83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0358 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0358  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 279 aa  580  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0352  amino acid ABC transporter periplasmic protein  92.45 
 
 		 279 aa  542  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3668  amino acid ABC transporter periplasmic protein  91.4 
 
 		 279 aa  541  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4035  amino acid ABC transporter periplasmic protein  66.42 
 
 		 277 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4353  hypothetical protein  82.12 
 
 		 180 aa  317  2e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4168  extracellular solute-binding protein  52.94 
 
 		 275 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0286  extracellular solute-binding protein  46.31 
 
 		 269 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.126336 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3285  putative amino acid ABC transporter  42.41 
 
 		 267 aa  203  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4351.1  amino acid ABC transporter protein  90.7 
 
 		 86 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2199  hypothetical protein  29.95 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  33.64 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 		 258 aa  55.1  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 		 265 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  30.51 
 
 		 247 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 483 aa  52.4  0.000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.33 
 
 		 268 aa  52.4  0.000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0945  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.25 
 
 		 177 aa  51.2  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.656461  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  27.07 
 
 		 242 aa  50.1  0.00004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 270 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 277 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4558  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 		 289 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.776949 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  19.61 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  23.49 
 
 		 258 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.98 
 
 		 262 aa  48.5  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6570  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 270 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1262  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 270 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.153843  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0584  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.74 
 
 		 273 aa  48.5  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0380043  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0567  amino acid ABC transporter  29.76 
 
 		 278 aa  47.8  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0581  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.81 
 
 		 278 aa  47.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.143423  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 		 268 aa  47.8  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1233  CjaC  28.81 
 
 		 241 aa  47.8  0.0002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 		 266 aa  47  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6175  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 270 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0488748 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  26.37 
 
 		 265 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.08 
 
 		 1055 aa  47  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.31 
 
 		 1047 aa  47  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1064  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.18 
 
 		 289 aa  46.6  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00655066  normal  0.28594 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  29.84 
 
 		 267 aa  46.2  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6445  extracellular solute-binding protein family 3  27.5 
 
 		 275 aa  45.8  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0216332 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  23.98 
 
 		 252 aa  45.8  0.0007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  25.4 
 
 		 260 aa  45.8  0.0008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25 
 
 		 265 aa  45.8  0.0009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  29.25 
 
 		 263 aa  45.4  0.0009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1803  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 288 aa  45.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.363702  normal  0.037594 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2011  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 282 aa  45.1  0.001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.986691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  22.87 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 		 1047 aa  44.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.83 
 
 		 604 aa  44.3  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 		 268 aa  44.3  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0178  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 		 299 aa  44.7  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 250 aa  44.7  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  24.48 
 
 		 264 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  25.25 
 
 		 297 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  29.59 
 
 		 256 aa  44.7  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.12 
 
 		 263 aa  44.3  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  21.68 
 
 		 246 aa  43.9  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  24.48 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0403  putative PAS/PAC sensor protein  25.38 
 
 		 456 aa  43.9  0.003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  21.56 
 
 		 259 aa  43.9  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 		 265 aa  43.9  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  21.56 
 
 		 259 aa  43.9  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  24.48 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  29.31 
 
 		 830 aa  43.5  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 243 aa  43.5  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.66 
 
 		 266 aa  43.5  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  23.78 
 
 		 247 aa  43.5  0.004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  26.11 
 
 		 278 aa  43.5  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  28.1 
 
 		 271 aa  43.5  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  25.36 
 
 		 271 aa  43.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00417  prephrenate dehydratase  26.17 
 
 		 258 aa  42.7  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0411  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  31.52 
 
 		 238 aa  42.7  0.006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  25.58 
 
 		 273 aa  42.7  0.006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.33 
 
 		 256 aa  42.7  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.1 
 
 		 267 aa  42.7  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3253  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.27 
 
 		 254 aa  42.7  0.007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0847194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 262 aa  42.4  0.009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 262 aa  42.4  0.009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  25 
 
 		 298 aa  42.4  0.009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  21.15 
 
 		 272 aa  42.4  0.009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  19.74 
 
 		 252 aa  42  0.01  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  26.9 
 
 		 266 aa  42.4  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  25.81 
 
 		 271 aa  42  0.01  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  26.67 
 
 		 597 aa  42  0.01  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>