140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4249 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 251 aa  513  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  77.69 
 
 		 251 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  77.69 
 
 		 251 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  61.35 
 
 		 251 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  60.89 
 
 		 251 aa  312  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  60.08 
 
 		 269 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  61.7 
 
 		 250 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  61.04 
 
 		 250 aa  301  5.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  56.97 
 
 		 251 aa  300  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  58.37 
 
 		 248 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  57.92 
 
 		 248 aa  269  4e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  51.24 
 
 		 244 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  42.28 
 
 		 248 aa  187  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  39.01 
 
 		 252 aa  179  4.999999999999999e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.2 
 
 		 247 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  36.04 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  35.54 
 
 		 254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 236 aa  125  7e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  35.74 
 
 		 256 aa  123  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  34.27 
 
 		 257 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 		 248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 262 aa  103  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  31.65 
 
 		 483 aa  104  2e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  27.31 
 
 		 228 aa  99.4  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 260 aa  99  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  27.71 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  30.13 
 
 		 321 aa  96.7  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  27.35 
 
 		 237 aa  95.9  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  27.38 
 
 		 632 aa  94.7  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 		 255 aa  94.7  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  28.19 
 
 		 255 aa  94.7  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  33.18 
 
 		 258 aa  95.1  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 265 aa  93.6  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  27.6 
 
 		 265 aa  92.8  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  25.5 
 
 		 257 aa  92.8  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.63 
 
 		 255 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  27.09 
 
 		 255 aa  92  7e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 255 aa  90.9  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  25.5 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  27.23 
 
 		 257 aa  90.9  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 257 aa  89  7e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 257 aa  88.6  8e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.58 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 238 aa  85.5  7e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 275 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 263 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.34 
 
 		 401 aa  82  0.000000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  24.89 
 
 		 271 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 255 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  24.5 
 
 		 265 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 265 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  24.9 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  24.67 
 
 		 252 aa  72  0.000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 244 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 244 aa  69.7  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2027  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.2 
 
 		 275 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.360228 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  26.17 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  23.11 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  26.77 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  25.21 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.66 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 		 251 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 		 269 aa  58.5  0.00000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  23.89 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  25.88 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  24.78 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  24.6 
 
 		 264 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  24 
 
 		 241 aa  57  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  24.22 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  24.6 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.92 
 
 		 1047 aa  55.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  25.44 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3840  putative lipoprotein  23.81 
 
 		 255 aa  53.9  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.23 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  25.88 
 
 		 243 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0123  hypothetical protein  23.76 
 
 		 263 aa  52.4  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.289179 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.47 
 
 		 1047 aa  52.4  0.000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  23.11 
 
 		 264 aa  51.6  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  26.53 
 
 		 259 aa  51.2  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 		 246 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  22.56 
 
 		 263 aa  51.2  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  21.71 
 
 		 259 aa  50.8  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  24.14 
 
 		 264 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  23.17 
 
 		 247 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.75 
 
 		 253 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0411  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  22.73 
 
 		 238 aa  49.3  0.00006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.58 
 
 		 1165 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2682  ABC transporter  25.37 
 
 		 235 aa  48.9  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.76928 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 		 262 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  21.05 
 
 		 257 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  23.75 
 
 		 262 aa  47.4  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  25.1 
 
 		 255 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.55 
 
 		 256 aa  47.4  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0326  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 310 aa  47  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  24.52 
 
 		 255 aa  46.6  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>