107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0979 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 651 aa  1234    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2695  peptidoglycan-binding protein  42.98 
 
 		 440 aa  156  9e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1352  peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 440 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.47776  normal  0.0441198 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1766  hypothetical protein  45.74 
 
 		 531 aa  146  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.905557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1869  peptidoglycan-binding LysM  39.74 
 
 		 367 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2193  peptidoglycan-binding LysM  44.51 
 
 		 521 aa  137  5e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.81786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1112  peptidoglycan-binding LysM  38.92 
 
 		 322 aa  123  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3586  peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 		 352 aa  118  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0589826  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0991  peptidoglycan-binding LysM  37.04 
 
 		 339 aa  108  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0156975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1910  peptidoglycan-binding LysM  37.58 
 
 		 382 aa  101  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  33.51 
 
 		 405 aa  94  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2688  peptidoglycan-binding LysM  30.63 
 
 		 361 aa  90.1  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00047104  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1930  peptidoglycan-binding LysM  29.61 
 
 		 503 aa  87.4  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_004310  BR0441  LysM domain-containing protein  35.37 
 
 		 404 aa  84.7  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21565  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0553  peptidoglycan-binding LysM  30.43 
 
 		 428 aa  84  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0448  LysM domain-containing protein  34.76 
 
 		 404 aa  81.6  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0972  peptidoglycan-binding LysM  50.91 
 
 		 546 aa  73.6  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  48.44 
 
 		 439 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  49.28 
 
 		 451 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68400  LysM domain/BON superfamily protein  53.45 
 
 		 145 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00863438  normal  0.536726 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  47.27 
 
 		 552 aa  69.7  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4742  peptidoglycan-binding LysM  47.27 
 
 		 511 aa  67.8  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  47.27 
 
 		 511 aa  67.8  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.263437 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0721  peptidoglycan-binding LysM  43.08 
 
 		 572 aa  67.8  0.0000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5918  LysM domain/BON superfamily protein  51.72 
 
 		 145 aa  67.4  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1024  Peptidoglycan-binding LysM  49.23 
 
 		 680 aa  66.2  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0999741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2836  LysM domain/BON superfamily protein  50.85 
 
 		 148 aa  65.5  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00380861 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1474  hypothetical protein  50 
 
 		 663 aa  65.1  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.234073  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1176  Peptidoglycan-binding LysM  47.69 
 
 		 676 aa  65.1  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0861609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  52.08 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02521  hypothetical protein  57.14 
 
 		 149 aa  64.3  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1018  Peptidoglycan-binding LysM  57.14 
 
 		 149 aa  64.3  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2800  LysM domain/BON superfamily protein  57.14 
 
 		 149 aa  64.3  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2945  LysM domain/BON superfamily protein  57.14 
 
 		 149 aa  64.3  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1041  LysM domain/BON superfamily protein  57.14 
 
 		 149 aa  64.3  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2785  LysM domain/BON superfamily protein  57.14 
 
 		 149 aa  64.7  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267708 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3216  LysM domain/BON superfamily protein  57.14 
 
 		 149 aa  64.3  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3907  LysM domain/BON superfamily protein  57.14 
 
 		 149 aa  64.3  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.979345  normal  0.391605 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02485  hypothetical protein  57.14 
 
 		 149 aa  64.3  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  58.33 
 
 		 166 aa  63.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2992  LysM domain/BON superfamily protein  55.1 
 
 		 149 aa  62.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.021376 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2975  LysM domain/BON superfamily protein  55.1 
 
 		 149 aa  62.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.870465  normal  0.0673181 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2940  LysM domain/BON superfamily protein  55.1 
 
 		 149 aa  62.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.137331 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2908  LysM domain/BON superfamily protein  55.1 
 
 		 149 aa  62.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3097  LysM domain/BON superfamily protein  55.1 
 
 		 149 aa  62.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0952  LysM domain/BON superfamily protein  58.33 
 
 		 167 aa  60.8  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.954636  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0258  LysM domain/BON superfamily protein  49.15 
 
 		 146 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0155386 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  57.78 
 
 		 1051 aa  60.5  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0273  LysM domain/BON superfamily protein  49.15 
 
 		 146 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0283  LysM domain/BON superfamily protein  50.85 
 
