27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2489 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2489  hypothetical protein  100 
 
 		 244 aa  500  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.525072 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2234  hypothetical protein  42.53 
 
 		 250 aa  204  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2765  hypothetical protein  40.25 
 
 		 279 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.174297  normal  0.536405 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4554  hypothetical protein  34.51 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00037  hypothetical protein  30.08 
 
 		 263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0631  hypothetical protein  30.67 
 
 		 247 aa  122  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00036  hypothetical protein  28.19 
 
 		 259 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.24 
 
 		 250 aa  52.8  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.96 
 
 		 250 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.96 
 
 		 250 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.96 
 
 		 250 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.58 
 
 		 253 aa  50.4  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.21 
 
 		 250 aa  48.9  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.21 
 
 		 250 aa  47.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.21 
 
 		 250 aa  47.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.21 
 
 		 250 aa  46.2  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.21 
 
 		 250 aa  46.2  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.21 
 
 		 250 aa  46.2  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.21 
 
 		 250 aa  46.2  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2828  extracellular solute-binding protein  32.14 
 
 		 258 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2926  extracellular solute-binding protein  31.4 
 
 		 258 aa  42.7  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.441987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 245 aa  42.7  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0186  extracellular solute-binding protein  21.98 
 
 		 251 aa  42.7  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1543  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.87 
 
 		 245 aa  42.4  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.807599  normal  0.747286 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2750  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  37.18 
 
 		 258 aa  42.4  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3038  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 250 aa  42  0.009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2120  multisensor signal transduction histidine kinase  28.92 
 
 		 682 aa  42  0.01  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>