32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3279 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3279  hypothetical protein  100 
 
 		 304 aa  636    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0523895  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.69 
 
 		 259 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 258 aa  62.8  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  20.55 
 
 		 251 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  23.79 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 262 aa  55.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  26.71 
 
 		 274 aa  54.7  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0341  hypothetical protein  24.16 
 
 		 357 aa  53.1  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  20.18 
 
 		 247 aa  52  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  21.52 
 
 		 265 aa  52.4  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  20.18 
 
 		 247 aa  52  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  20.64 
 
 		 247 aa  51.6  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  22.59 
 
 		 245 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  22.51 
 
 		 253 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  20.54 
 
 		 245 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 		 245 aa  49.7  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.9 
 
 		 243 aa  49.3  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  24.88 
 
 		 247 aa  48.9  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 272 aa  48.5  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.11 
 
 		 247 aa  48.5  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  22.18 
 
 		 232 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  20.26 
 
 		 288 aa  48.1  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 269 aa  47.4  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  21.65 
 
 		 243 aa  47  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  21.46 
 
 		 264 aa  46.6  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.79 
 
 		 245 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 		 246 aa  45.8  0.0009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  19.14 
 
 		 298 aa  43.1  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.74 
 
 		 264 aa  43.1  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2148  hypothetical protein  28.1 
 
 		 258 aa  43.1  0.006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.8287  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  23.04 
 
 		 274 aa  42.7  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  18.27 
 
 		 297 aa  42.4  0.009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>