17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4554 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4554  hypothetical protein  100 
 
 		 243 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2765  hypothetical protein  43.64 
 
 		 279 aa  184  8e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.174297  normal  0.536405 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2234  hypothetical protein  36.4 
 
 		 250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2489  hypothetical protein  34.02 
 
 		 244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.525072 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00037  hypothetical protein  28.75 
 
 		 263 aa  105  4e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00036  hypothetical protein  26.58 
 
 		 259 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0631  hypothetical protein  25.52 
 
 		 247 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1622  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 266 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4246  periplasmic binding protein  28.76 
 
 		 266 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  26.6 
 
 		 268 aa  55.5  0.0000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1878  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.7 
 
 		 246 aa  52.4  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.201916  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3812  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 		 266 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0032  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 276 aa  50.4  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3565  extracellular solute-binding protein  35 
 
 		 252 aa  48.5  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3943  periplasmic binding protein  37.33 
 
 		 277 aa  44.7  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1473  hypothetical protein  30.77 
 
 		 268 aa  43.5  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2024  hypothetical protein  42.59 
 
 		 279 aa  42.4  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.20438  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>