100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0889 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 333 aa  673    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000030411  hitchhiker  0.00000000000323717 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  79.68 
 
 		 335 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  62.39 
 
 		 340 aa  435  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000027016  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  61.36 
 
 		 335 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  59.13 
 
 		 338 aa  402  1e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  53.23 
 
 		 331 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  48.23 
 
 		 339 aa  303  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  36.8 
 
 		 333 aa  217  2e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000322112  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  29.86 
 
 		 440 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  31.29 
 
 		 383 aa  146  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  29.28 
 
 		 440 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  28.36 
 
 		 435 aa  145  9e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  29.02 
 
 		 440 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30.94 
 
 		 389 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  30.79 
 
 		 338 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  30.72 
 
 		 338 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  28.96 
 
 		 429 aa  125  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  31.31 
 
 		 365 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  28.49 
 
 		 374 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  30.58 
 
 		 388 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  28.18 
 
 		 374 aa  116  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243599 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  27.91 
 
 		 374 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  28.19 
 
 		 367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  27.02 
 
 		 376 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000235775 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  27.02 
 
 		 376 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  27.02 
 
 		 376 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  27.02 
 
 		 376 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  27.64 
 
 		 374 aa  113  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  27.91 
 
 		 395 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  26.02 
 
 		 378 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  28.26 
 
 		 369 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  27.61 
 
 		 364 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  27.07 
 
 		 350 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  27.17 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000201658  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  28.82 
 
 		 349 aa  107  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  25.86 
 
 		 353 aa  105  9e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  27.64 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  28.16 
 
 		 362 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  26.37 
 
 		 369 aa  104  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  25.34 
 
 		 368 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  27.16 
 
 		 390 aa  103  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  28.48 
 
 		 391 aa  102  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  29.01 
 
 		 346 aa  102  8e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  26.93 
 
 		 420 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  27.19 
 
 		 352 aa  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  27.41 
 
 		 341 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  26.79 
 
 		 341 aa  100  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  26.16 
 
 		 345 aa  99  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  27.6 
 
 		 341 aa  97.8  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  25.56 
 
 		 364 aa  96.7  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  24.52 
 
 		 364 aa  95.9  8e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  24.62 
 
 		 341 aa  94.4  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  28.53 
 
 		 405 aa  93.6  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  26.19 
 
 		 394 aa  93.2  5e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  25.3 
 
 		 341 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  27.57 
 
 		 387 aa  92  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  28.33 
 
 		 403 aa  92  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  26.37 
 
 		 430 aa  92  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  27.45 
 
 		 393 aa  91.7  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  26.37 
 
 		 345 aa  90.1  5e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  25 
 
 		 349 aa  89.7  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  25 
 
 		 349 aa  89.7  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  25.99 
 
 		 361 aa  89.4  7e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  26.33 
 
 		 360 aa  88.6  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  25.36 
 
 		 401 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  25.39 
 
 		 341 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  26.1 
 
 		 345 aa  87.8  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  24.8 
 
 		 426 aa  87  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  24.62 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  23.63 
 
 		 419 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  26.78 
 
 		 409 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  25.21 
 
 		 345 aa  82.8  0.000000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  23.53 
 
 		 377 aa  82.8  0.000000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  24.64 
 
 		 408 aa  82.8  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  25.43 
 
 		 343 aa  82  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  33.92 
 
 		 366 aa  80.9  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  40.78 
 
 		 384 aa  80.5  0.00000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  27.27 
 
 		 359 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  25 
 
 		 417 aa  79  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  39.81 
 
 		 384 aa  77.4  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  24.46 
 
 		 367 aa  73.6  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  23.86 
 
 		 377 aa  72.8  0.000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  24.79 
 
 		 377 aa  69.3  0.00000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2866  hypothetical protein  24 
 
 		 329 aa  59.7  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  36.23 
 
 		 377 aa  52  0.00001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  35.59 
 
 		 161 aa  49.3  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  35.59 
 
 		 161 aa  49.3  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1074  signal peptide protein  37.21 
 
 		 568 aa  49.3  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.107534  normal  0.60277 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0940  Peptidoglycan-binding LysM  33.7 
 
 		 559 aa  46.6  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.147374 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0508  spore coat assembly protein SafA  35.94 
 
 		 203 aa  45.8  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1005  Peptidoglycan-binding LysM  33.7 
 
 		 559 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0784845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  32.05 
 
 		 143 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  33.93 
 
 		 161 aa  45.8  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  34.43 
 
 		 166 aa  45.1  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  33.73 
 
 		 1051 aa  45.1  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0648  peptidoglycan-binding LysM  34.57 
 
 		 1225 aa  43.9  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.323072  normal  0.0929491 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1442  hypothetical protein  41.33 
 
 		 212 aa  44.3  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  35.48 
 
 		 195 aa  44.3  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4942  peptidoglycan-binding LysM  31.19 
 
 		 558 aa  43.9  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  31.15 
 
 		 163 aa  42.4  0.01  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>