117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0350 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 321 aa  654    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  31.76 
 
 		 258 aa  140  3e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 		 248 aa  138  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  32.55 
 
 		 256 aa  133  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 		 262 aa  122  7e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  27.97 
 
 		 257 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.63 
 
 		 401 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  29.82 
 
 		 483 aa  119  6e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  32.39 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.03 
 
 		 255 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  31.75 
 
 		 255 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  30.19 
 
 		 269 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 275 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 265 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.71 
 
 		 251 aa  106  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 		 265 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  28.78 
 
 		 265 aa  104  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  25.3 
 
 		 632 aa  104  2e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  31.3 
 
 		 251 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 		 265 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  29.49 
 
 		 252 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 260 aa  103  5e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  33.63 
 
 		 242 aa  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.79 
 
 		 244 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  30.6 
 
 		 236 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 238 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  30.59 
 
 		 251 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  30.59 
 
 		 251 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  31.47 
 
 		 254 aa  100  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 262 aa  99.4  7e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 248 aa  97.8  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  30.13 
 
 		 251 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 		 257 aa  96.7  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  29 
 
 		 257 aa  95.9  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 		 244 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 		 255 aa  95.1  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  27.98 
 
 		 257 aa  95.5  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 		 257 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  29.28 
 
 		 248 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  28.7 
 
 		 257 aa  93.6  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  28.83 
 
 		 248 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  28.31 
 
 		 255 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  27.75 
 
 		 250 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  27.75 
 
 		 250 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 		 263 aa  89.4  8e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 260 aa  88.6  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  29.73 
 
 		 237 aa  89  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  28.31 
 
 		 255 aa  87.8  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 		 255 aa  87.8  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  27.07 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 268 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  25.98 
 
 		 271 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  28.7 
 
 		 238 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  28.33 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 244 aa  76.6  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  27.83 
 
 		 251 aa  74.3  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.42 
 
 		 274 aa  71.6  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2027  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.15 
 
 		 275 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.360228 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.34 
 
 		 252 aa  71.2  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.78 
 
 		 235 aa  67  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 		 269 aa  65.1  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  26.94 
 
 		 295 aa  63.9  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3840  putative lipoprotein  23.58 
 
 		 255 aa  62.8  0.000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.54 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  24.08 
 
 		 248 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  30.86 
 
 		 830 aa  51.6  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  25.94 
 
 		 1245 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 246 aa  50.4  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.85 
 
 		 1165 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 		 275 aa  49.3  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.19 
 
 		 255 aa  48.9  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  23.19 
 
 		 247 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 		 253 aa  48.9  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  27.05 
 
 		 935 aa  48.9  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1440  extracellular solute-binding protein  24.5 
 
 		 273 aa  48.1  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.506156  normal  0.1259 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 247 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.43 
 
 		 247 aa  48.1  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1365  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 		 322 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.975535 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 246 aa  48.1  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  24.34 
 
 		 253 aa  47.8  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  28.3 
 
 		 248 aa  47  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 277 aa  47  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1806  extracellular solute-binding protein  22.05 
 
 		 253 aa  47.4  0.0004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0263139  unclonable  0.0000000066734 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0414  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 252 aa  47  0.0004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.44 
 
 		 1244 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2392  extracellular solute-binding protein family 3  26.9 
 
 		 255 aa  46.6  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  23.04 
 
 		 259 aa  46.6  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.92 
 
 		 284 aa  46.2  0.0007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  23.64 
 
 		 266 aa  46.2  0.0007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3699  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  23.81 
 
 		 283 aa  46.2  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.67 
 
 		 264 aa  45.8  0.0009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.53 
 
 		 247 aa  45.8  0.0009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.33 
 
 		 1055 aa  45.8  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2076  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2800  extracellular solute-binding protein  22.58 
 
 		 286 aa  45.4  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 		 268 aa  45.4  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.89 
 
 		 681 aa  45.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>