940811  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 
264 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4620  arginine-binding periplasmic protein 2  31.98 
 
 
246 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 
266 aa  97.8  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 
264 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 
260 aa  97.8  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 
264 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  32.13 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  32.13 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.13 
 
 
243 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.36 
 
 
260 aa  97.8  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  32.13 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.05 
 
 
250 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.13 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32 
 
 
264 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  32.13 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.58 
 
 
264 aa  96.7  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.9 
 
 
260 aa  97.1  3e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.59 
 
 
250 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 
264 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.59 
 
 
250 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.28 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  31.28 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  31.67 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  30.61 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  30.09 
 
 
714 aa  96.7  4e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  31.28 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 
261 aa  96.3  4e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  30.92 
 
 
727 aa  95.9  6e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  29.22 
 
 
271 aa  95.5  6e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.58 
 
 
264 aa  95.9  6e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  30.81 
 
 
246 aa  95.5  7e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  31.53 
 
 
265 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 
264 aa  95.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  25.97 
 
 
513 aa  94.7  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1379  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.02 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0438  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  32.16 
 
 
480 aa  94  2e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.126368  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 
252 aa  94  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 
264 aa  93.6  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1376  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.82 
 
 
243 aa  93.6  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3355  extracellular solute-binding protein family 3  29.39 
 
 
261 aa  93.6  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  31.2 
 
 
243 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  31.2 
 
 
245 aa  92.8  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>