More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5170 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5170  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  100 
 
 		 278 aa  565  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21410  ABC transporter, substrate binding protein, family 3  56.54 
 
 		 292 aa  304  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.334752  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1129  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  56.3 
 
 		 283 aa  293  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5767  extracellular solute-binding protein  56.67 
 
 		 272 aa  289  3e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244611 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5765  extracellular solute-binding protein  52.78 
 
 		 286 aa  263  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000625971 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1134  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.41 
 
 		 305 aa  258  6e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.276726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5766  extracellular solute-binding protein  50.6 
 
 		 308 aa  249  5e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000645831 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3166  extracellular solute-binding protein  53.15 
 
 		 279 aa  245  6e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2627  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.58 
 
 		 280 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0539096  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1889  extracellular solute-binding protein family 3  53.04 
 
 		 268 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3310  extracellular solute-binding protein  36.15 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0117  extracellular solute-binding protein  35.74 
 
 		 272 aa  135  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1051  extracellular solute-binding protein family 3  33.2 
 
 		 274 aa  129  6e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5520  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 		 281 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0222381  normal  0.174811 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8012  extracellular solute-binding protein family 3  32.03 
 
 		 281 aa  123  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2434  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.25 
 
 		 274 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  39.61 
 
 		 271 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.33 
 
 		 272 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  39.6 
 
 		 270 aa  112  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  36.04 
 
 		 271 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  33.74 
 
 		 267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  36.64 
 
 		 271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  36.64 
 
 		 271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  36.64 
 
 		 271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  36.64 
 
 		 271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 		 271 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  36.55 
 
 		 292 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  33.6 
 
 		 268 aa  108  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  36.21 
 
 		 271 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  40.32 
 
 		 250 aa  107  2e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.02 
 
 		 272 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  33.98 
 
 		 262 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  38.7 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  38.7 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.45 
 
 		 271 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.45 
 
 		 271 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  36.45 
 
 		 271 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  36.45 
 
 		 271 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  36.45 
 
 		 271 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  36.45 
 
 		 271 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  37.68 
 
 		 273 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2257  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  31.67 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.780862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0690  extracellular solute-binding protein  30.73 
 
 		 282 aa  103  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370968  normal  0.982005 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  36.06 
 
 		 271 aa  102  8e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.86 
 
 		 264 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  33.62 
 
 		 268 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  34.04 
 
 		 268 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  34.78 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2069  extracellular solute-binding protein family 3  33.48 
 
 		 281 aa  99.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0404874  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2462  extracellular solute-binding protein family 3  33.48 
 
 		 281 aa  99.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  33.63 
 
 		 284 aa  99  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 		 284 aa  98.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  33.78 
 
 		 284 aa  98.6  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.35 
 
 		 264 aa  98.6  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  34.95 
 
 		 278 aa  98.6  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  31.45 
 
 		 278 aa  97.4  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 		 260 aa  97.4  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  31.45 
 
 		 278 aa  96.7  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  41.35 
 
 		 278 aa  96.7  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  32.65 
 
 		 260 aa  97.1  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  35.24 
 
 		 264 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  34.85 
 
 		 270 aa  96.3  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  35.24 
 
 		 264 aa  96.3  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  35.63 
 
 		 283 aa  95.9  6e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1635  extracellular solute-binding protein family 3  33.68 
 
 		 290 aa  95.9  7e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  33.46 
 
 		 264 aa  95.5  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  41.1 
 
 		 266 aa  95.5  9e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0891  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 		 267 aa  95.5  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  37.89 
 
 		 284 aa  95.1  1e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  34.8 
 
 		 264 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  34.8 
 
 		 264 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  34.8 
 
 		 264 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  40.46 
 
 		 277 aa  93.6  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1898  extracellular solute-binding protein family 3  31.17 
 
 		 290 aa  94  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  32.77 
 
 		 268 aa  93.2  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.36 
 
 		 264 aa  93.6  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  33.92 
 
 		 264 aa  92.4  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  38.75 
 
 		 265 aa  91.3  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4525  extracellular solute-binding protein  31.88 
 
 		 289 aa  91.3  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335654  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  33.18 
 
 		 255 aa  92  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  31.5 
 
 		 268 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.41 
 
 		 264 aa  90.1  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.41 
 
 		 264 aa  90.1  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.41 
 
 		 264 aa  90.1  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.41 
 
 		 264 aa  90.1  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.41 
 
 		 264 aa  90.1  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.41 
 
 		 264 aa  90.1  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.13 
 
 		 261 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  40.13 
 
 		 261 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.41 
 
 		 284 aa  90.1  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  32.78 
 
 		 266 aa  89.4  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  32.28 
 
 		 265 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3211  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 		 263 aa  88.2  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  30.65 
 
 		 260 aa  88.6  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 275 aa  88.6  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1001  CjaA protein  29.25 
 
 		 279 aa  87.4  2e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  32.1 
 
 		 265 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  38.89 
 
 		 266 aa  87.8  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>