114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4640 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 408 aa  827    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  74.28 
 
 		 430 aa  606  9.999999999999999e-173  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  69.08 
 
 		 409 aa  541  1e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  62.08 
 
 		 405 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  59.42 
 
 		 417 aa  449  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  55.42 
 
 		 419 aa  427  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  55.56 
 
 		 426 aa  425  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  53.56 
 
 		 401 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  54.42 
 
 		 420 aa  407  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  48.56 
 
 		 394 aa  353  4e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  51.19 
 
 		 387 aa  352  8.999999999999999e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  46.67 
 
 		 388 aa  315  8e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  45.58 
 
 		 395 aa  292  6e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  44.92 
 
 		 390 aa  292  7e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  44.77 
 
 		 364 aa  288  9e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  41.33 
 
 		 358 aa  283  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  40.16 
 
 		 343 aa  256  4e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  39.94 
 
 		 350 aa  249  5e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  39.77 
 
 		 349 aa  248  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  41.53 
 
 		 341 aa  230  4e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  41.24 
 
 		 341 aa  230  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  35.2 
 
 		 403 aa  220  3e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  41.34 
 
 		 341 aa  219  5e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  39.45 
 
 		 345 aa  219  6e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  40.45 
 
 		 341 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  38.24 
 
 		 338 aa  218  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  39.27 
 
 		 341 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  35.87 
 
 		 352 aa  209  5e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  38.14 
 
 		 341 aa  207  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  34.93 
 
 		 345 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  35.33 
 
 		 383 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  37.78 
 
 		 338 aa  197  3e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  33.89 
 
 		 345 aa  176  5e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  33.61 
 
 		 389 aa  176  5e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  33.89 
 
 		 345 aa  176  9e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  33.43 
 
 		 341 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  30.91 
 
 		 377 aa  162  9e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  31.82 
 
 		 360 aa  162  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30.6 
 
 		 393 aa  160  3e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  30.63 
 
 		 377 aa  155  1e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  32.64 
 
 		 377 aa  151  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  29.89 
 
 		 349 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  29.89 
 
 		 349 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  29.32 
 
 		 374 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  29.22 
 
 		 368 aa  143  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  28.73 
 
 		 361 aa  139  7e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  29.57 
 
 		 353 aa  139  8.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  29.49 
 
 		 362 aa  139  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  28.8 
 
 		 374 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243599 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  29.07 
 
 		 374 aa  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  29.05 
 
 		 366 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  30.56 
 
 		 369 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  28.53 
 
 		 374 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  28.95 
 
 		 365 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  28.04 
 
 		 378 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  28.69 
 
 		 369 aa  129  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  29.2 
 
 		 367 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  30.42 
 
 		 346 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  27.52 
 
 		 391 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  31.56 
 
 		 435 aa  126  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  30.11 
 
 		 440 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  30.11 
 
 		 440 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  29.48 
 
 		 440 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  30.66 
 
 		 359 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  28.38 
 
 		 376 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  27.61 
 
 		 367 aa  122  9e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  28.12 
 
 		 376 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000235775 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  28.12 
 
 		 376 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  28.12 
 
 		 376 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  27.35 
 
 		 364 aa  119  7e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  27.65 
 
 		 364 aa  119  7.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  27.3 
 
 		 331 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  30.71 
 
 		 384 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  30.71 
 
 		 384 aa  110  5e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  26.78 
 
 		 333 aa  108  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000322112  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  27.82 
 
 		 429 aa  100  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  25.98 
 
 		 339 aa  97.1  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  26.06 
 
 		 340 aa  95.9  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000027016  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  28.29 
 
 		 335 aa  91.7  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  27.45 
 
 		 394 aa  88.6  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000201658  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  24.64 
 
 		 333 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000030411  hitchhiker  0.00000000000323717 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2866  hypothetical protein  29.64 
 
 		 329 aa  75.1  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  25.91 
 
 		 338 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  26.5 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  48.94 
 
 		 439 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  48.94 
 
 		 451 aa  50.1  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  36.51 
 
 		 377 aa  48.9  0.0002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2695  peptidoglycan-binding protein  32.23 
 
 		 440 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  41.94 
 
 		 651 aa  47.4  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  36.84 
 
 		 935 aa  47.8  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1910  peptidoglycan-binding LysM  44 
 
 		 382 aa  47.4  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2328  peptidoglycan-binding LysM  38.46 
 
 		 234 aa  47.4  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000346433  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  42 
 
 		 552 aa  47.4  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  44.68 
 
 		 405 aa  46.6  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 219 aa  45.8  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  43.48 
 
 		 161 aa  45.4  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  39.13 
 
 		 143 aa  45.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4742  peptidoglycan-binding LysM  41.3 
 
 		 511 aa  45.4  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  43.48 
 
 		 161 aa  45.4  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  41.3 
 
 		 511 aa  45.4  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.263437 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>