More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1642 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2100  two-component sensor protein  85.94 
 
 		 1211 aa  1328    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349009  normal  0.142111 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2326  extracellular solute-binding protein/sensory box protein  52.07 
 
 		 751 aa  744    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0163187  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2113  PAS  53.32 
 
 		 1206 aa  803    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.819255  normal  0.387177 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3975  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.57 
 
 		 1214 aa  827    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3639  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  85.32 
 
 		 1210 aa  1322    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.847136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1642  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 796 aa  1617    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0928458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  76.2 
 
 		 1201 aa  1167    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278595  normal  0.0196406 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1162  two-component sensor  38.15 
 
 		 1215 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0303  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1196 aa  443  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.723835  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12820  two-component sensor  38.93 
 
 		 1212 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0173  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.82 
 
 		 1191 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1482  sensory box histidine kinase/response regulator  35.93 
 
 		 1213 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1292  PAS  34.86 
 
 		 1209 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.746783 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2782  Hpt sensor hybrid histidine kinase  41.1 
 
 		 1091 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3413  Hpt sensor hybrid histidine kinase  41.85 
 
 		 1093 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.464366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2527  Hpt sensor hybrid histidine kinase  42.61 
 
 		 1090 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120042  normal  0.0845157 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2349  Hpt sensor hybrid histidine kinase  41.91 
 
 		 1093 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0868194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1864  Hpt sensor hybrid histidine kinase  38.08 
 
 		 1069 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0404414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1420  sensory box histidine kinase/response regulator  32.77 
 
 		 1199 aa  319  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.293149  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5710  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase (bvgS-like)  31.89 
 
 		 1040 aa  296  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4410  virulence sensor protein BvgS  33.1 
 
 		 948 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.213714  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2739  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  26.76 
 
 		 1197 aa  276  8e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.485487  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2657  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  26.57 
 
 		 1197 aa  273  9e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02280  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  26.57 
 
 		 1197 aa  273  1e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1287  Hpt sensor hybrid histidine kinase  26.57 
 
 		 1197 aa  273  1e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1299  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  26.57 
 
 		 1197 aa  273  1e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02241  hypothetical protein  26.57 
 
 		 1197 aa  273  1e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2507  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  26.98 
 
 		 1197 aa  273  1e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0203632  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2520  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  27.18 
 
 		 1127 aa  272  2e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2161  sensor histidine kinase/response regulator  27.97 
 
 		 1286 aa  270  5e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3601  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  26.94 
 
 		 1127 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.317303 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30700  putative sensor/response regulator hybrid  32.22 
 
 		 992 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.716544  hitchhiker  0.000396049 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.01 
 
 		 1165 aa  204  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2094  virulence sensor protein BvgS  43.8 
 
 		 691 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24720  putative two-component sensor  41.35 
 
 		 741 aa  196  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.46 
 
 		 1410 aa  184  5.0000000000000004e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.67 
 
 		 1788 aa  182  1e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  27.07 
 
 		 2213 aa  179  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1029  sensor protein  30.17 
 
 		 462 aa  179  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  25.33 
 
 		 2035 aa  173  1e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0633  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.2 
 
 		 1480 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461456  normal  0.141694 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2367  extracellular solute-binding protein  38.77 
 
 		 307 aa  166  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4067  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.78 
 
 		 1490 aa  157  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.05 
 
 		 2654 aa  153  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4605  histidine protein kinase  24.18 
 
 		 1309 aa  148  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.292459  normal  0.0589738 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0156  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.39 
 
 		 1199 aa  143  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4472  PAS  39.51 
 
 		 679 aa  139  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.185936  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3738  sensor histidine kinase/response regulator  26.37 
 
 		 917 aa  135  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.410794  normal  0.466672 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3358  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.11 
 
 		 1436 aa  135  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.504651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.4 
 
 		 1436 aa  134  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.701044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4255  PAS/PAC sensor, hybrid histidine kinase  22.44 
 
 		 1418 aa  132  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  26.37 
 
 		 935 aa  132  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2957  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.36 
 
 		 810 aa  127  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 		 1622 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  22.92 
 
 		 1574 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0909  Hpt sensor hybrid histidine kinase  22.55 
 
 		 1333 aa  118  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257325  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  23.09 
 
 		 1251 aa  118  5e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0782  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.5 
 
 		 729 aa  117  6e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.15545  normal  0.515162 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  27.87 
 
 		 893 aa  117  7.999999999999999e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0358  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.7 
 
 		 1485 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  25 
 
 		 775 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.39 
 
 		 1237 aa  111  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473456  normal  0.0283242 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.69 
 
 		 1109 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.7 
 
 		 916 aa  110  8.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4640  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.66 
 
 		 1194 aa  110  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0814409  normal  0.0127622 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  20.72 
 
 		 714 aa  109  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1556  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.68 
 
 		 1397 aa  108  3e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.96 
 
 		 1611 aa  108  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.61 
 
 		 1248 aa  108  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  32.42 
 
 		 1331 aa  107  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.9 
 
 		 1055 aa  107  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.65 
 
 		 1340 aa  105  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.698765 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1285  Hpt sensor hybrid histidine kinase  22.04 
 
 		 1070 aa  105  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.102629  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1259  sensory box sensor histidine kinase/response regulator VieS  22.73 
 
 		 1146 aa  105  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  20.69 
 
 		 1065 aa  104  7e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1285  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  32.7 
 
 		 772 aa  103  8e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.51 
 
 		 1247 aa  103  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50630  Periplasmic hybrid histidine protein kinase, two-component  33.88 
 
 		 1030 aa  103  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.366718  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  26.17 
 
 		 1247 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.5 
 
 		 1247 aa  102  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.84 
 
 		 1247 aa  102  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  22.08 
 
 		 955 aa  100  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4002  sensory transduction histidine kinase  25.08 
 
 		 1689 aa  100  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0480  putative PAS/PAC sensor protein  25 
 
 		 1686 aa  99.8  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1794  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.61 
 
 		 589 aa  99  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000132214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  20.74 
 
 		 712 aa  99  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  25 
 
 		 1245 aa  98.6  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  25.65 
 
 		 458 aa  98.2  5e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2954  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.12 
 
 		 1127 aa  97.1  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4016  putative PAS/PAC sensor protein  54.81 
 
 		 1626 aa  95.5  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0720  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.22 
 
 		 882 aa  95.5  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0829  Hpt sensor hybrid histidine kinase  26.59 
 
 		 812 aa  95.1  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177536 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0050  diguanylate cyclase with extracellular sensor  24.81 
 
 		 835 aa  95.1  5e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.81 
 
 		 1244 aa  94.4  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.16 
 
 		 1768 aa  94.4  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0191  sensor protein EvgS  28.12 
 
 		 830 aa  94.4  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.337786  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0482  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.72 
 
 		 1681 aa  94.4  8e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.97 
 
 		 1582 aa  94  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  0.0000234203 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0759  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.63 
 
 		 818 aa  94  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00885833 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.04 
 
 		 1765 aa  93.2  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>