More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0862 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_0775  sodium:dicarboxylate symporter  86.98 
 
 
432 aa  758    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0922  proton/glutamate symporter  85.31 
 
 
424 aa  717    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3549  sodium:dicarboxylate symporter  80.77 
 
 
444 aa  712    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0862  sodium:dicarboxylate symporter  100 
 
 
449 aa  893    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0863  sodium:dicarboxylate symporter  86.11 
 
 
443 aa  743    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3480  sodium:dicarboxylate symporter  80.32 
 
 
444 aa  707    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0764  sodium:dicarboxylate symporter  85.38 
 
 
435 aa  746    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3259  sodium:dicarboxylate symporter  84.44 
 
 
440 aa  746    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3362  sodium:dicarboxylate symporter  84.67 
 
 
440 aa  749    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2768  proton/glutamate symporter  82.06 
 
 
430 aa  700    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3671  sodium:dicarboxylate symporter  80.54 
 
 
444 aa  707    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.154898 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0768  sodium:dicarboxylate symporter  80.77 
 
 
444 aa  712    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0743  sodium:dicarboxylate symporter  88.37 
 
 
433 aa  767    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1904  sodium:dicarboxylate symporter  67.08 
 
 
409 aa  549  1e-155  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.374206 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1067  sodium:dicarboxylate symporter  55.94 
 
 
410 aa  456  1e-127  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000677504  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0129  sodium:dicarboxylate symporter  57.36 
 
 
417 aa  450  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.957581  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1326  sodium:dicarboxylate symporter  45.99 
 
 
427 aa  373  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.027246 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1055  sodium:dicarboxylate symporter  46.49 
 
 
417 aa  373  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.637343 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1206  sodium:dicarboxylate symporter  45.32 
 
 
416 aa  369  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3562  proton/glutamate symporter, putative  46.45 
 
 
413 aa  365  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1216  sodium:dicarboxylate symporter  47.01 
 
 
441 aa  366  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1726  sodium:dicarboxylate symporter  47.29 
 
 
437 aa  364  2e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1319  sodium:dicarboxylate symporter  47.54 
 
 
437 aa  363  3e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0460332  normal  0.366599 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1095  sodium:dicarboxylate symporter  45.95 
 
 
419 aa  361  1e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2492  sodium:dicarboxylate symporter  46.55 
 
 
440 aa  361  2e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.574734  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3263  sodium:dicarboxylate symporter  45.65 
 
 
419 aa  361  2e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.316295  normal  0.0437652 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1852  sodium:dicarboxylate symporter  46.55 
 
 
440 aa  361  2e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000496305 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1129  sodium:dicarboxylate symporter  45.65 
 
 
419 aa  361  2e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1028  sodium:dicarboxylate symporter  45.65 
 
 
419 aa  360  3e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2499  sodium:dicarboxylate symporter  46.55 
 
 
440 aa  360  3e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.625769  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1657  sodium:dicarboxylate symporter  46.8 
 
 
437 aa  360  4e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.188605  hitchhiker  0.000269021 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2612  sodium:dicarboxylate symporter  46.55 
 
 
440 aa  359  5e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.821757  normal  0.0122814 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1582  sodium:dicarboxylate symporter  46.8 
 
 
437 aa  359  5e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.147509 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1532  sodium:dicarboxylate symporter  46.59 
 
 
442 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000132104  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1281  sodium/dicarboxylate symporter  43.75 
 
 
434 aa  357  1.9999999999999998e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2844  sodium:dicarboxylate symporter  47.04 
 
 
436 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000693951  decreased coverage  0.00000000285663 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2983  sodium:dicarboxylate symporter  46.49 
 
 
417 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.799074 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3329  sodium:dicarboxylate symporter  44.73 
 
 
426 aa  355  1e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00153247 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2481  sodium:dicarboxylate symporter  43.44 
 
 
436 aa  354  1e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3163  sodium:dicarboxylate symporter  46 
 
 
417 aa  354  1e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1800  sodium:dicarboxylate symporter  46.8 
 
 
436 aa  354  2e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0926897  hitchhiker  0.00000253529 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3065  sodium:dicarboxylate symporter  46.25 
 
 
417 aa  354  2e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.715653 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1338  proton/glutamate symporter  43.99 
 
 
445 aa  353  2e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1571  sodium:dicarboxylate symporter  47.46 
 
 
402 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000275384  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0052  proton/glutamate symporter  44.77 
 
 
433 aa  353  4e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1069  sodium:dicarboxylate symporter  47.07 
 
 
416 aa  353  4e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04867  glutamate-aspartate symport protein  44.13 
 
 
434 aa  352  5.9999999999999994e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001114  proton/glutamate symporter  44.37 
 
 
434 aa  351  1e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.602578  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2227  sodium:dicarboxylate symporter  44.83 
 
 
439 aa  351  2e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.49503  hitchhiker  0.00495377 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1948  sodium:dicarboxylate symporter family protein  45.21 
 
 
437 aa  350  3e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2253  sodium:dicarboxylate symporter  45.81 
 
 
441 aa  348  1e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1224  sodium:dicarboxylate symporter  45.41 
 
 
416 aa  348  1e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2359  sodium:dicarboxylate symporter  44.74 
 
