110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3285 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3285  putative amino acid ABC transporter  100 
 
 		 267 aa  553  1e-156  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4035  amino acid ABC transporter periplasmic protein  42.54 
 
 		 277 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3668  amino acid ABC transporter periplasmic protein  41.6 
 
 		 279 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0358  amino acid ABC transporter periplasmic protein  42.41 
 
 		 279 aa  203  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0352  amino acid ABC transporter periplasmic protein  40.67 
 
 		 279 aa  199  3e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4168  extracellular solute-binding protein  43.88 
 
 		 275 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0286  extracellular solute-binding protein  43.36 
 
 		 269 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.126336 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4353  hypothetical protein  37.34 
 
 		 180 aa  108  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4351.1  amino acid ABC transporter protein  51.76 
 
 		 86 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2199  hypothetical protein  26.34 
 
 		 257 aa  68.9  0.00000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2076  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 		 264 aa  58.9  0.00000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  24.49 
 
 		 260 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 483 aa  56.2  0.0000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 		 260 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 		 245 aa  53.9  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  29.55 
 
 		 255 aa  53.5  0.000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 258 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 		 279 aa  52.4  0.000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.48 
 
 		 243 aa  51.6  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3522  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 		 283 aa  52  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0160113  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 		 255 aa  51.2  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  25.76 
 
 		 297 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1925  solute-binding family 1 protein  26.15 
 
 		 250 aa  50.8  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 245 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  22.01 
 
 		 270 aa  50.1  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  31.67 
 
 		 268 aa  49.7  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  26.87 
 
 		 256 aa  49.7  0.00005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0534  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 261 aa  49.7  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 		 258 aa  48.1  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  25.76 
 
 		 298 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  27.19 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0295  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  24.89 
 
 		 266 aa  47.4  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.874401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.09 
 
 		 259 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2725  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 		 255 aa  47.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 253 aa  48.1  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2323  extracellular solute-binding protein  31.52 
 
 		 250 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.58 
 
 		 1047 aa  47.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.09 
 
 		 259 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.6 
 
 		 257 aa  47.4  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  26.44 
 
 		 268 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1064  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.79 
 
 		 289 aa  47  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00655066  normal  0.28594 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2179  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 250 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.158318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  32.35 
 
 		 268 aa  47  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 272 aa  47  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.35 
 
 		 250 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0945  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.83 
 
 		 177 aa  46.6  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.656461  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2808  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 250 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6436  extracellular solute-binding protein family 3  26.12 
 
 		 268 aa  46.2  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00118461 
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.83 
 
 		 268 aa  46.6  0.0005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 		 264 aa  46.2  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  21.88 
 
 		 260 aa  46.2  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.36 
 
 		 259 aa  45.8  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  23.36 
 
 		 259 aa  45.8  0.0007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.36 
 
 		 259 aa  45.8  0.0007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  23.36 
 
 		 259 aa  45.8  0.0007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2548  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 		 249 aa  45.8  0.0007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.163495  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.36 
 
 		 259 aa  45.8  0.0007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.05 
 
 		 253 aa  45.8  0.0008  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.36 
 
 		 259 aa  45.8  0.0008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.05 
 
 		 253 aa  45.8  0.0008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  22.48 
 
 		 259 aa  45.8  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1758  hook assembly protein, flagella  27.13 
 
 		 250 aa  45.4  0.0009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000345404  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.36 
 
 		 259 aa  45.4  0.0009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  25 
 
 		 259 aa  45.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0325  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 		 266 aa  45.4  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0544  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  28 
 
 		 501 aa  45.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0576109  unclonable  7.662799999999999e-28 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 		 265 aa  44.7  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0403  putative PAS/PAC sensor protein  27.16 
 
 		 456 aa  44.7  0.001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0031  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 272 aa  44.7  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.246666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 305 aa  44.3  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0584  amino acid ABC transporter periplasmic protein  20.16 
 
 		 273 aa  44.3  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0380043  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.62 
 
 		 265 aa  44.3  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0661  extracellular solute-binding protein family 3  23.62 
 
 		 276 aa  44.3  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.126579  hitchhiker  0.00355564 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  27.22 
 
 		 265 aa  44.3  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.6 
 
 		 282 aa  44.3  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.71 
 
 		 260 aa  43.9  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  26.12 
 
 		 265 aa  43.5  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 261 aa  43.5  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.21 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3875  extracellular solute-binding protein family 3  23.21 
 
 		 289 aa  43.5  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.575894  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 260 aa  43.9  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  24.63 
 
 		 277 aa  43.9  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 		 457 aa  43.9  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 		 245 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.19 
 
 		 257 aa  43.5  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1926  solute-binding family 1 protein  27.66 
 
 		 250 aa  43.1  0.004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25 
 
 		 264 aa  43.5  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.33 
 
 		 262 aa  43.1  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 		 251 aa  43.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.8 
 
 		 276 aa  43.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  30.22 
 
 		 256 aa  43.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0125  extracellular solute-binding protein family 3  28.16 
 
 		 270 aa  43.1  0.005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  22.53 
 
 		 253 aa  43.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.83 
 
 		 1047 aa  43.1  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  25.74 
 
 		 264 aa  42.7  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  25.62 
 
 		 259 aa  42.7  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 259 aa  42.7  0.006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 259 aa  42.7  0.006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4039  histidine kinase  22.92 
 
 		 572 aa  42.7  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>