More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA0840 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  100 
 
 
247 aa  504  9.999999999999999e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  38.1 
 
 
245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  37.04 
 
 
251 aa  166  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  37.93 
 
 
251 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  37.78 
 
 
253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  36.89 
 
 
243 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.15 
 
 
245 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  36.77 
 
 
246 aa  152  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  33.89 
 
 
245 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  34.73 
 
 
245 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  34.68 
 
 
232 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  30.17 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.17 
 
 
243 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  30.73 
 
 
286 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 
251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 
269 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  28.95 
 
 
251 aa  108  7.000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 
270 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  29.1 
 
 
264 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  29.1 
 
 
264 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  29.1 
 
 
264 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  29.1 
 
 
264 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  28.98 
 
 
264 aa  99.8  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  25.66 
 
 
262 aa  97.8  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  27.59 
 
 
264 aa  97.8  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  30.2 
 
 
264 aa  95.9  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  24.89 
 
 
248 aa  94  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  29.39 
 
 
264 aa  91.3  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  29.61 
 
 
288 aa  90.1  3e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 
258 aa  89.4  5e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 
250 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  26.27 
 
 
254 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 
250 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.44 
 
 
266 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  26 
 
 
266 aa  79.3  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4928  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  hitchhiker  0.0000000841601 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.91 
 
 
264 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 
266 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 
266 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  26.51 
 
 
266 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 
266 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 
266 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  27.16 
 
 
262 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  26.51 
 
 
266 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  24.45 
 
 
297 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.23 
 
 
266 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 
266 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 
266 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
264 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
264 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
264 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 
247 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 
262 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
264 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
264 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1233  CjaC  26.48 
 
 
241 aa  73.9  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 
270 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  25.47 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  23.71 
 
 
298 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 
281 aa  74.3  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.23 
 
 
264 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.5 
 
 
320 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.5 
 
 
315 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.64 
 
 
266 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  26.5 
 
 
266 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.77 
 
 
264 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.94 
 
 
313 aa  72  0.000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.94 
 
 
313 aa  72  0.000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.94 
 
 
313 aa  72  0.000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.77 
 
 
264 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.77 
 
 
264 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.77 
 
 
264 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 
262 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  23.01 
 
 
274 aa  71.2  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.77 
 
 
264 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.94 
 
 
264 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.77 
 
 
284 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0311  extracellular solute-binding protein  28.22 
 
 
248 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127977  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.77 
 
 
264 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.23 
 
 
264 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 
262 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.77 
 
 
264 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.64 
 
 
264 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 
270 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.63 
 
 
243 aa  69.3  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.63 
 
 
243 aa  69.3  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.63 
 
 
243 aa  69.3  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0959  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.63 
 
 
243 aa  69.3  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.63 
 
 
243 aa  69.3  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
252 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  27.83 
 
 
264 aa  68.9  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  24.77 
 
 
264 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  26.84 
 
 
250 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  26.84 
 
 
250 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.4 
 
 
254 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.14 
 
 
264 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.01 
 
 
262 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.14 
 
 
264 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>