51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1543 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1543  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 245 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.807599  normal  0.747286 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1598  extracellular solute-binding protein  51.79 
 
 		 268 aa  235  4e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.10056 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44640  hypothetical protein  52.49 
 
 		 288 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000281012  normal  0.174562 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3802  hypothetical protein  52.04 
 
 		 259 aa  234  8e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4270  hypothetical protein  51.34 
 
 		 268 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3835  extracellular solute-binding protein  51.34 
 
 		 254 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308177  normal  0.460192 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1804  hypothetical protein  48.12 
 
 		 249 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.86185  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3647  hypothetical protein  46.5 
 
 		 266 aa  216  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0875427  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1824  hypothetical protein  46.64 
 
 		 264 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0729665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21840  hypothetical protein  29.22 
 
 		 248 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223447  hitchhiker  0.00300338 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1862  hypothetical protein  27.98 
 
 		 248 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0011565  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1047  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 256 aa  85.1  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.519655  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0301  extracellular solute-binding protein family 3  28.07 
 
 		 288 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.133658 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1316  hypothetical protein  31.97 
 
 		 256 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3602  hypothetical protein  32.05 
 
 		 268 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0805  hypothetical protein  23.81 
 
 		 249 aa  62  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2813  hypothetical protein  26.03 
 
 		 249 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2896  hypothetical protein  25.62 
 
 		 249 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2993  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.21 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3855  extracellular solute-binding protein family 3  27.34 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.868062  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  26.32 
 
 		 252 aa  55.1  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0336  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.85 
 
 		 333 aa  53.1  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.651239 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1518  hypothetical protein  24.5 
 
 		 248 aa  53.5  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0597975  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0232  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 248 aa  52.4  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 270 aa  52.4  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3522  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.12 
 
 		 276 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.389292 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2080  amino acid ABC transporter  22.53 
 
 		 261 aa  50.1  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  26.11 
 
 		 256 aa  48.9  0.00006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 257 aa  48.5  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  25.5 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 269 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.56 
 
 		 243 aa  47  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  22.62 
 
 		 260 aa  47  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1758  hook assembly protein, flagella  21.31 
 
 		 250 aa  46.2  0.0005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000345404  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  22.52 
 
 		 260 aa  46.2  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06880  amino acid-binding protein  22.43 
 
 		 286 aa  45.8  0.0007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0612376  normal  0.365115 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2234  hypothetical protein  23.29 
 
 		 250 aa  44.7  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  23.74 
 
 		 255 aa  45.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1194  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.32 
 
 		 281 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0931716  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  23.62 
 
 		 255 aa  44.3  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1926  solute-binding family 1 protein  23.39 
 
 		 250 aa  44.7  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4924  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 261 aa  43.5  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263703 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1691  hypothetical protein  29.09 
 
 		 218 aa  43.5  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2389  extracellular solute-binding protein family 3  26.73 
 
 		 260 aa  43.1  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.68817  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07039  hypothetical protein  21.2 
 
 		 251 aa  43.1  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  19.72 
 
 		 266 aa  42.7  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2345  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 		 273 aa  42.7  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.949438  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3995  extracellular solute-binding protein family 3  29.56 
 
 		 263 aa  42.7  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0932187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0535  hypothetical protein  22.78 
 
 		 282 aa  42.4  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4163  extracellular solute-binding protein family 3  22.97 
 
 		 257 aa  42.4  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2489  hypothetical protein  25.87 
 
 		 244 aa  42.4  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.525072 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>