268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1011 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  100 
 
 
248 aa  510  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  52.7 
 
 
264 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  53.5 
 
 
264 aa  245  4e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  52.34 
 
 
264 aa  245  4e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  53.5 
 
 
264 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  52.28 
 
 
264 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  50.62 
 
 
262 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  51.49 
 
 
264 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  51.06 
 
 
264 aa  237  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  52.75 
 
 
264 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  44.2 
 
 
286 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  35.32 
 
 
246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 
251 aa  105  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  28.27 
 
 
245 aa  99.8  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 
270 aa  100  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 
269 aa  97.8  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  29.54 
 
 
245 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 
245 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.11 
 
 
245 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  30.09 
 
 
232 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.27 
 
 
243 aa  94.4  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 
245 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  29.91 
 
 
288 aa  94  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  25.45 
 
 
247 aa  92.8  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 
251 aa  87  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  30.04 
 
 
274 aa  85.9  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.33 
 
 
265 aa  85.9  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  29.49 
 
 
243 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.63 
 
 
251 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 
258 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  26.36 
 
 
297 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.03 
 
 
253 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.75 
 
 
264 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  25.91 
 
 
298 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  27.97 
 
 
262 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.91 
 
 
247 aa  78.6  0.00000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  26.23 
 
 
254 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  25.1 
 
 
248 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  25.1 
 
 
248 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  25.1 
 
 
248 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  26.27 
 
 
259 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  32.6 
 
 
252 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  30.91 
 
 
251 aa  73.9  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 
270 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  25.51 
 
 
251 aa  73.6  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2605  ABC transporter  24.69 
 
 
248 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2148  hypothetical protein  30 
 
 
258 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.8287  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4742  hypothetical protein  25.82 
 
 
250 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177685  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1879  ABC transporter  24.26 
 
 
263 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 
245 aa  70.5  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2355  ABC transporter  25.42 
 
 
250 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0184824  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  25.42 
 
 
250 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2473  succinate dehydrogenase (ubiquinone)  25 
 
 
243 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  32.08 
 
 
262 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 
258 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
262 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2954  hypothetical protein  25.82 
 
 
244 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 
262 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0258  hypothetical protein  27.41 
 
 
247 aa  66.2  0.0000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  24.89 
 
 
259 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  29.67 
 
 
262 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.27 
 
 
265 aa  64.7  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1937  ABC transporter  29.59 
 
 
241 aa  64.3  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.579626  normal  0.017487 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  22.73 
 
 
272 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54230  hypothetical protein  22.93 
 
 
250 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.638501  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  24.9 
 
 
255 aa  62.8  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  24.54 
 
 
295 aa  62.4  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  29.63 
 
 
256 aa  62.4  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  27.35 
 
 
264 aa  61.2  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  28.12 
 
 
502 aa  60.8  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  28.12 
 
 
502 aa  60.8  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2682  ABC transporter  24.37 
 
 
235 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.76928 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 
275 aa  59.7  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  25.42 
 
 
254 aa  57.8  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 
262 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  24.39 
 
 
252 aa  57.4  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.63 
 
 
1165 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.68 
 
 
255 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  22.33 
 
 
255 aa  56.6  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03697  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.41 
 
 
675 aa  56.2  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1973  ABC transporter  28.14 
 
 
235 aa  54.7  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  23.11 
 
 
736 aa  53.9  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  23.5 
 
 
490 aa  54.3  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
258 aa  53.5  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 
243 aa  53.1  0.000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  22.93 
 
 
268 aa  52.8  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  23.08 
 
 
265 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3223  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 
268 aa  52.4  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3391  putative PAS/PAC sensor protein  25.1 
 
 
1301 aa  52  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0258089  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.16 
 
 
235 aa  51.6  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  22.45 
 
 
727 aa  51.6  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3412  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 
296 aa  52  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3038  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 
250 aa  51.6  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2280  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.47 
 
 
244 aa  50.8  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  29.59 
 
 
260 aa  51.2  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1028  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 
250 aa  50.4  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 
285 aa  50.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2149  ABC transporter  22.89 
 
 
286 aa  50.1  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 
266 aa  50.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0329  extracellular solute-binding protein family 3  26.67 
 
 
282 aa  49.7  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>