60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1508 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1508  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 257 aa  530  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118262  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1094  hypothetical protein  38.78 
 
 		 244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.396494 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 		 262 aa  89  7e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1802  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 261 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.202097  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3796  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 283 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.814508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  28.5 
 
 		 265 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 		 247 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 		 256 aa  76.6  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0117  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.71 
 
 		 254 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  27.93 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.14 
 
 		 2654 aa  56.2  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  26.7 
 
 		 245 aa  55.8  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  27.54 
 
 		 247 aa  54.3  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0483  hypothetical protein  26.47 
 
 		 292 aa  52.8  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3629  hypothetical protein  27.08 
 
 		 281 aa  52.4  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4075  hypothetical protein  25.95 
 
 		 245 aa  52  0.000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2732  extracellular solute-binding protein  21.89 
 
 		 284 aa  52  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 		 262 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  22.44 
 
 		 281 aa  50.1  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3453  hypothetical protein  26.03 
 
 		 281 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1641  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 302 aa  49.3  0.00006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.256735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 		 251 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0497  hypothetical protein  25.69 
 
 		 281 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.664537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.08 
 
 		 263 aa  47.8  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1958  putative PAS/PAC sensor protein  26.55 
 
 		 598 aa  47.4  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1924  hypothetical protein  26.52 
 
 		 248 aa  48.1  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2268  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.09 
 
 		 977 aa  47  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  23.35 
 
 		 291 aa  46.6  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 253 aa  45.8  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3711  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 236 aa  45.8  0.0006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  26.57 
 
 		 297 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6715  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.25 
 
 		 274 aa  45.8  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  29.08 
 
 		 253 aa  45.8  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 270 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25 
 
 		 265 aa  45.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1794  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  18.71 
 
 		 589 aa  45.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000132214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2702  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 		 237 aa  44.7  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.297133  normal  0.511095 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1365  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 		 322 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.975535 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  25.6 
 
 		 258 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 253 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.67 
 
 		 584 aa  43.9  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  27.45 
 
 		 275 aa  44.3  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 830 aa  44.3  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  23.75 
 
 		 260 aa  44.3  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.48 
 
 		 604 aa  44.3  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0596  hypothetical protein  25.48 
 
 		 282 aa  44.3  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  19.35 
 
 		 1251 aa  43.9  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  30.97 
 
 		 263 aa  43.9  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4964  extracellular solute-binding protein family 3  24.15 
 
 		 274 aa  43.1  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0641504  normal  0.0820416 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0485  hypothetical protein  25.96 
 
 		 257 aa  43.1  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.69 
 
 		 243 aa  43.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  24.52 
 
 		 598 aa  42.7  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.07 
 
 		 274 aa  42.7  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0201  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 266 aa  42.4  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 		 269 aa  42.4  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0461  hypothetical protein  27.49 
 
 		 257 aa  42.4  0.008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3858  hypothetical protein  25.55 
 
 		 257 aa  42.4  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0076  GGDEF domain-containing protein  21.77 
 
 		 941 aa  42.4  0.008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  30.77 
 
 		 312 aa  42  0.01  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>