More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3001 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3757  extracellular solute-binding protein  79.22 
 
 		 722 aa  1176    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00680272 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3001  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 725 aa  1471    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.620966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3213  extracellular solute-binding protein  80.75 
 
 		 722 aa  1216    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3583  extracellular solute-binding protein  80.97 
 
 		 738 aa  1224    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1239  extracellular solute-binding protein  40.03 
 
 		 736 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4167  sodium/dicarboxylate symporter family protein  33.94 
 
 		 721 aa  428  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2113  extracellular solute-binding protein family 3  31.22 
 
 		 764 aa  385  1e-105  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12331  DAACS family glutamate/aspartate/dicarboxylate symporter  26.94 
 
 		 737 aa  297  6e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0147  sodium:dicarboxylate symporter  26.07 
 
 		 416 aa  92.4  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0144  sodium:dicarboxylate symporter  26.07 
 
 		 416 aa  92.4  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0147  sodium:dicarboxylate symporter  26.07 
 
 		 409 aa  92.4  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4211  sodium:dicarboxylate symporter  26.07 
 
 		 416 aa  92  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0157  proton/glutamate symporter  26.07 
 
 		 412 aa  91.7  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0148  sodium:dicarboxylate symporter  26.07 
 
 		 416 aa  90.9  7e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.319254 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0142  sodium:dicarboxylate symporter  25.71 
 
 		 409 aa  90.9  8e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0142  sodium:dicarboxylate symporter  25.71 
 
 		 409 aa  90.5  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0145  sodium:dicarboxylate symporter  25.71 
 
 		 416 aa  87  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1046  sodium:dicarboxylate symporter  25.74 
 
 		 408 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1116  sodium:dicarboxylate symporter  25.09 
 
 		 408 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  29 
 
 		 250 aa  81.6  0.00000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3480  sodium:dicarboxylate symporter  24.3 
 
 		 444 aa  80.9  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1281  sodium/dicarboxylate symporter  26.6 
 
 		 434 aa  80.5  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3671  sodium:dicarboxylate symporter  24.3 
 
 		 444 aa  80.5  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.154898 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0768  sodium:dicarboxylate symporter  24.3 
 
 		 444 aa  80.5  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3549  sodium:dicarboxylate symporter  24.3 
 
 		 444 aa  80.5  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.29 
 
 		 272 aa  79.3  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0515  sodium:dicarboxylate symporter  24.8 
 
 		 456 aa  79.7  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.505334  normal  0.112871 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3547  sodium:dicarboxylate symporter  26.32 
 
 		 454 aa  79.7  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0280524 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2768  proton/glutamate symporter  23.67 
 
 		 430 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3625  sodium:dicarboxylate symporter  25.74 
 
 		 408 aa  79  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0764  sodium:dicarboxylate symporter  23.78 
 
 		 435 aa  78.2  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3259  sodium:dicarboxylate symporter  23.78 
 
 		 440 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0775  sodium:dicarboxylate symporter  22.97 
 
 		 432 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3362  sodium:dicarboxylate symporter  23.78 
 
 		 440 aa  78.2  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  26.94 
 
 		 272 aa  77.4  0.0000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0863  sodium:dicarboxylate symporter  22.38 
 
 		 443 aa  77  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2844  sodium:dicarboxylate symporter  25.33 
 
 		 436 aa  77  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000693951  decreased coverage  0.00000000285663 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2336  sodium/dicarboxylate symporter family protein  26.29 
 
 		 423 aa  76.3  0.000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000234302  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  26.89 
 
 		 266 aa  76.6  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2904  sodium:dicarboxylate symporter  24.67 
 
 		 451 aa  76.3  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.555878  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1532  sodium:dicarboxylate symporter  26.73 
 
 		 442 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000132104  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02764  hypothetical protein  24.22 
 
 		 419 aa  75.9  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  27.83 
 
 		 288 aa  75.5  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  27 
 
 		 272 aa  75.5  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1194  putative proton/glutamate symporter  25.58 
 
 		 447 aa  75.1  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.17283  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0922  proton/glutamate symporter  22.73 
 
 		 424 aa  75.5  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0743  sodium:dicarboxylate symporter  22.49 
 
