128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3830 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 248 aa  508  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  51.93 
 
 		 257 aa  248  7e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  45.22 
 
 		 256 aa  204  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  44.07 
 
 		 258 aa  190  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  36.95 
 
 		 262 aa  168  9e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  35.93 
 
 		 483 aa  151  8.999999999999999e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  31.17 
 
 		 632 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  30.08 
 
 		 321 aa  138  6e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.33 
 
 		 401 aa  131  9e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 		 265 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.8 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 		 275 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  34.62 
 
 		 248 aa  121  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  30.97 
 
 		 238 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  29.8 
 
 		 265 aa  120  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  33.64 
 
 		 254 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  33.76 
 
 		 248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 		 265 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.19 
 
 		 244 aa  118  7e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  34.51 
 
 		 250 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.5 
 
 		 251 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  31.84 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 		 265 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  33.63 
 
 		 250 aa  115  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  33.33 
 
 		 269 aa  115  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  31.35 
 
 		 251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  31.35 
 
 		 251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  33.33 
 
 		 251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  33.91 
 
 		 242 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  31.13 
 
 		 268 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 		 260 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 		 263 aa  112  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  31.84 
 
 		 248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 		 251 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  32.91 
 
 		 255 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  30.17 
 
 		 251 aa  107  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  30.94 
 
 		 262 aa  108  1e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  30.04 
 
 		 271 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  31.62 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  31.48 
 
 		 255 aa  99  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 		 257 aa  98.6  7e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  29.72 
 
 		 257 aa  95.1  8e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  28.19 
 
 		 257 aa  94.7  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  30.66 
 
 		 257 aa  94.4  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  29.49 
 
 		 255 aa  94.4  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 		 244 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  27.5 
 
 		 248 aa  94  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  29.25 
 
 		 257 aa  94  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 		 260 aa  93.2  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.32 
 
 		 228 aa  93.2  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  27.6 
 
 		 269 aa  92  8e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  30.4 
 
 		 251 aa  88.6  8e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.25 
 
 		 247 aa  88.6  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  25.99 
 
 		 237 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  26.43 
 
 		 238 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3840  putative lipoprotein  31.82 
 
 		 255 aa  86.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 		 236 aa  81.3  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.54 
 
 		 252 aa  80.5  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.19 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  28.26 
 
 		 248 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.48 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.62 
 
 		 255 aa  66.2  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.88 
 
 		 274 aa  62  0.000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1277  hypothetical protein  25.7 
 
 		 272 aa  58.2  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2027  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.27 
 
 		 275 aa  57  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.360228 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  38.95 
 
 		 257 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  36.56 
 
 		 268 aa  57  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.88 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 		 258 aa  55.5  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  25.79 
 
 		 295 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  27.43 
 
 		 285 aa  54.7  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.17 
 
 		 262 aa  53.5  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1579  metal dependent phosphohydrolase  26.01 
 
 		 618 aa  52.8  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  22.67 
 
 		 255 aa  52.4  0.000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1645  metal dependent phosphohydrolase  24.85 
 
 		 615 aa  51.6  0.00001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  21.74 
 
 		 247 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.53 
 
 		 1165 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  28.37 
 
 		 932 aa  48.9  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 241 aa  48.5  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 		 275 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  23.81 
 
 		 250 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2473  succinate dehydrogenase (ubiquinone)  24.41 
 
 		 243 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 		 281 aa  47.4  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 		 265 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.98 
 
 		 1016 aa  47.8  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.19 
 
 		 243 aa  47.8  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0403  putative PAS/PAC sensor protein  23.29 
 
 		 456 aa  47  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2355  ABC transporter  23.11 
 
 		 250 aa  46.6  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0184824  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 		 245 aa  47  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3858  hypothetical protein  27.74 
 
 		 257 aa  46.6  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 		 252 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0485  hypothetical protein  27.1 
 
 		 257 aa  46.2  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  27.1 
 
 		 258 aa  46.2  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.31 
 
 		 1055 aa  46.2  0.0006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  23.53 
 
 		 245 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  25.89 
 
 		 262 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2873  hypothetical protein  25.37 
 
 		 267 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0466901  normal  0.646305 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>