38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3835 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3835  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 254 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308177  normal  0.460192 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1598  extracellular solute-binding protein  84.52 
 
 		 268 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.10056 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4270  hypothetical protein  84.52 
 
 		 268 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1804  hypothetical protein  53.88 
 
 		 249 aa  260  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.86185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44640  hypothetical protein  55.2 
 
 		 288 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000281012  normal  0.174562 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1543  amino acid ABC transporter periplasmic protein  50.64 
 
 		 245 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.807599  normal  0.747286 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3802  hypothetical protein  52.47 
 
 		 259 aa  229  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3647  hypothetical protein  44.35 
 
 		 266 aa  225  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0875427  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1824  hypothetical protein  43.11 
 
 		 264 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0729665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21840  hypothetical protein  27.4 
 
 		 248 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223447  hitchhiker  0.00300338 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01205  ABC-type amino acid transport/signal transduction system, periplasmic component/domain  24.22 
 
 		 270 aa  71.2  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1047  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 256 aa  70.5  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.519655  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1862  hypothetical protein  25.57 
 
 		 248 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0011565  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3602  hypothetical protein  32.28 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0883  hypothetical protein  25.73 
 
 		 248 aa  58.5  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0336  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.7 
 
 		 333 aa  53.5  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.651239 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0372  hypothetical protein  25.77 
 
 		 266 aa  52.8  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1316  hypothetical protein  24.67 
 
 		 256 aa  52  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0316  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 		 255 aa  51.2  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000382447  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3247  hypothetical protein  24.89 
 
 		 250 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3104  hypothetical protein  24.79 
 
 		 250 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.796151  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1273  extracellular solute-binding protein family 3  24.79 
 
 		 250 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.757489  normal  0.0285776 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0805  hypothetical protein  23.17 
 
 		 249 aa  49.3  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3094  hypothetical protein  24.79 
 
 		 250 aa  48.9  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0301  extracellular solute-binding protein family 3  22.32 
 
 		 288 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.133658 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  23.81 
 
 		 490 aa  47.4  0.0002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.09 
 
 		 243 aa  46.2  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3522  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.96 
 
 		 276 aa  44.3  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.389292 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  24.62 
 
 		 259 aa  44.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1518  hypothetical protein  25.86 
 
 		 248 aa  43.5  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0597975  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2326  extracellular solute-binding protein/sensory box protein  26.9 
 
 		 751 aa  43.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0163187  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0232  extracellular solute-binding protein  22.58 
 
 		 248 aa  42.7  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4839  extracellular solute-binding protein  19.18 
 
 		 250 aa  42.7  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000733894  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  21.91 
 
 		 252 aa  42.7  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2392  extracellular solute-binding protein family 3  23.3 
 
 		 255 aa  42.4  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0854  extracellular solute-binding protein family 3  24.17 
 
 		 251 aa  42  0.008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0178983  normal  0.218059 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  24.69 
 
 		 270 aa  42.4  0.008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  27.19 
 
 		 245 aa  42.4  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>