More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_03950 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_03950  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  100 
 
 		 364 aa  739    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.72321  normal  0.568441 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06880  amino acid-binding protein  69.26 
 
 		 286 aa  355  8.999999999999999e-97  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0612376  normal  0.365115 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13330  amino acid-binding protein  48.84 
 
 		 291 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0661  extracellular solute-binding protein family 3  45.49 
 
 		 276 aa  221  1.9999999999999999e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.126579  hitchhiker  0.00355564 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  33.58 
 
 		 284 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0208  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.31 
 
 		 257 aa  133  6e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0259  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.31 
 
 		 257 aa  133  6e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000559258 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1531  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.2 
 
 		 262 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000230414  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1324  amino acid ABC transporter (binding protein)  32 
 
 		 262 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216539  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5539  extracellular solute-binding protein  30.51 
 
 		 268 aa  116  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4550  extracellular solute-binding protein family 3  30.45 
 
 		 274 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000001355  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3014  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 		 265 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569959  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3928  extracellular solute-binding protein family 3  28.81 
 
 		 265 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.259325  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0316  extracellular solute-binding protein  32.1 
 
 		 255 aa  109  6e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000382447  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0743  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 		 295 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0655438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1010  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 		 267 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0711  extracellular solute-binding protein family 3  29.24 
 
 		 266 aa  108  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  29.8 
 
 		 264 aa  105  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  27.94 
 
 		 265 aa  105  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2352  extracellular solute-binding protein family 3  30.33 
 
 		 275 aa  104  3e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.9341599999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  28.98 
 
 		 264 aa  102  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2969  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 		 262 aa  100  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87246  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2092  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  26.42 
 
 		 279 aa  97.8  3e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.514591  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0949  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.2 
 
 		 276 aa  97.1  4e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.2503  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2353  extracellular solute-binding protein family 3  28.33 
 
 		 286 aa  92.4  1e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.09811e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 		 246 aa  92  1e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 		 246 aa  91.7  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 242 aa  92  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0907  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.07 
 
 		 283 aa  90.5  4e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.455944  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3392  extracellular solute-binding protein  29.83 
 
 		 244 aa  89.7  7e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0624048  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0986  extracellular solute-binding protein  29.83 
 
 		 244 aa  89.7  7e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0951  extracellular solute-binding protein  29.83 
 
 		 244 aa  89.7  7e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.42 
 
 		 256 aa  88.6  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  25.78 
 
 		 285 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0517  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 		 283 aa  87.8  3e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  25.78 
 
 		 266 aa  87.8  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  25.78 
 
 		 285 aa  87  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  25.74 
 
 		 266 aa  87  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  25.39 
 
 		 266 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  25.78 
 
 		 266 aa  87  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3027  extracellular solute-binding protein  28.99 
 
 		 244 aa  86.7  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1044  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 		 244 aa  86.7  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0790  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.24 
 
 		 483 aa  86.7  6e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.124129  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  25.39 
 
 		 266 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 		 277 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0919  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 		 244 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  25.21 
 
 		 266 aa  84.3  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0578  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.51 
 
 		 284 aa  84.3  0.000000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3053  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 		 244 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000807518  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  28.99 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0882  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 244 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00121366  normal  0.225798 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1043  extracellular solute-binding protein family 3  29.01 
 
 		 278 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  28.15 
 
 		 245 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 268 aa  82.4  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0972  extracellular solute-binding protein family 3  28.69 
 
 		 250 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.801508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  24.63 
 
 		 266 aa  82  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  26.05 
 
 		 263 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  24.71 
 
 		 266 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  25.49 
 
 		 266 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  25.49 
 
 		 266 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  24.71 
 
 		 266 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  24.71 
 
 		 266 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  27.64 
 
 		 266 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.36 
 
 		 260 aa  80.5  0.00000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1665  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.65 
 
 		 282 aa  79.7  0.00000000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  27.42 
 
 		 266 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.4 
 
 		 260 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  27.42 
 
 		 266 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  27.42 
 
 		 266 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0360  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.98 
 
 		 263 aa  78.6  0.0000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000870142  hitchhiker  0.00010092 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2527  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 260 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.97926  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3140  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 260 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 		 250 aa  77.8  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  24.48 
 
 		 265 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  26.91 
 
 		 264 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3156  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0760439 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.78 
 
 		 253 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  26.92 
 
 		 244 aa  75.9  0.0000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.51 
 
 		 260 aa  75.9  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  25.7 
 
 		 264 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0908  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.62 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00179052  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  25.7 
 
 		 264 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1458  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 		 269 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000125438  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2345  extracellular solute-binding protein  27.97 
 
 		 273 aa  75.1  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.949438  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  27.69 
 
 		 265 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.89 
 
 		 264 aa  73.9  0.000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0398  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 257 aa  73.6  0.000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000444097  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  25.2 
 
 		 268 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4150  extracellular solute-binding protein family 3  28.22 
 
 		 268 aa  73.6  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  26.1 
 
 		 264 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  25.63 
 
 		 285 aa  73.6  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 271 aa  73.6  0.000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.52 
 
 		 503 aa  73.6  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.21 
 
 		 265 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.38 
 
 		 503 aa  72.4  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 260 aa  72.8  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  28.33 
 
 		 248 aa  72.4  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  23.83 
 
 		 490 aa  71.6  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>