More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3583 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3583  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 738 aa  1503    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3213  extracellular solute-binding protein  81.86 
 
 		 722 aa  1226    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3757  extracellular solute-binding protein  82.08 
 
 		 722 aa  1207    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00680272 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3001  extracellular solute-binding protein  80.97 
 
 		 725 aa  1226    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.620966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1239  extracellular solute-binding protein  38.4 
 
 		 736 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4167  sodium/dicarboxylate symporter family protein  32.47 
 
 		 721 aa  422  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2113  extracellular solute-binding protein family 3  30.6 
 
 		 764 aa  379  1e-103  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12331  DAACS family glutamate/aspartate/dicarboxylate symporter  25 
 
 		 737 aa  278  4e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0157  proton/glutamate symporter  27.8 
 
 		 412 aa  92  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0144  sodium:dicarboxylate symporter  27.08 
 
 		 416 aa  89.4  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4211  sodium:dicarboxylate symporter  27.08 
 
 		 416 aa  89.4  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0147  sodium:dicarboxylate symporter  27.08 
 
 		 416 aa  89.4  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0142  sodium:dicarboxylate symporter  26.71 
 
 		 409 aa  89.7  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0147  sodium:dicarboxylate symporter  26.71 
 
 		 409 aa  89  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0148  sodium:dicarboxylate symporter  27.08 
 
 		 416 aa  88.2  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.319254 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0142  sodium:dicarboxylate symporter  26.71 
 
 		 409 aa  88.2  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3480  sodium:dicarboxylate symporter  24.34 
 
 		 444 aa  87  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0145  sodium:dicarboxylate symporter  26.1 
 
 		 416 aa  87  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3671  sodium:dicarboxylate symporter  24.34 
 
 		 444 aa  87  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.154898 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3549  sodium:dicarboxylate symporter  24.34 
 
 		 444 aa  87  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0768  sodium:dicarboxylate symporter  24.34 
 
 		 444 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0764  sodium:dicarboxylate symporter  23.2 
 
 		 435 aa  84  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1046  sodium:dicarboxylate symporter  25.99 
 
 		 408 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3259  sodium:dicarboxylate symporter  23.2 
 
 		 440 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2768  proton/glutamate symporter  24.73 
 
 		 430 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3362  sodium:dicarboxylate symporter  23.78 
 
 		 440 aa  81.6  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1116  sodium:dicarboxylate symporter  25.54 
 
 		 408 aa  81.6  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 250 aa  81.3  0.00000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0515  sodium:dicarboxylate symporter  24.26 
 
 		 456 aa  80.9  0.00000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.505334  normal  0.112871 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0922  proton/glutamate symporter  24.81 
 
 		 424 aa  80.5  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0863  sodium:dicarboxylate symporter  24.04 
 
 		 443 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3625  sodium:dicarboxylate symporter  27.11 
 
 		 408 aa  79  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0743  sodium:dicarboxylate symporter  24.08 
 
 		 433 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0862  sodium:dicarboxylate symporter  23.24 
 
 		 449 aa  78.2  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0775  sodium:dicarboxylate symporter  24.81 
 
 		 432 aa  78.2  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1532  sodium:dicarboxylate symporter  24.84 
 
 		 442 aa  77.8  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000132104  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1281  sodium/dicarboxylate symporter  26.24 
 
 		 434 aa  77.8  0.0000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3995  sodium:dicarboxylate symporter  26.42 
 
 		 434 aa  76.6  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.845603  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.35 
 
 		 284 aa  75.9  0.000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2904  sodium:dicarboxylate symporter  22.78 
 
 		 451 aa  75.9  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.555878  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  23.87 
 
 		 278 aa  74.7  0.000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3547  sodium:dicarboxylate symporter  25.07 
 
 		 454 aa  74.3  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0280524 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  25.96 
 
 		 288 aa  73.6  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2844  sodium:dicarboxylate symporter  25.52 
 
 		 436 aa  73.9  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000693951  decreased coverage  0.00000000285663 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.42 
 
 		 272 aa  73.9  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4196  C4-dicarboxylate transporter DctA  22.83 
 
 		 436 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3279  polar amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.91 
 
 		 256 aa  73.2  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1055  sodium:dicarboxylate symporter  27.04 
 
 		 417 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.637343 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  24.48 
 
 		 272 aa  72.4  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1570  sodium:dicarboxylate symporter  24.45 
 
 		 420 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3501  C4-dicarboxylate transporter DctA  25.38 
 
 		 451 aa  72.4  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33260  C4-dicarboxylate transporter DctA  22.42 
 
