99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0022 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  100 
 
 
352 aa  713    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  51.55 
 
 
345 aa  365  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  50.91 
 
 
341 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  50 
 
 
341 aa  348  1e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  49.7 
 
 
341 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019767  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  51.22 
 
 
341 aa  342  7e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  50.61 
 
 
338 aa  341  1e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  49.7 
 
 
341 aa  338  9e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  47.27 
 
 
341 aa  325  7e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  44.51 
 
 
345 aa  293  3e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  42.47 
 
 
383 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  42.81 
 
 
338 aa  261  2e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  39.53 
 
 
389 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  34.35 
 
 
360 aa  217  2.9999999999999998e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  34.29 
 
 
394 aa  213  2.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  33.15 
 
 
377 aa  213  4.9999999999999996e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  33.42 
 
 
377 aa  211  1e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  34.3 
 
 
374 aa  210  3e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  35.87 
 
 
408 aa  209  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  38.19 
 
 
405 aa  209  6e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  36.44 
 
 
417 aa  207  2e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  32.69 
 
 
350 aa  207  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  33.43 
 
 
343 aa  206  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  35.34 
 
 
341 aa  206  4e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  34.58 
 
 
403 aa  205  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  35.25 
 
 
409 aa  205  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.84 
 
 
393 aa  204  2e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  35.04 
 
 
401 aa  202  7e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  36.29 
 
 
346 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  32.81 
 
 
376 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000235775 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  33.71 
 
 
349 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  32.81 
 
 
376 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  32.81 
 
 
376 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  32.81 
 
 
376 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  35.52 
 
 
345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  35.52 
 
 
345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  34.25 
 
 
430 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  32.46 
 
 
378 aa  196  6e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  32.1 
 
 
374 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  31.83 
 
 
374 aa  194  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000243599 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  34.6 
 
 
365 aa  193  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  33.42 
 
 
426 aa  193  4e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  34.22 
 
 
367 aa  192  5e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  35.69 
 
 
388 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  31.83 
 
 
374 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  33.07 
 
 
419 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  32.66 
 
 
361 aa  190  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  32.56 
 
 
377 aa  186  4e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  34.22 
 
 
369 aa  186  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  33.43 
 
 
364 aa  186  6e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  34.03 
 
 
390 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  33.13 
 
 
395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  33.99 
 
 
362 aa  184  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  32.08 
 
 
387 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  32.48 
 
 
368 aa  181  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  33.51 
 
 
366 aa  179  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  32.6 
 
 
420 aa  179  4.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  34.83 
 
 
369 aa  179  8e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  31.71 
 
 
367 aa  171  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  31.53 
 
 
358 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  31.55 
 
 
391 aa  166  8e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  30.63 
 
 
384 aa  165  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  30.89 
 
 
384 aa  165  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  30.26 
 
 
349 aa  164  3e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  30.26 
 
 
349 aa  164  3e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  29.36 
 
 
353 aa  161  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  30.27 
 
 
364 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  30.64 
 
 
364 aa  149  9e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  27.46 
 
 
359 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  29.75 
 
 
440 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  29.75 
 
 
440 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  29.46 
 
 
440 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2866  hypothetical protein  29.96 
 
 
329 aa  112  7.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  26.74 
 
 
429 aa  110  3e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  27.08 
 
 
435 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  28.53 
 
 
331 aa  107  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  24.58 
 
 
333 aa  106  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000322112  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  25.61 
 
 
340 aa  106  6e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000027016  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  29.78 
 
 
394 aa  103  5e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000201658  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  27.19 
 
 
333 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000030411  hitchhiker  0.00000000000323717 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  26.17 
 
 
339 aa  101  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  27.44 
 
 
335 aa  99.8  7e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  29.21 
 
 
338 aa  93.6  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  28.24 
 
 
335 aa  87  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2281  LysM domain-containing protein  44 
 
 
357 aa  47.8  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0169093  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  44 
 
 
356 aa  46.6  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2244  hypothetical protein  47.83 
 
 
156 aa  46.2  0.0009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2006  Peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 
154 aa  46.2  0.0009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899391  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  47.37 
 
 
377 aa  45.8  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  33.78 
 
 
543 aa  45.8  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  45.83 
 
 
166 aa  44.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1358  peptidoglycan-binding LysM  38.89 
 
 
230 aa  44.3  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000598649  hitchhiker  5.9516e-20 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  43.75 
 
 
185 aa  43.5  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2091  hypothetical protein  40.74 
 
 
167 aa  43.9  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.314887  normal  0.895772 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  31.3 
 
 
1051 aa  43.5  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1285  Peptidase M23  34.21 
 
 
246 aa  43.5  0.006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.780134  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  39.58 
 
 
158 aa  43.1  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  39.58 
 
 
166 aa  42.7  0.008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  46.51 
 
 
219 aa  42.7  0.01  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>