More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1910 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 256 aa  529  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  35.95 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  35.32 
 
 		 275 aa  150  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0229  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 		 269 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4222  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0872953 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16838  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.15 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0877106  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 		 272 aa  67  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3391  putative PAS/PAC sensor protein  25.51 
 
 		 1301 aa  66.2  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0258089  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1774  histidine kinase  25.63 
 
 		 578 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  22.53 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  22.53 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  22.45 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.05 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  20.94 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2102  histidine kinase  25.32 
 
 		 575 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  21.71 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  21.71 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  25.2 
 
 		 252 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0125  extracellular solute-binding protein family 3  24.23 
 
 		 270 aa  60.1  0.00000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  21.32 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.96 
 
 		 262 aa  58.9  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  21.32 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0135  extracellular solute-binding protein  21.46 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.332804 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2755  periplasmic substrate-binding protein/sensor histidine kinase  22.07 
 
 		 590 aa  57.8  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  23.14 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  23.14 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  23.14 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6191  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  21.26 
 
 		 268 aa  56.6  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0123  hypothetical protein  28.93 
 
 		 263 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.289179 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 		 265 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  24.49 
 
 		 269 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 280 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0186  extracellular solute-binding protein family 3  27.65 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  23.81 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1854  histidine kinase  24.15 
 
 		 578 aa  55.8  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  24.12 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3308  extracellular solute-binding protein  21.83 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944301  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 265 aa  55.5  0.0000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0266  extracellular solute-binding protein  21.34 
 
 		 292 aa  55.5  0.0000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  19.48 
 
 		 262 aa  54.7  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0215  extracellular solute-binding protein family 3  34.17 
 
 		 291 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.195827  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.13 
 
 		 1016 aa  54.7  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 		 261 aa  54.7  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 265 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  25.4 
 
 		 254 aa  55.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 		 262 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  30 
 
 		 252 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  25.6 
 
 		 262 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.13 
 
 		 282 aa  53.9  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3594  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.6 
 
 		 274 aa  54.3  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 270 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  24.44 
 
 		 257 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0015  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 		 279 aa  53.5  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  23.25 
 
 		 259 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  19.92 
 
 		 262 aa  53.5  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 		 258 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  28.8 
 
 		 260 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0578  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  22.41 
 
 		 306 aa  53.1  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2793  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 255 aa  53.1  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  21.43 
 
 		 268 aa  53.1  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 		 260 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  20.85 
 
 		 243 aa  52.8  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  22.09 
 
 		 259 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0232  extracellular solute-binding protein  21.46 
 
 		 248 aa  52.8  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0378  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 		 282 aa  52.8  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  22.69 
 
 		 243 aa  52.4  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.82 
 
 		 247 aa  52.4  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  20 
 
 		 632 aa  52.4  0.000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 		 1055 aa  51.6  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.77 
 
 		 710 aa  52  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  27.21 
 
 		 242 aa  51.2  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  22.78 
 
 		 243 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0290  ABC transporter, substrate-binding protein  23.75 
 
 		 270 aa  51.2  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1345  CjaC  24.53 
 
 		 259 aa  51.2  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.000213382  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.47 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  27.06 
 
 		 237 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.28 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1701  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  21.54 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1802  histidine kinase  21.43 
 
 		 540 aa  50.4  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.963501  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.59 
 
 		 265 aa  50.1  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  27.5 
 
 		 238 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2873  hypothetical protein  20.3 
 
 		 267 aa  50.1  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0466901  normal  0.646305 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 258 aa  50.1  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  22.66 
 
 		 251 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.07 
 
 		 268 aa  50.1  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  19.44 
 
 		 255 aa  50.1  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2926  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 		 258 aa  50.1  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.441987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1958  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter  23.68 
 
 		 258 aa  49.7  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2466  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  21.74 
 
 		 260 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1379  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.74 
 
 		 307 aa  49.7  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539122  normal  0.578964 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  26.32 
 
 		 272 aa  49.7  0.00005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  21.64 
 
 		 262 aa  49.3  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1787  extracellular solute-binding protein  24.27 
 
 		 281 aa  49.3  0.00006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.571059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  22.86 
 
 		 258 aa  48.9  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>