 		 146 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4952  LysM domain/BON superfamily protein  49.15 
 
 		 150 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182933  hitchhiker  0.0000184292 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0233  peptidoglycan-binding LysM  45.45 
 
 		 242 aa  58.9  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0459  LysM domain/BON superfamily protein  46.55 
 
 		 168 aa  58.2  0.0000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2006  Peptidoglycan-binding LysM  54.17 
 
 		 154 aa  58.2  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899391  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2091  hypothetical protein  37.7 
 
 		 167 aa  56.6  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.314887  normal  0.895772 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2667  LysM domain/BON superfamily protein  46.55 
 
 		 158 aa  56.6  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000146101  normal  0.333538 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0518  LysM domain/BON superfamily protein  48.98 
 
 		 168 aa  55.8  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000100124  decreased coverage  0.00200043 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0302  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  41.79 
 
 		 155 aa  56.2  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0523  LysM domain/BON superfamily protein  48.98 
 
 		 168 aa  55.5  0.000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000072506  hitchhiker  0.00844539 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1039  LysM domain-containing protein  40.35 
 
 		 243 aa  55.8  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000199986  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  47.92 
 
 		 166 aa  55.1  0.000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2273  Peptidoglycan-binding LysM  40.98 
 
 		 546 aa  54.3  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000673972  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3277  lysM domain-containing protein  38.98 
 
 		 235 aa  52.4  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.914808  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  44.64 
 
 		 195 aa  53.1  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 		 395 aa  52.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3686  Peptidoglycan-binding LysM  43.33 
 
 		 97 aa  52.8  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  45.61 
 
 		 158 aa  52.8  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 		 364 aa  52.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  48.98 
 
 		 161 aa  52.4  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  45.59 
 
 		 163 aa  52.4  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0282  LysM domain/BON superfamily protein  48.94 
 
 		 146 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4943  LysM domain/BON superfamily protein  48 
 
 		 146 aa  51.6  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  46.3 
 
 		 185 aa  51.6  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1393  LysM domain/BON superfamily protein  48.15 
 
 		 156 aa  51.2  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4948  Peptidoglycan-binding LysM  51.06 
 
 		 153 aa  51.6  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  44.9 
 
 		 409 aa  51.2  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  44.68 
 
 		 388 aa  50.8  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  44.23 
 
 		 143 aa  50.4  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2211  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  40.35 
 
 		 500 aa  50.1  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00497018  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5404  LysM domain protein  46 
 
 		 146 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5181  LysM domain/BON superfamily protein  46.3 
 
 		 156 aa  50.4  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.556952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  44 
 
 		 334 aa  50.1  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6198  LysM domain/BON superfamily protein  46.3 
 
 		 156 aa  49.7  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0206564  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1881  LysM domain/BON superfamily protein  46.3 
 
 		 156 aa  49.7  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.168616  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1904  LysM domain/BON superfamily protein  46.3 
 
 		 156 aa  49.3  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169778 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  50 
 
 		 161 aa  49.3  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  50 
 
 		 161 aa  49.3  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1790  LysM domain/BON superfamily protein  46.15 
 
 		 156 aa  48.9  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2497  Curculin domain protein (mannose-binding) lectin  47.06 
 
 		 190 aa  48.5  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1818  LysM domain/BON superfamily protein  46.15 
 
 		 156 aa  48.5  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 		 360 aa  48.5  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3255  LysM domain/BON superfamily protein  45.1 
 
 		 157 aa  48.1  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 		 349 aa  48.1  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0549  Peptidoglycan-binding LysM  48.94 
 
 		 162 aa  48.1  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0533  peptidoglycan-binding LysM  48.94 
 
 		 162 aa  47.8  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.235675  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1297  transport-associated protein  48.94 
 
 		 156 aa  47.4  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.451371  normal  0.073309 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0425  peptidoglycan-binding LysM  40.91 
 
 		 334 aa  47  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0216464  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2427  LysM domain/BON superfamily protein  42.55 
 
 		 156 aa  46.2  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2167  LysM domain/BON superfamily protein  42.55 
 
 		 156 aa  45.8  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.420767  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1611  peptidoglycan-binding LysM  40.91 
 
 		 334 aa  46.6  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000139366  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>