35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1094 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1094  hypothetical protein  100 
 
 		 244 aa  498  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.396494 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1508  extracellular solute-binding protein  40.83 
 
 		 257 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118262  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 262 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 		 256 aa  58.5  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 270 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  32.92 
 
 		 243 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 		 281 aa  52  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.14 
 
 		 253 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 		 251 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0117  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.94 
 
 		 254 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3412  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 296 aa  49.3  0.00006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  22.97 
 
 		 292 aa  48.5  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  22.97 
 
 		 292 aa  48.5  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1802  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 		 261 aa  48.5  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.202097  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 245 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 		 247 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3796  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 		 283 aa  47  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.814508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 291 aa  45.8  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.16 
 
 		 251 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 245 aa  44.7  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0461  hypothetical protein  25.95 
 
 		 257 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  21.02 
 
 		 285 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  20.45 
 
 		 285 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0485  hypothetical protein  25.95 
 
 		 257 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  21.02 
 
 		 285 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 		 265 aa  44.3  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  20.45 
 
 		 285 aa  43.9  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2732  extracellular solute-binding protein  21.61 
 
 		 284 aa  43.1  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  25.41 
 
 		 258 aa  42.7  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.04 
 
 		 245 aa  42.7  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  24.37 
 
 		 241 aa  42.4  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3858  hypothetical protein  25.41 
 
 		 257 aa  42.4  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4645  hypothetical protein  21.74 
 
 		 246 aa  42.4  0.007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 246 aa  42  0.009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>