 
449 aa  348  1e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0747418  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1194  putative proton/glutamate symporter  46.51 
 
 
447 aa  347  3e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.17283  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2890  sodium:dicarboxylate symporter  42.79 
 
 
424 aa  345  7e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1033  sodium:dicarboxylate symporter  46.06 
 
 
419 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2349  sodium:dicarboxylate symporter  43.86 
 
 
409 aa  342  1e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0616  sodium:dicarboxylate symporter  44.42 
 
 
413 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1508  proton/glutamate symporter family protein  46.1 
 
 
411 aa  336  5e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1547  proton/glutamate symporter family protein  46.1 
 
 
411 aa  336  5e-91  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0277859  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3902  proton/glutamate symporter family protein  46.1 
 
 
411 aa  335  1e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02356  putative proton/glutamate symporter  47.45 
 
 
448 aa  335  1e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.126636  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1274  sodium:dicarboxylate symporter family protein  45.85 
 
 
411 aa  334  2e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2331  sodium:dicarboxylate symporter  44.55 
 
 
438 aa  333  3e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.712611  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1300  proton/glutamate symporter family protein  45.61 
 
 
411 aa  333  5e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643511  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1273  sodium:dicarboxylate symporter family protein  45.61 
 
 
411 aa  333  5e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1408  proton/glutamate symporter family protein  45.61 
 
 
411 aa  333  5e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1479  proton/glutamate symporter family protein  45.61 
 
 
411 aa  333  5e-90  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1114  sodium:dicarboxylate symporter  45.43 
 
 
411 aa  332  6e-90  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.819191  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1441  proton/glutamate symporter family protein  45.61 
 
 
411 aa  332  1e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.221753  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1311  sodium:dicarboxylate symporter  45.12 
 
 
411 aa  329  5.0000000000000004e-89  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11810  Na+/H+ dicarboxylate symporter  42.97 
 
 
440 aa  328  1.0000000000000001e-88  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0215347 
 
 
-
 
NC_002620  TC0681  sodium:dicarboxylate symporter family protein  39.9 
 
 
409 aa  326  4.0000000000000003e-88  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.442764  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0390  sodium:dicarboxylate symporter  44.12 
 
 
428 aa  321  9.999999999999999e-87  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000203  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4883  sodium:dicarboxylate symporter  40.58 
 
 
445 aa  312  9e-84  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1836  sodium/proton:dicarboxylate (glutamate) symporter  38.29 
 
 
457 aa  311  2e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1033  proton/sodium-glutamate symport protein (glutamate-aspartate carrierprotein)  39.54 
 
 
430 aa  311  2e-83  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000352201  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2121  sodium:dicarboxylate symporter  38.51 
 
 
457 aa  311  2e-83  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.343777  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04780  Na+/H+ dicarboxylate symporter  40.05 
 
 
445 aa  308  2.0000000000000002e-82  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.126443  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0646  Na+/H+ - glutamate/aspartate symport protein  42.05 
 
 
436 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1097  sodium:dicarboxylate symporter  40.14 
 
 
452 aa  304  2.0000000000000002e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0510  sodium:dicarboxylate symporter  40.79 
 
 
425 aa  304  3.0000000000000004e-81  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.249513  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0397  sodium:dicarboxylate symporter  42.75 
 
 
409 aa  303  5.000000000000001e-81  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.00000267322  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0956  sodium:dicarboxylate symporter  42.64 
 
 
437 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1555  proton/glutamate symporter family protein  42.69 
 
 
423 aa  302  8.000000000000001e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1153  sodium:dicarboxylate symporter  43.23 
 
 
423 aa  302  9e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000424647  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0983  sodium:dicarboxylate symporter  41.09 
 
 
422 aa  300  4e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1593  proton/glutamate symporter family protein  42.46 
 
 
423 aa  300  4e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000481335  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1314  proton/sodium-glutamate symport protein  42.23 
 
 
423 aa  299  7e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000288738  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1450  proton/glutamate symporter family protein  42.23 
 
 
423 aa  297  2e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000273308  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1524  proton/glutamate symporter family protein  42.23 
 
 
423 aa  297  2e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.0675800000000005e-55 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3857  proton/glutamate symporter family protein  42.82 
 
 
424 aa  297  3e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000638682  decreased coverage  0.00000000000134337 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1315  proton/sodium-glutamate symport protein  42.23 
 
 
423 aa  296  6e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.63752e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0366  sodium:dicarboxylate symporter  38.85 
 
 
457 aa  296  7e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538008  hitchhiker  0.000704417 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1487  proton/glutamate symporter family protein  42.58 
 
 
424 aa  294  2e-78  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000311717  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1355  sodium:dicarboxylate symporter  41.87 
 
 
424 aa  291  2e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000159183  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2400  sodium:dicarboxylate symporter  39.51 
 
 
439 aa  290  4e-77  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000628072  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2889  sodium:dicarboxylate symporter  37.03 
 
 
444 aa  286  4e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.568975  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72340  glutamate/aspartate:proton symporter  40.19 
 
 
444 aa  285  8e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6277  glutamate/aspartate:proton symporter  39.86 
 
 
444 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>