More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_06880 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_06880  amino acid-binding protein  100 
 
 
286 aa  580  1.0000000000000001e-165  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0612376  normal  0.365115 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03950  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  68.95 
 
 
364 aa  356  1.9999999999999998e-97  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.72321  normal  0.568441 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13330  amino acid-binding protein  57.14 
 
 
291 aa  290  1e-77  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0661  extracellular solute-binding protein family 3  55.6 
 
 
276 aa  264  1e-69  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.126579  hitchhiker  0.00355564 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  37.01 
 
 
284 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0208  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.87 
 
 
257 aa  136  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0259  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.87 
 
 
257 aa  136  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000559258 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1324  amino acid ABC transporter (binding protein)  31.91 
 
 
262 aa  133  3.9999999999999996e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216539  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1531  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.14 
 
 
262 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000230414  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4550  extracellular solute-binding protein family 3  32.16 
 
 
274 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000001355  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5539  extracellular solute-binding protein  31.78 
 
 
268 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0316  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000382447  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3014  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 
265 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569959  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0949  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.74 
 
 
276 aa  116  3e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.2503  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0743  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 
295 aa  117  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0655438  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1010  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 
267 aa  116  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0711  extracellular solute-binding protein family 3  30.38 
 
 
266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  32.24 
 
 
265 aa  112  6e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3928  extracellular solute-binding protein family 3  30.08 
 
 
265 aa  112  6e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.259325  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2969  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 
262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87246  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2352  extracellular solute-binding protein family 3  33.2 
 
 
275 aa  108  1e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.9341599999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  32.58 
 
 
242 aa  104  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 
246 aa  103  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0907  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.67 
 
 
283 aa  102  6e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.455944  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 
246 aa  102  8e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  28.81 
 
 
264 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  28.46 
 
 
264 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
245 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  29.43 
 
 
245 aa  100  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  28.63 
 
 
273 aa  99  9e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0517  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 
283 aa  98.2  1e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3392  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 
244 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0624048  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0986  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 
244 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1665  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.33 
 
 
282 aa  96.7  4e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0951  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 
244 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1458  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 
269 aa  95.9  7e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000125438  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  26.77 
 
 
277 aa  95.5  8e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 
268 aa  95.5  9e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.7 
 
 
260 aa  95.1  1e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3027  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 
244 aa  94.7  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.5 
 
 
256 aa  93.6  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  27.66 
 
 
266 aa  92.8  6e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1044  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.86 
 
 
244 aa  92.4  7e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3053  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 
244 aa  92.4  8e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000807518  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1043  extracellular solute-binding protein family 3  28.07 
 
 
278 aa  92.4  8e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0882  extracellular solute-binding protein  29.36 
 
 
244 aa  92  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00121366  normal  0.225798 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.08 
 
 
490 aa  90.9  2e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0919  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 
244 aa  90.9  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  28.05 
 
 
263 aa  90.5  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.83 
 
 
260 aa  89.7  4e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2092  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  27.6 
 
 
279 aa  89.4  6e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.514591  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0972  extracellular solute-binding protein family 3  28.57 
 
 
250 aa  89.4  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.801508  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  27.21 
 
 
285 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  27.21 
 
 
266 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2353  extracellular solute-binding protein family 3  28.69 
 
 
286 aa  89.4  7e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.09811e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  27.21 
 
 
285 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  26.74 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  28.74 
 
 
247 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  27.21 
 
 
266 aa  88.2  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0360  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.33 
 
 
263 aa  87.4  2e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000870142  hitchhiker  0.00010092 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 
260 aa  87.8  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0398  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 
257 aa  87  3e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000444097  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  26.84 
 
 
266 aa  87  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  26.84 
 
 
266 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4752  extracellular solute-binding protein family 3  25.98 
 
 
269 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000170582  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  27.82 
 
 
244 aa  84.3  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0578  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.82 
 
 
284 aa  84.3  0.000000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 
250 aa  82.8  0.000000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0296  extracellular solute-binding protein  26.51 
 
 
263 aa  83.2  0.000000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  25 
 
 
265 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 
260 aa  81.3  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  25.35 
 
 
256 aa  81.3  0.00000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  27.87 
 
 
266 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  25.1 
 
 
271 aa  80.1  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0411  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  27.66 
 
 
238 aa  80.1  0.00000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  24.91 
 
 
266 aa  80.1  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3984  extracellular solute-binding protein family 3  26.32 
 
 
323 aa  79.7  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  24.36 
 
 
268 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.36 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.36 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  25.37 
 
 
266 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  29.81 
 
 
281 aa  78.2  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  25.1 
 
 
263 aa  78.6  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  25.37 
 
 
266 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.36 
 
 
250 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  25.37 
 
 
266 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 
284 aa  77.4  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0581  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.31 
 
 
278 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.143423  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0567  amino acid ABC transporter  24.83 
 
 
278 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  26.8 
 
 
264 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  25.88 
 
 
242 aa  77.8  0.0000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0378  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 
294 aa  77.4  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.150141  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0186  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 
251 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.97 
 
 
250 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0790  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.86 
 
 
483 aa  76.6  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.124129  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.97 
 
 
250 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.97 
 
 
250 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.97 
 
 
250 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  26.4 
 
 
264 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0908  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.41 
 
 
265 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00179052  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>