More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7393 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7393  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  100 
 
 		 261 aa  533  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.952149  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6395  extracellular solute-binding protein family 3  52.77 
 
 		 257 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.45445 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4531  extracellular solute-binding protein family 3  51.91 
 
 		 257 aa  242  6e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.417135  normal  0.112125 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1262  extracellular solute-binding protein  43.25 
 
 		 270 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.153843  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6570  extracellular solute-binding protein  43.25 
 
 		 270 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6175  extracellular solute-binding protein  42.98 
 
 		 270 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0488748 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5014  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  56.36 
 
 		 256 aa  218  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0175  extracellular solute-binding protein  46.19 
 
 		 260 aa  209  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.42214 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5069  extracellular solute-binding protein family 3  48 
 
 		 253 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0534  extracellular solute-binding protein  40.61 
 
 		 261 aa  201  8e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  43.56 
 
 		 261 aa  185  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1958  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter  39.92 
 
 		 258 aa  185  7e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2056  extracellular solute-binding protein family 3  45.58 
 
 		 257 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00137642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2289  extracellular solute-binding protein family 3  44.69 
 
 		 257 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.019267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1525  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 		 255 aa  177  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.490796  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  40.89 
 
 		 260 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.41 
 
 		 258 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.87 
 
 		 268 aa  171  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6682  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  41.13 
 
 		 257 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2561  extracellular solute-binding protein family 3  39.42 
 
 		 263 aa  171  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.52541  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2251  extracellular solute-binding protein  39.47 
 
 		 263 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.755561  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  38.64 
 
 		 263 aa  171  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1454  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.74 
 
 		 260 aa  170  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000138881  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 		 268 aa  168  8e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2397  extracellular solute-binding protein  37.88 
 
 		 257 aa  165  8e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.3 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  39.31 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2323  extracellular solute-binding protein  40.51 
 
 		 250 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  40.27 
 
 		 253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.08 
 
 		 250 aa  162  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.27 
 
 		 257 aa  163  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  37.4 
 
 		 268 aa  163  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2808  extracellular solute-binding protein  38.52 
 
 		 250 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40 
 
 		 282 aa  163  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1928  extracellular solute-binding protein  38.49 
 
 		 265 aa  163  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0296  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  40.08 
 
 		 309 aa  162  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.511931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2179  extracellular solute-binding protein  39.66 
 
 		 250 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.158318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.27 
 
 		 257 aa  161  8.000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  39.84 
 
 		 250 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0326  extracellular solute-binding protein  39.83 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  39.44 
 
 		 250 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01550  hypothetical protein  37.13 
 
 		 258 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  39.82 
 
 		 258 aa  159  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5703  extracellular solute-binding protein  38.49 
 
 		 260 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003972  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  37.13 
 
 		 256 aa  160  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6067  extracellular solute-binding protein  38.49 
 
 		 260 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1780  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.03 
 
 		 265 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  39.56 
 
 		 253 aa  158  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.96 
 
 		 253 aa  158  8e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.96 
 
 		 253 aa  158  8e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6551  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 		 260 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.683047 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5997  extracellular solute-binding protein  37.66 
 
 		 262 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.502118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1566  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.74 
 
 		 264 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7494  extracellular solute-binding protein  37.3 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0124491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2917  ABC lysine/arginine/ornithine transporter, periplasmic ligand binding protein  39.32 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.831114 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3308  extracellular solute-binding protein  35.5 
 
 		 248 aa  156  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944301  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2833  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  35.5 
 
 		 258 aa  156  4e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2071  extracellular solute-binding protein family 3  37.4 
 
 		 262 aa  155  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.012684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0311  extracellular solute-binding protein  39.36 
 
 		 248 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  37.83 
 
 		 259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2118  extracellular solute-binding protein  40.68 
 
 		 264 aa  155  7e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26240  periplasmic histidine-binding protein HisJ  39.08 
 
 		 261 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279452  normal  0.75514 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2916  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.6 
 
 		 257 aa  155  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0769727 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6600  extracellular solute-binding protein  38.17 
 
 		 265 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.65 
 
 		 250 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0967  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  36.09 
 
 		 258 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4297  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  40.68 
 
 		 264 aa  153  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.173151 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7504  extracellular solute-binding protein  39.62 
 
 		 256 aa  153  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5842  extracellular solute-binding protein family 3  38.57 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4292  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  36.36 
 
 		 257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1970  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1113  extracellular solute-binding protein  39.17 
 
 		 252 aa  152  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.264301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2109  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.08 
 
 		 260 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1496  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.08 
 
 		 260 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.515934  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0376  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  39.08 
 
 		 260 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.791762  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0792  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.08 
 
 		 260 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244149  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0474  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  39.08 
 
 		 260 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3207  extracellular solute-binding protein  36.97 
 
 		 263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1806  lysine-arginine-ornithine transport system, binding exported protein  39.08 
 
 		 262 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  36.4 
 
 		 259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  38.82 
 
 		 250 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  38.82 
 
 		 250 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0708  extracellular solute-binding protein  40.25 
 
 		 264 aa  151  8e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.956063  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1187  extracellular solute-binding protein  40.25 
 
 		 264 aa  151  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.708736  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1163  extracellular solute-binding protein  40.25 
 
 		 264 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.516909  normal  0.0605845 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5308  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.08 
 
 		 260 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000841131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1094  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.82 
 
 		 258 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.382529  normal  0.0677014 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3991  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.5 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4626  arginine/ornithine binding protein AotJ  36.4 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4765  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.66 
 
 		 260 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4365  extracellular solute-binding protein  35.02 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4486  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.12 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2456  extracellular solute-binding protein  34.35 
 
 		 265 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.68791  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2131  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.24 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  36.63 
 
 		 258 aa  149  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5438  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  36.09 
 
 		 260 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4845  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.09 
 
 		 260 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5424  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.09 
 
 		 260 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.717172  normal  0.449482 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0073  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  38.62 
 
 		 267 aa  148  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2584  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  36.98 
 
 		 260 aa  148  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.176074 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>