142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3188 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  100 
 
 		 228 aa  477  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  51.16 
 
 		 238 aa  245  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  51.39 
 
 		 237 aa  242  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  43.18 
 
 		 236 aa  187  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 262 aa  108  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  30.09 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  32.14 
 
 		 242 aa  106  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  31.34 
 
 		 251 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  29.39 
 
 		 248 aa  103  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  29.44 
 
 		 251 aa  102  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  29.36 
 
 		 251 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  29.36 
 
 		 251 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  30.88 
 
 		 269 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 		 251 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  29.44 
 
 		 250 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  29.96 
 
 		 248 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  28.64 
 
 		 257 aa  96.7  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.86 
 
 		 255 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  28.97 
 
 		 250 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  28.19 
 
 		 256 aa  95.5  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  29.52 
 
 		 248 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  28.64 
 
 		 257 aa  94.7  9e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 257 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.24 
 
 		 251 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 		 248 aa  93.2  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  27.7 
 
 		 257 aa  89  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  26.7 
 
 		 265 aa  88.2  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 275 aa  85.9  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 238 aa  85.5  7e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.75 
 
 		 252 aa  84.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  24.89 
 
 		 255 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 265 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  27.07 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  28.84 
 
 		 257 aa  82  0.000000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  26.54 
 
 		 257 aa  81.6  0.000000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 260 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  25 
 
 		 632 aa  81.3  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.23 
 
 		 247 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 260 aa  80.9  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.11 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28 
 
 		 244 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  24.88 
 
 		 255 aa  79  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  24.88 
 
 		 258 aa  78.2  0.00000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  24.27 
 
 		 483 aa  78.2  0.0000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  23.98 
 
 		 251 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  21.6 
 
 		 268 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.38 
 
 		 235 aa  77.4  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 265 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 265 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  24.89 
 
 		 252 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  39.29 
 
 		 401 aa  73.2  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 248 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 		 269 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  22.69 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 244 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  22.65 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 		 244 aa  62  0.000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 270 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  26.46 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  26.46 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  22.77 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  26.01 
 
 		 264 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  25.46 
 
 		 268 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  27.39 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 241 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0076  GGDEF domain-containing protein  24.88 
 
 		 941 aa  57  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1185  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 257 aa  57  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148046 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  25.23 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  27.86 
 
 		 2213 aa  56.6  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3602  hypothetical protein  27.12 
 
 		 268 aa  55.5  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  22.91 
 
 		 262 aa  54.7  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3840  putative lipoprotein  30.59 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  23.61 
 
 		 248 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  24.03 
 
 		 258 aa  54.3  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  24.36 
 
 		 262 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 262 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  25.16 
 
 		 295 aa  52.8  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 262 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  22.88 
 
 		 252 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.94 
 
 		 243 aa  52.4  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 251 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  21.92 
 
 		 255 aa  52.4  0.000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  24.66 
 
 		 265 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1664  extracellular solute-binding protein family 3  21.52 
 
 		 294 aa  51.6  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  24.7 
 
 		 259 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.12 
 
 		 274 aa  50.8  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.88 
 
 		 490 aa  50.4  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  25.66 
 
 		 258 aa  49.3  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 		 457 aa  49.7  0.00004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0411  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  22.81 
 
 		 238 aa  49.7  0.00004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 276 aa  48.5  0.00008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 270 aa  48.5  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  22.59 
 
 		 250 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  22.59 
 
 		 250 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>