148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4251 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 244 aa  499  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  68.44 
 
 		 248 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  68 
 
 		 248 aa  328  6e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  53.42 
 
 		 250 aa  266  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  51.68 
 
 		 251 aa  265  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  54.3 
 
 		 250 aa  264  8e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  51.24 
 
 		 251 aa  254  9e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  47.2 
 
 		 269 aa  248  6e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  50 
 
 		 251 aa  248  6e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  51.04 
 
 		 251 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  51.04 
 
 		 251 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  51.13 
 
 		 251 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  40 
 
 		 248 aa  182  5.0000000000000004e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  37.78 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  37.95 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  36.12 
 
 		 247 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  36.56 
 
 		 254 aa  138  7e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  35.78 
 
 		 256 aa  123  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  32.81 
 
 		 257 aa  118  7e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 		 248 aa  118  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  36.4 
 
 		 483 aa  115  6e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  30.36 
 
 		 632 aa  107  2e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.44 
 
 		 247 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  27.98 
 
 		 257 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 		 257 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  31.98 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 257 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.3 
 
 		 255 aa  102  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  27.05 
 
 		 257 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  29.79 
 
 		 321 aa  101  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30 
 
 		 401 aa  93.6  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  25.4 
 
 		 255 aa  90.9  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  31.05 
 
 		 262 aa  90.9  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 255 aa  90.9  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  25.89 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 260 aa  89.4  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  28.33 
 
 		 295 aa  89.4  5e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  23.79 
 
 		 255 aa  88.6  8e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 255 aa  87  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 		 255 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  29.51 
 
 		 258 aa  86.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 		 244 aa  82.8  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2027  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.15 
 
 		 275 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.360228 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  26.83 
 
 		 265 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28 
 
 		 228 aa  80.1  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 		 275 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 		 244 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  24.67 
 
 		 237 aa  72.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  29.17 
 
 		 271 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 		 260 aa  72  0.000000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  26.18 
 
 		 252 aa  72  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  24.78 
 
 		 238 aa  72  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 		 265 aa  72  0.000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 		 275 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 265 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.62 
 
 		 235 aa  70.1  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 268 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.4 
 
 		 274 aa  66.2  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 238 aa  64.7  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  25.6 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.41 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 269 aa  60.8  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1645  metal dependent phosphohydrolase  22.45 
 
 		 615 aa  60.5  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 270 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  22.95 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  24.52 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  22.5 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 		 262 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  27.93 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.65 
 
 		 247 aa  55.5  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  22.71 
 
 		 264 aa  55.5  0.0000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  22.71 
 
 		 264 aa  55.5  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  22.71 
 
 		 264 aa  55.5  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  22.81 
 
 		 264 aa  55.1  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  25.62 
 
 		 254 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  23.6 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  22.47 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  31.93 
 
 		 298 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  26.34 
 
 		 248 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 		 286 aa  53.5  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1579  metal dependent phosphohydrolase  21.86 
 
 		 618 aa  52.4  0.000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  29.69 
 
 		 274 aa  52.4  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  27.06 
 
 		 570 aa  52  0.000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  29.41 
 
 		 297 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0123  hypothetical protein  25.32 
 
 		 263 aa  49.3  0.00006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.289179 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  21.71 
 
 		 264 aa  48.9  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.12 
 
 		 1165 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  25.84 
 
 		 264 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 270 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  21.07 
 
 		 269 aa  47.8  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  24.64 
 
 		 248 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  24.64 
 
 		 248 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 264 aa  48.1  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  24.64 
 
 		 248 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.84 
 
 		 264 aa  47.8  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2605  ABC transporter  23.91 
 
 		 248 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>