 		 442 aa  72  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.36472  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1194  putative proton/glutamate symporter  26.04 
 
 		 447 aa  72  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.17283  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1191  sodium/dicarboxylate symporter family protein  24.22 
 
 		 435 aa  72  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0028335  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1019  sodium:dicarboxylate symporter family protein  24.22 
 
 		 435 aa  72  0.00000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00254139  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1064  surface antigen, CjaA  23.89 
 
 		 279 aa  71.2  0.00000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.433625  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 		 247 aa  71.2  0.00000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0941  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.44 
 
 		 254 aa  71.2  0.00000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0042  glutamate/aspartate:proton symporter  23.68 
 
 		 443 aa  70.9  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.192783  normal  0.376694 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1726  sodium:dicarboxylate symporter  23.92 
 
 		 437 aa  70.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3412  arogenate dehydratase  27.44 
 
 		 254 aa  70.1  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40472  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  25.11 
 
 		 297 aa  70.1  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0714  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.32 
 
 		 256 aa  70.5  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0236853 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2597  extracellular solute-binding protein family 3  25.42 
 
 		 270 aa  70.5  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00189611  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49130  C4-dicarboxylate transporter DctA  22.28 
 
 		 436 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000308919 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1904  sodium:dicarboxylate symporter  27.5 
 
 		 409 aa  70.1  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.374206 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1067  sodium:dicarboxylate symporter  27.23 
 
 		 410 aa  69.7  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000677504  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1001  CjaA protein  23.45 
 
 		 279 aa  69.3  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3070  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 273 aa  68.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.966648  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2400  sodium:dicarboxylate symporter  24.75 
 
 		 439 aa  68.9  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000628072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0183  sodium:dicarboxylate symporter  24.09 
 
 		 434 aa  68.6  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  25.46 
 
 		 283 aa  68.6  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2253  sodium:dicarboxylate symporter  24.67 
 
 		 441 aa  68.2  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2492  sodium:dicarboxylate symporter  24.75 
 
 		 440 aa  67.8  0.0000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.574734  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02764  hypothetical protein  22.49 
 
 		 419 aa  68.2  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  26.42 
 
 		 273 aa  68.2  0.0000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1852  sodium:dicarboxylate symporter  24.75 
 
 		 440 aa  67.8  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000496305 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1948  sodium:dicarboxylate symporter family protein  25.32 
 
 		 437 aa  67.8  0.0000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1800  sodium:dicarboxylate symporter  23.26 
 
 		 436 aa  67.8  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0926897  hitchhiker  0.00000253529 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  25.71 
 
 		 273 aa  67.4  0.0000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0174  glutamate/aspartate:proton symporter  23.68 
 
 		 443 aa  67.4  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2461  C4-dicarboxylate transporter DctA  21.56 
 
 		 440 aa  67  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3423  C4-dicarboxylate transporter DctA  21.56 
 
 		 440 aa  67  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.329562  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3460  C4-dicarboxylate transporter DctA  21.56 
 
 		 440 aa  67  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3732  C4-dicarboxylate transporter DctA  24.32 
 
 		 440 aa  67  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.405129 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2499  sodium:dicarboxylate symporter  24.75 
 
 		 440 aa  67  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.625769  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0216  sodium:dicarboxylate symporter  25.83 
 
 		 421 aa  66.6  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.013646 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2359  sodium:dicarboxylate symporter  26.59 
 
 		 449 aa  66.6  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0747418  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1582  sodium:dicarboxylate symporter  23.59 
 
 		 437 aa  67.4  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.147509 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0379  C4-dicarboxylate transporter DctA  21.56 
 
 		 440 aa  67  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0806  CjaA protein  23.01 
 
 		 279 aa  67.4  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.834  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72340  glutamate/aspartate:proton symporter  24.48 
 
 		 444 aa  67  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3458  C4-dicarboxylate transporter DctA  21.56 
 
 		 440 aa  67  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2287  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 		 261 aa  66.6  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.268829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3748  C4-dicarboxylate transporter DctA  24.09 
 
 		 448 aa  66.6  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0381  sodium:dicarboxylate symporter  22.11 
 
 		 437 aa  66.2  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000240059  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2612  sodium:dicarboxylate symporter  24.75 
 
 		 440 aa  66.6  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.821757  normal  0.0122814 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1206  sodium:dicarboxylate symporter  24.63 
 
 		 416 aa  66.6  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0233  proton/glutamate symporter  23.05 
 
 		 443 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6277  glutamate/aspartate:proton symporter  24.48 
 
 		 444 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>