More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2326 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1642  putative PAS/PAC sensor protein  52.67 
 
 		 796 aa  742    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0928458  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2100  two-component sensor protein  52.94 
 
 		 1211 aa  737    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349009  normal  0.142111 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3639  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.94 
 
 		 1210 aa  739    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.847136  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2326  extracellular solute-binding protein/sensory box protein  100 
 
 		 751 aa  1538    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0163187  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2113  PAS  90.18 
 
 		 1206 aa  1354    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.819255  normal  0.387177 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3975  multi-sensor hybrid histidine kinase  62.5 
 
 		 1214 aa  932    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.92 
 
 		 1201 aa  744    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278595  normal  0.0196406 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1162  two-component sensor  38.18 
 
 		 1215 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0173  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.41 
 
 		 1191 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12820  two-component sensor  38.87 
 
 		 1212 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0303  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.83 
 
 		 1196 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.723835  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2782  Hpt sensor hybrid histidine kinase  41.14 
 
 		 1091 aa  428  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2349  Hpt sensor hybrid histidine kinase  39.97 
 
 		 1093 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0868194  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3413  Hpt sensor hybrid histidine kinase  40.48 
 
 		 1093 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.464366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2527  Hpt sensor hybrid histidine kinase  39.66 
 
 		 1090 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120042  normal  0.0845157 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1864  Hpt sensor hybrid histidine kinase  38.01 
 
 		 1069 aa  371  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0404414  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1482  sensory box histidine kinase/response regulator  31.5 
 
 		 1213 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1292  PAS  32.76 
 
 		 1209 aa  333  1e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.746783 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4410  virulence sensor protein BvgS  33.75 
 
 		 948 aa  300  8e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.213714  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1420  sensory box histidine kinase/response regulator  29.99 
 
 		 1199 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.293149  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30700  putative sensor/response regulator hybrid  31.83 
 
 		 992 aa  269  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.716544  hitchhiker  0.000396049 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5710  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase (bvgS-like)  29.2 
 
 		 1040 aa  267  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2739  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  25.9 
 
 		 1197 aa  261  5.0000000000000005e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.485487  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2657  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  25.72 
 
 		 1197 aa  259  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02280  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  25.58 
 
 		 1197 aa  258  4e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02241  hypothetical protein  25.58 
 
 		 1197 aa  258  4e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1299  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  25.58 
 
 		 1197 aa  258  4e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1287  Hpt sensor hybrid histidine kinase  25.58 
 
 		 1197 aa  256  7e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2507  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  25.44 
 
 		 1197 aa  256  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0203632  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2520  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  26.66 
 
 		 1127 aa  253  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3601  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  26.36 
 
 		 1127 aa  249  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.317303 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2161  sensor histidine kinase/response regulator  27.52 
 
 		 1286 aa  239  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.4 
 
 		 1410 aa  181  4e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  23.8 
 
 		 2035 aa  180  1e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.92 
 
 		 1165 aa  177  8e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  26.85 
 
 		 2213 aa  167  5e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1029  sensor protein  29.07 
 
 		 462 aa  161  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.93 
 
 		 1788 aa  151  4e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4605  histidine protein kinase  26.23 
 
 		 1309 aa  150  9e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.292459  normal  0.0589738 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0633  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.29 
 
 		 1480 aa  150  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461456  normal  0.141694 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4067  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.64 
 
 		 1490 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2367  extracellular solute-binding protein  34.92 
 
 		 307 aa  148  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.37 
 
 		 1436 aa  147  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.701044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2094  virulence sensor protein BvgS  40.48 
 
 		 691 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4255  PAS/PAC sensor, hybrid histidine kinase  23.88 
 
 		 1418 aa  144  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24720  putative two-component sensor  39.52 
 
 		 741 aa  144  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3358  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.22 
 
 		 1436 aa  142  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.504651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0782  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.91 
 
 		 729 aa  140  7.999999999999999e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.15545  normal  0.515162 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.33 
 
 		 2654 aa  138  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4640  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.49 
 
 		 1194 aa  126  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0814409  normal  0.0127622 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.39 
 
 		 1237 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473456  normal  0.0283242 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  25.51 
 
 		 775 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2957  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.81 
 
 		 810 aa  117  6e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 955 aa  117  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.9 
 
 		 940 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.42 
 
 		 1055 aa  114  5e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1136  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 342 aa  112  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  20.48 
 
 		 714 aa  111  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.91 
 
 		 1244 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  23.98 
 
 		 935 aa  111  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0480  putative PAS/PAC sensor protein  28.27 
 
 		 1686 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3738  sensor histidine kinase/response regulator  24.12 
 
 		 917 aa  111  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.410794  normal  0.466672 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4002  sensory transduction histidine kinase  26.17 
 
 		 1689 aa  110  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  25.88 
 
 		 1247 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4472  PAS  38.86 
 
 		 679 aa  109  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.185936  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.16 
 
 		 1248 aa  109  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.29 
 
 		 1247 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.4 
 
 		 1622 aa  108  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.88 
 
 		 1247 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.87 
 
 		 1247 aa  108  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.96 
 
 		 1109 aa  108  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.18 
 
 		 912 aa  106  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.136005  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0156  multi-sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 		 1199 aa  105  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1010  signal transduction histidine kinase  23.24 
 
 		 626 aa  103  1e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  25.85 
 
 		 1245 aa  103  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  22.11 
 
 		 932 aa  101  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  22 
 
 		 941 aa  101  6e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  23.55 
 
 		 1574 aa  100  9e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1285  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  36.26 
 
 		 772 aa  100  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0144  sensor protein evgS precursor  29.45 
 
 		 830 aa  100  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  25.32 
 
 		 893 aa  99.4  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1794  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.09 
 
 		 589 aa  99.8  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000132214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0191  sensor protein EvgS  29.67 
 
 		 830 aa  99  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.337786  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0482  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.87 
 
 		 1681 aa  98.6  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3548  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.87 
 
 		 1681 aa  99  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4445  response regulator/sensor histidine kinase  22.27 
 
 		 1141 aa  98.2  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0358  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.49 
 
 		 1485 aa  98.2  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1285  Hpt sensor hybrid histidine kinase  23.82 
 
 		 1070 aa  97.8  7e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.102629  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 778 aa  97.4  9e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.14 
 
 		 916 aa  97.1  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  24.11 
 
 		 458 aa  97.1  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  22.27 
 
 		 1251 aa  97.1  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0288  Hpt sensor hybrid histidine kinase  22.58 
 
 		 1141 aa  95.5  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  27.12 
 
 		 572 aa  95.1  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  24.58 
 
 		 1245 aa  94.7  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1991  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.5 
 
 		 1255 aa  94.4  7e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  32.95 
 
 		 1331 aa  94.4  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.32 
 
 		 1340 aa  94  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.698765 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1958  putative PAS/PAC sensor protein  25.08 
 
 		 598 aa  93.6  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2834  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.36 
 
 		 808 aa  92.4  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.83958  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>