101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0336 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_0336  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 333 aa  674    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.651239 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0301  extracellular solute-binding protein family 3  35.68 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.133658 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1194  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.4 
 
 		 281 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0931716  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4270  hypothetical protein  25 
 
 		 268 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0932  hypothetical protein  29.37 
 
 		 247 aa  62  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1598  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 		 268 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.10056 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 266 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0236  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 266 aa  57.8  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3802  hypothetical protein  26.2 
 
 		 259 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0883  hypothetical protein  26.58 
 
 		 248 aa  57  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21840  hypothetical protein  30.73 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223447  hitchhiker  0.00300338 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1835  extracellular solute-binding protein family 3  24.11 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0545252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 266 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1824  hypothetical protein  27.27 
 
 		 264 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0729665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.11 
 
 		 266 aa  54.7  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 266 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3835  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 		 254 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308177  normal  0.460192 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  26.88 
 
 		 264 aa  53.9  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1543  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.85 
 
 		 245 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.807599  normal  0.747286 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 270 aa  53.1  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 253 aa  53.1  0.000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 262 aa  52.8  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  30.18 
 
 		 262 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1862  hypothetical protein  30.24 
 
 		 248 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0011565  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.14 
 
 		 266 aa  51.6  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  23.71 
 
 		 266 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  23.71 
 
 		 266 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3432  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 		 259 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1179  extracellular solute-binding protein family 3  34.78 
 
 		 385 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 		 270 aa  50.8  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3647  hypothetical protein  26.36 
 
 		 266 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0875427  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0805  hypothetical protein  26.21 
 
 		 249 aa  50.4  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1028  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 		 250 aa  50.4  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 		 262 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  23.71 
 
 		 266 aa  50.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  23.71 
 
 		 266 aa  50.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2237  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 		 256 aa  50.1  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0917749  hitchhiker  0.00000401987 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1316  hypothetical protein  31.03 
 
 		 256 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.74 
 
 		 266 aa  48.9  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3522  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.74 
 
 		 276 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.389292 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 266 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  23.61 
 
 		 264 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3094  hypothetical protein  25.87 
 
 		 250 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  23.61 
 
 		 264 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3104  hypothetical protein  25.87 
 
 		 250 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.796151  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3247  hypothetical protein  25.87 
 
 		 250 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1273  extracellular solute-binding protein family 3  25.87 
 
 		 250 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.757489  normal  0.0285776 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  23.47 
 
 		 266 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 258 aa  47.4  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.41 
 
 		 284 aa  47  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2993  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.92 
 
 		 249 aa  47  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.3 
 
 		 315 aa  47  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.3 
 
 		 320 aa  47.4  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 266 aa  47.4  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2043  extracellular solute-binding protein family 3  23.77 
 
 		 260 aa  47  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000188394 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.41 
 
 		 264 aa  47  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2813  hypothetical protein  27.27 
 
 		 249 aa  47  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2896  hypothetical protein  27.27 
 
 		 249 aa  47  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44640  hypothetical protein  24.86 
 
 		 288 aa  47  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000281012  normal  0.174562 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.41 
 
 		 264 aa  47  0.0005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.41 
 
 		 264 aa  47  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.41 
 
 		 264 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.41 
 
 		 264 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.41 
 
 		 264 aa  47  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4082  extracellular solute-binding protein  31.78 
 
 		 280 aa  47  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  24.14 
 
 		 265 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0594  hypothetical protein  24.77 
 
 		 245 aa  46.2  0.0007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.744113  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1295  hypothetical protein  24.89 
 
 		 239 aa  46.2  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.634955  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1518  hypothetical protein  25.79 
 
 		 248 aa  46.2  0.0008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0597975  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 246 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 		 264 aa  46.2  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 		 262 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1804  hypothetical protein  23.12 
 
 		 249 aa  45.8  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.86185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4765  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.11 
 
 		 260 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2538  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 259 aa  45.8  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.527572  normal  0.516137 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  23.61 
 
 		 264 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0360  extracellular solute-binding protein  22.32 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2561  extracellular solute-binding protein family 3  28 
 
 		 263 aa  45.4  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.52541  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1185  extracellular solute-binding protein family 3  26.58 
 
 		 257 aa  45.8  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148046 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  23.18 
 
 		 268 aa  45.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1136  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 342 aa  45.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0187  extracellular solute-binding protein  22.9 
 
 		 253 aa  45.1  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.056665 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  23.15 
 
 		 264 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.44 
 
 		 1055 aa  45.1  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1473  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.3 
 
 		 259 aa  45.1  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2790  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.83 
 
 		 259 aa  44.3  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.239509  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.86 
 
 		 264 aa  43.9  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  28.57 
 
 		 255 aa  43.9  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4454  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 280 aa  43.9  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.160323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.78 
 
 		 2654 aa  43.5  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.47 
 
 		 264 aa  43.1  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5308  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  22.22 
 
 		 260 aa  43.1  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000841131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  23.04 
 
 		 259 aa  43.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 		 268 aa  43.1  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1162  two-component sensor  28.22 
 
 		 1215 aa  42.7  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 270 aa  42.7  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  28.99 
 
 		 572 aa  42.7  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3990  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 280 aa  42.7  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.3 
 
 		 313 aa  42.4  0.01  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.3 
 
 		 313 aa  42.4  0.01  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>