165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4168 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4168  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 275 aa  565  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4035  amino acid ABC transporter periplasmic protein  52.47 
 
 		 277 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0352  amino acid ABC transporter periplasmic protein  51.71 
 
 		 279 aa  270  2e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3668  amino acid ABC transporter periplasmic protein  51.71 
 
 		 279 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0358  amino acid ABC transporter periplasmic protein  50.57 
 
 		 279 aa  265  5e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0286  extracellular solute-binding protein  54.94 
 
 		 269 aa  254  7e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.126336 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3285  putative amino acid ABC transporter  41.83 
 
 		 267 aa  198  9e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4353  hypothetical protein  47.34 
 
 		 180 aa  165  9e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 258 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4351.1  amino acid ABC transporter protein  51.22 
 
 		 86 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2199  hypothetical protein  27.84 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  29.68 
 
 		 272 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.07 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 		 260 aa  58.2  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  25 
 
 		 252 aa  54.7  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  32.2 
 
 		 2035 aa  55.5  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.71 
 
 		 1165 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  24.26 
 
 		 260 aa  53.9  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1761  histidine kinase  27.27 
 
 		 578 aa  54.3  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 250 aa  53.1  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  26.71 
 
 		 247 aa  52.4  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1361  extracellular solute-binding protein  27.5 
 
 		 257 aa  52.4  0.000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  32.29 
 
 		 955 aa  52.4  0.000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0403  putative PAS/PAC sensor protein  28.21 
 
 		 456 aa  51.6  0.00001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.45 
 
 		 710 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2578  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 		 267 aa  51.2  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1057  extracellular solute-binding protein  32.28 
 
 		 261 aa  50.8  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.898657  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 		 483 aa  50.8  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1569  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 		 264 aa  50.8  0.00002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.313836 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 		 265 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.33 
 
 		 513 aa  50.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.41 
 
 		 1016 aa  50.1  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4360  hypothetical protein  20.3 
 
 		 264 aa  50.1  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  hitchhiker  0.0094359 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.67 
 
 		 259 aa  49.7  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.05 
 
 		 259 aa  49.7  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.67 
 
 		 259 aa  49.3  0.00006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3412  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 		 296 aa  49.3  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  32.18 
 
 		 247 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1688  metal dependent phosphohydrolase  27.91 
 
 		 648 aa  48.9  0.00008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0521  hypothetical protein  22.22 
 
 		 247 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.282401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0556  hypothetical protein  20.17 
 
 		 247 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0411  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  30.53 
 
 		 238 aa  48.5  0.0001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  22.97 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  30.85 
 
 		 285 aa  48.9  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  30.23 
 
 		 246 aa  48.9  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  29.27 
 
 		 273 aa  48.5  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  26.18 
 
 		 247 aa  47.8  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.29 
 
 		 259 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  21.29 
 
 		 259 aa  47.8  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.29 
 
 		 259 aa  47.8  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.29 
 
 		 259 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  21.29 
 
 		 259 aa  47.8  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  28.57 
 
 		 830 aa  47.8  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1050  extracellular solute-binding protein  31.71 
 
 		 286 aa  47.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875025  normal  0.0927945 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  22.42 
 
 		 253 aa  48.1  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0343  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 		 264 aa  47.4  0.0002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28 
 
 		 274 aa  47.4  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  24.42 
 
 		 293 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  22.46 
 
 		 249 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.29 
 
 		 259 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 242 aa  48.1  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 252 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1579  metal dependent phosphohydrolase  27.52 
 
 		 618 aa  47.4  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.73 
 
 		 1055 aa  48.1  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  23.67 
 
 		 727 aa  47.4  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  24.53 
 
 		 599 aa  47  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  23.13 
 
 		 272 aa  47.4  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1233  CjaC  28.72 
 
 		 241 aa  47.4  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  24.53 
 
 		 597 aa  47  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 		 262 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2452  extracellular solute-binding protein family 3  29.35 
 
 		 259 aa  47  0.0004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  25.21 
 
 		 244 aa  46.6  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  27.96 
 
 		 295 aa  47  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3742  extracellular solute-binding protein  27.5 
 
 		 261 aa  46.6  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1645  metal dependent phosphohydrolase  26.61 
 
 		 615 aa  46.6  0.0005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.76 
 
 		 260 aa  46.2  0.0006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  23.13 
 
 		 272 aa  46.2  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  22.73 
 
 		 493 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.21 
 
 		 262 aa  45.8  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0534  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 261 aa  45.8  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  23.13 
 
 		 272 aa  45.8  0.0007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2102  histidine kinase  25 
 
 		 575 aa  45.8  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  32.61 
 
 		 262 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1991  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.46 
 
 		 1255 aa  45.8  0.0008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 266 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3594  amino acid ABC transporter periplasmic protein  20.16 
 
 		 274 aa  45.4  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1953  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33 
 
 		 281 aa  45.4  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450219  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.56 
 
 		 251 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  28.12 
 
 		 252 aa  45.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  31.71 
 
 		 248 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 268 aa  45.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 222 aa  45.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  22.41 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 281 aa  45.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1047  extracellular solute-binding protein  22.18 
 
 		 256 aa  45.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.519655  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  28.81 
 
 		 257 aa  45.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  21.56 
 
 		 259 aa  44.7  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  31.08 
 
 		 457 aa  44.7  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>