 		 433 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0042  glutamate/aspartate:proton symporter  24.53 
 
 		 443 aa  75.1  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.192783  normal  0.376694 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  25.4 
 
 		 266 aa  75.5  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 272 aa  74.3  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1771  sodium:dicarboxylate symporter  22.58 
 
 		 437 aa  74.3  0.000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.975695  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  26.53 
 
 		 273 aa  73.6  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3814  cyclohexadienyl dehydratase  25.2 
 
 		 284 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.607683  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3070  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 273 aa  73.6  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.966648  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0381  sodium:dicarboxylate symporter  23.18 
 
 		 437 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000240059  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1726  sodium:dicarboxylate symporter  26.91 
 
 		 437 aa  73.9  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0862  sodium:dicarboxylate symporter  23.74 
 
 		 449 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1570  sodium:dicarboxylate symporter  24.37 
 
 		 420 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 271 aa  72.8  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3995  sodium:dicarboxylate symporter  26.13 
 
 		 434 aa  72.8  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.845603  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3501  C4-dicarboxylate transporter DctA  23.71 
 
 		 451 aa  72.8  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2400  sodium:dicarboxylate symporter  25.25 
 
 		 439 aa  72.4  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000628072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.24 
 
 		 284 aa  72.4  0.00000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3748  C4-dicarboxylate transporter DctA  25 
 
 		 448 aa  72.4  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1852  sodium:dicarboxylate symporter  25.58 
 
 		 440 aa  72  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000496305 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2492  sodium:dicarboxylate symporter  25.58 
 
 		 440 aa  72  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.574734  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  26.36 
 
 		 266 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  24.05 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1800  sodium:dicarboxylate symporter  23.67 
 
 		 436 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0926897  hitchhiker  0.00000253529 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2499  sodium:dicarboxylate symporter  25.58 
 
 		 440 aa  71.2  0.00000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.625769  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003079  proton/glutamate symporter  23.18 
 
 		 419 aa  71.2  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000289708  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  37.93 
 
 		 489 aa  70.1  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2612  sodium:dicarboxylate symporter  24.41 
 
 		 440 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.821757  normal  0.0122814 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.93 
 
 		 489 aa  70.1  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 		 266 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.07 
 
 		 266 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001114  proton/glutamate symporter  26.56 
 
 		 434 aa  69.7  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.602578  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 266 aa  70.1  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0209  sodium:dicarboxylate symporter  25.71 
 
 		 419 aa  69.7  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0330286  normal  0.314079 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 266 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.93 
 
 		 489 aa  70.1  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1582  sodium:dicarboxylate symporter  25.84 
 
 		 437 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.147509 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72340  glutamate/aspartate:proton symporter  25.61 
 
 		 444 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2597  extracellular solute-binding protein family 3  24.81 
 
 		 270 aa  68.9  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00189611  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1948  sodium:dicarboxylate symporter family protein  26.3 
 
 		 437 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 266 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02547  proton/glutamate symporter  24.65 
 
 		 417 aa  68.9  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0174  glutamate/aspartate:proton symporter  23.9 
 
 		 443 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1338  proton/glutamate symporter  25.78 
 
 		 445 aa  68.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 		 503 aa  68.9  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2227  sodium:dicarboxylate symporter  25.9 
 
 		 439 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.49503  hitchhiker  0.00495377 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4924  extracellular solute-binding protein  31.4 
 
 		 261 aa  68.6  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6277  glutamate/aspartate:proton symporter  25.61 
 
 		 444 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 273 aa  68.6  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1216  sodium:dicarboxylate symporter  25.42 
 
 		 441 aa  68.2  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2349  sodium:dicarboxylate symporter  26.25 
 
 		 409 aa  68.2  0.0000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1657  sodium:dicarboxylate symporter  25.17 
 
 		 437 aa  68.2  0.0000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.188605  hitchhiker  0.000269021 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1319  sodium:dicarboxylate symporter  24.92 
 
 		 437 aa  68.2  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0460332  normal  0.366599 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1191  sodium/dicarboxylate symporter family protein  23.79 
 
 		 435 aa  67.8  0.0000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0028335  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.16 
 
 		 503 aa  68.2  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0615942 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>