22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4222 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4222  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 267 aa  555  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0872953 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0229  extracellular solute-binding protein  47.2 
 
 		 269 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.33 
 
 		 256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  27.94 
 
 		 295 aa  92.8  5e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 		 275 aa  82.4  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3308  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 		 248 aa  57  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944301  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1579  metal dependent phosphohydrolase  28.47 
 
 		 618 aa  50.4  0.00003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2102  histidine kinase  23.4 
 
 		 575 aa  48.9  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1459  extracellular solute-binding protein family 3  23.92 
 
 		 246 aa  47.8  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1761  histidine kinase  24.67 
 
 		 578 aa  46.6  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2199  hypothetical protein  25.11 
 
 		 257 aa  47  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1774  histidine kinase  22.67 
 
 		 578 aa  47  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1459  cytidine deaminase  21.94 
 
 		 396 aa  45.8  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1854  histidine kinase  24.16 
 
 		 578 aa  45.8  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0186  extracellular solute-binding protein family 3  23.81 
 
 		 291 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3163  extracellular solute-binding protein  23.42 
 
 		 295 aa  44.7  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  23.95 
 
 		 264 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0524  extracellular solute-binding protein family 3  22.27 
 
 		 315 aa  44.3  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0226  metal dependent phosphohydrolase  27.72 
 
 		 770 aa  43.5  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16838  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.99 
 
 		 307 aa  43.9  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0877106  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0215  extracellular solute-binding protein family 3  23.81 
 
 		 291 aa  43.9  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.195827  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7508  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  27.7 
 
 		 272 aa  42.4  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>