38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3522 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3522  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 276 aa  555  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.389292 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2896  hypothetical protein  31.5 
 
 		 249 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2813  hypothetical protein  31.5 
 
 		 249 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2993  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.75 
 
 		 249 aa  99.4  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1273  extracellular solute-binding protein family 3  30.49 
 
 		 250 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.757489  normal  0.0285776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3104  hypothetical protein  30.49 
 
 		 250 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.796151  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3247  hypothetical protein  30.49 
 
 		 250 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3094  hypothetical protein  30.49 
 
 		 250 aa  90.5  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0932  hypothetical protein  28.15 
 
 		 247 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1518  hypothetical protein  26.94 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0597975  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0883  hypothetical protein  28.33 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0805  hypothetical protein  27.68 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0301  extracellular solute-binding protein family 3  27.16 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.133658 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1047  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 256 aa  61.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.519655  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3647  hypothetical protein  31.25 
 
 		 266 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0875427  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1804  hypothetical protein  30.99 
 
 		 249 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.86185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1824  hypothetical protein  32.58 
 
 		 264 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0729665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1194  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.53 
 
 		 281 aa  52.8  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0931716  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1543  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.12 
 
 		 245 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.807599  normal  0.747286 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2232  hypothetical protein  25.48 
 
 		 243 aa  48.1  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.91334  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  26.11 
 
 		 251 aa  48.1  0.0001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0336  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.74 
 
 		 333 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.651239 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1500  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.5 
 
 		 270 aa  46.6  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.238692  normal  0.502241 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  22.99 
 
 		 258 aa  46.2  0.0006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4270  hypothetical protein  23.89 
 
 		 268 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2745  extracellular solute-binding protein family 3  25.79 
 
 		 254 aa  45.8  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21840  hypothetical protein  22.36 
 
 		 248 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223447  hitchhiker  0.00300338 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5575  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 254 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.141446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 		 252 aa  44.3  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  25.44 
 
 		 255 aa  43.9  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3835  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 		 254 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308177  normal  0.460192 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  24.56 
 
 		 266 aa  43.9  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0232  extracellular solute-binding protein  21.76 
 
 		 248 aa  42.7  0.007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1862  hypothetical protein  21.94 
 
 		 248 aa  42.4  0.009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0011565  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  23.14 
 
 		 266 aa  42.4  0.009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  23.14 
 
 		 266 aa  42.4  0.009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  23.14 
 
 		 266 aa  42.4  0.009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 270 aa  42  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>