92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3594 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3594  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 274 aa  568  1e-161  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  23.42 
 
 		 252 aa  63.5  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  25.44 
 
 		 596 aa  60.1  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1098  extracellular solute-binding protein  24.57 
 
 		 254 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.041078  normal  0.0345837 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  29.55 
 
 		 254 aa  55.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 		 270 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.6 
 
 		 256 aa  53.5  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  20.96 
 
 		 262 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  22.89 
 
 		 241 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 		 258 aa  53.5  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2755  periplasmic substrate-binding protein/sensor histidine kinase  23.67 
 
 		 590 aa  52.4  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  23.46 
 
 		 598 aa  52.4  0.000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.57 
 
 		 266 aa  51.6  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4039  histidine kinase  21.76 
 
 		 572 aa  51.2  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  22.44 
 
 		 266 aa  50.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  22.76 
 
 		 262 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.94 
 
 		 243 aa  49.7  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.18 
 
 		 584 aa  49.7  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  22.98 
 
 		 266 aa  49.7  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  23.05 
 
 		 245 aa  49.3  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0286  extracellular solute-binding protein  22.43 
 
 		 269 aa  48.9  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.126336 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 258 aa  48.5  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0358  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.51 
 
 		 279 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  21.48 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 		 245 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5123  extracellular solute-binding protein family 3  21.15 
 
 		 252 aa  47.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815904  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  22.58 
 
 		 266 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.48 
 
 		 253 aa  47.4  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1907  histidine kinase  23.16 
 
 		 560 aa  47.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.649995 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0440  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  21.71 
 
 		 481 aa  47.4  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  21.92 
 
 		 513 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  22.41 
 
 		 596 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0908  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.57 
 
 		 265 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00179052  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  21.03 
 
 		 242 aa  47  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.24 
 
 		 584 aa  46.6  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3668  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.91 
 
 		 279 aa  46.6  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1802  histidine kinase  22.63 
 
 		 540 aa  47  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.963501  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3840  putative lipoprotein  31.96 
 
 		 255 aa  46.6  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  24.63 
 
 		 262 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0352  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.71 
 
 		 279 aa  46.6  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  21.32 
 
 		 244 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  22.63 
 
 		 599 aa  45.8  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  21.48 
 
 		 270 aa  45.8  0.0007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  22.63 
 
 		 597 aa  45.8  0.0008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0403  putative PAS/PAC sensor protein  19.26 
 
 		 456 aa  45.8  0.0008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.55 
 
 		 1055 aa  45.4  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 		 265 aa  45.4  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4168  extracellular solute-binding protein  20 
 
 		 275 aa  45.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  22.18 
 
 		 262 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2763  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 248 aa  45.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.219891  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29 
 
 		 244 aa  45.4  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.7 
 
 		 265 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.05 
 
 		 255 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  28.7 
 
 		 265 aa  44.7  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  21.89 
 
 		 258 aa  44.3  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.7 
 
 		 265 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.7 
 
 		 265 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  22.26 
 
 		 260 aa  44.7  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1688  metal dependent phosphohydrolase  31.08 
 
 		 648 aa  44.3  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1035  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.7 
 
 		 265 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00041367  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0753  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.7 
 
 		 265 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00539884  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4035  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.53 
 
 		 277 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0760  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.7 
 
 		 265 aa  44.3  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.18 
 
 		 620 aa  44.3  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.838333  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  21.74 
 
 		 257 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  28.7 
 
 		 265 aa  44.7  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1728  histidine kinase  22.63 
 
 		 560 aa  43.5  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.864697  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  21.38 
 
 		 257 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.47 
 
 		 247 aa  43.9  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  25.81 
 
 		 274 aa  43.9  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  22.78 
 
 		 268 aa  43.1  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  24.82 
 
 		 255 aa  43.5  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  22.91 
 
 		 243 aa  43.1  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  22.02 
 
 		 274 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  20.99 
 
 		 572 aa  43.1  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  21.24 
 
 		 246 aa  43.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.29 
 
 		 264 aa  43.1  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  20.8 
 
 		 252 aa  43.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  21.91 
 
 		 243 aa  42.7  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  23.17 
 
 		 830 aa  42.7  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  32.18 
 
 		 242 aa  42.7  0.007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0186  extracellular solute-binding protein family 3  29.08 
 
 		 291 aa  42.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1774  histidine kinase  24.8 
 
 		 578 aa  42.4  0.008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  22.14 
 
 		 255 aa  42.4  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  20.58 
 
 		 269 aa  42.4  0.009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0215  extracellular solute-binding protein family 3  29.08 
 
 		 291 aa  42.4  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.195827  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  30.84 
 
 		 896 aa  42.4  0.009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0687  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 		 265 aa  42  0.01  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0413327  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  22.98 
 
 		 264 aa  42  0.01  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1645  metal dependent phosphohydrolase  24.36 
 
 		 615 aa  42  0.01  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  24.63 
 
 		 268 aa  42  0.01  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>