More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1758 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_1758  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 
247 aa  508  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.809792  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2548  extracellular solute-binding protein  61.6 
 
 
249 aa  308  5.9999999999999995e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.163495  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1571  extracellular solute-binding protein family 3  63.27 
 
 
249 aa  292  3e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0186  extracellular solute-binding protein  53.63 
 
 
251 aa  257  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3903  extracellular solute-binding protein  53.47 
 
 
252 aa  250  1e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.754855  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0805  extracellular solute-binding protein family 3  49.8 
 
 
247 aa  249  4e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.789569  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1361  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 
257 aa  198  6e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0031  extracellular solute-binding protein  44.35 
 
 
272 aa  188  5.999999999999999e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.246666  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0032  extracellular solute-binding protein  44.59 
 
 
276 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0210  hypothetical protein  39.76 
 
 
263 aa  181  1e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1664  extracellular solute-binding protein family 3  43.5 
 
 
294 aa  177  1e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0778  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  34.77 
 
 
247 aa  143  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2054  extracellular solute-binding protein  35.4 
 
 
258 aa  140  9.999999999999999e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.179486 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  34.27 
 
 
244 aa  135  8e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  32.66 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.87 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3406  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.43 
 
 
251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.940811  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0860  extracellular solute-binding protein family 3  32.17 
 
 
246 aa  123  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  36.36 
 
 
264 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  35.46 
 
 
264 aa  121  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1958  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter  35 
 
 
258 aa  121  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  32.02 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  35.96 
 
 
268 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  34.4 
 
 
246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.8 
 
 
250 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  33.94 
 
 
246 aa  118  7e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  34.94 
 
 
250 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  34.52 
 
 
253 aa  118  7.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  30.62 
 
 
250 aa  118  7.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.25 
 
 
254 aa  118  9e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  33.07 
 
 
254 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  33.87 
 
 
250 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.65 
 
 
513 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  31.23 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1824  extracellular solute-binding protein  31.91 
 
 
246 aa  116  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0824863  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  35.06 
 
 
264 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  34.09 
 
 
277 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  35.06 
 
 
264 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2793  extracellular solute-binding protein  32.55 
 
 
255 aa  115  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2289  extracellular solute-binding protein family 3  34.14 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.019267  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  34.25 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4610  extracellular solute-binding protein  31.89 
 
 
267 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.232439  hitchhiker  0.000666922 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  31.44 
 
 
285 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  34.04 
 
 
272 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  31.25 
 
 
266 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  31.25 
 
 
285 aa  113  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  34.98 
 
 
250 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0311  extracellular solute-binding protein  36.48 
 
 
248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127977  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  34.38 
 
 
265 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2287  extracellular solute-binding protein family 3  33.77 
 
 
248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000177355 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2056  extracellular solute-binding protein family 3  34.14 
 
 
257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00137642  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  34.98 
 
 
250 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 
264 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  31.52 
 
 
266 aa  112  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1440  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 
273 aa  112  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.506156  normal  0.1259 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  31.52 
 
 
266 aa  112  6e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3308  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 
248 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944301  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5241  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 
267 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.421239  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5618  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 
267 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138566  normal  0.0848132 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  31.13 
 
 
285 aa  111  9e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.59 
 
 
258 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  31.13 
 
 
266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5447  extracellular solute-binding protein  31.1 
 
 
267 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.111655  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  31.25 
 
 
266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.35 
 
 
243 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1454  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.51 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000138881  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4897  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 
267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.569673 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  29.3 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  31.42 
 
 
285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0073  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.1 
 
 
267 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.23 
 
 
243 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1345  extracellular solute-binding protein family 3  32.68 
 
 
244 aa  109  3e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.706269 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0906  amino acid-binding protein  31.75 
 
 
256 aa  109  4.0000000000000004e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  33.93 
 
 
265 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0836  amino acid-binding protein  31.75 
 
 
256 aa  109  5e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.462057  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  32.54 
 
 
263 aa  109  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4928  extracellular solute-binding protein  31.85 
 
 
250 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  hitchhiker  0.0000000841601 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.76 
 
 
243 aa  108  6e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  31.68 
 
 
266 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1379  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.33 
 
 
243 aa  108  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2163  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.47 
 
 
258 aa  108  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0442479  decreased coverage  0.0000000159985 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  32.03 
 
 
266 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01550  hypothetical protein  33.92 
 
 
258 aa  108  8.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  32.03 
 
 
259 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7494  extracellular solute-binding protein  32.55 
 
 
255 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0124491  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.73 
 
 
260 aa  107  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0711  extracellular solute-binding protein family 3  29.82 
 
 
266 aa  107  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.72 
 
 
257 aa  108  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  31.78 
 
 
266 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1692  extracellular solute-binding protein family 3  30.87 
 
 
258 aa  107  1e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.350495 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  30.94 
 
 
305 aa  108  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1930  extracellular solute-binding protein family 3  32.6 
 
 
248 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000351018  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1028  extracellular solute-binding protein  32.88 
 
 
250 aa  107  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4626  arginine/ornithine binding protein AotJ  32.16 
 
 
259 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2306  extracellular solute-binding protein  31.1 
 
 
246 aa  107  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000079937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  32.16 
 
 
259 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0743  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 
295 aa  107  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0655438  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 
277 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>