34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0340 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0340  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 359 aa  744    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0341  hypothetical protein  36.42 
 
 		 357 aa  227  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.69 
 
 		 259 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 		 245 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  21.34 
 
 		 247 aa  60.1  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  23.49 
 
 		 270 aa  59.3  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  22.58 
 
 		 251 aa  59.3  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  25.2 
 
 		 243 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  23.65 
 
 		 251 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  20.58 
 
 		 245 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  21.7 
 
 		 246 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  23.77 
 
 		 253 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  21.56 
 
 		 252 aa  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.21 
 
 		 243 aa  51.2  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  20.87 
 
 		 245 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  24.61 
 
 		 251 aa  50.4  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  21.05 
 
 		 232 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 286 aa  50.4  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.53 
 
 		 265 aa  50.1  0.00006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0950  hypothetical protein  48 
 
 		 231 aa  49.7  0.00008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000105879  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  21.24 
 
 		 251 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  23.9 
 
 		 254 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1047  extracellular solute-binding protein  21.66 
 
 		 256 aa  48.1  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.519655  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0939  peptidoglycan-binding LysM  48.08 
 
 		 309 aa  48.5  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.013426  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  21.82 
 
 		 258 aa  46.6  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  19.92 
 
 		 245 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  20.25 
 
 		 269 aa  46.6  0.0006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 262 aa  44.7  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  20.5 
 
 		 251 aa  43.9  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1179  extracellular solute-binding protein family 3  25.54 
 
 		 385 aa  44.3  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.9 
 
 		 251 aa  43.9  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0233  peptidoglycan-binding LysM  43.1 
 
 		 242 aa  43.1  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  22.57 
 
 		 272 aa  42.7  0.009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  19.63 
 
 		 274 aa  42.7  0.01  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>