158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4948 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4948  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 153 aa  305  1.0000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1297  transport-associated protein  69.87 
 
 		 156 aa  219  8e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.451371  normal  0.073309 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0533  peptidoglycan-binding LysM  63.75 
 
 		 162 aa  206  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.235675  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0549  Peptidoglycan-binding LysM  63.75 
 
 		 162 aa  204  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  60.74 
 
 		 163 aa  195  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5181  LysM domain/BON superfamily protein  60.13 
 
 		 156 aa  170  7.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.556952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1393  LysM domain/BON superfamily protein  59.48 
 
 		 156 aa  169  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6198  LysM domain/BON superfamily protein  59.48 
 
 		 156 aa  167  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0206564  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1881  LysM domain/BON superfamily protein  59.48 
 
 		 156 aa  167  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.168616  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1818  LysM domain/BON superfamily protein  60.13 
 
 		 156 aa  167  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1904  LysM domain/BON superfamily protein  58.82 
 
 		 156 aa  166  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169778 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1790  LysM domain/BON superfamily protein  60.13 
 
 		 156 aa  167  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  56.71 
 
 		 185 aa  165  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2667  LysM domain/BON superfamily protein  52.87 
 
 		 158 aa  156  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000146101  normal  0.333538 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  60 
 
 		 158 aa  155  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0952  LysM domain/BON superfamily protein  50.61 
 
 		 167 aa  148  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.954636  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  51.83 
 
 		 166 aa  146  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  51.83 
 
 		 195 aa  145  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  53.09 
 
 		 161 aa  144  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  51.85 
 
 		 161 aa  144  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2427  LysM domain/BON superfamily protein  53.59 
 
 		 156 aa  142  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2167  LysM domain/BON superfamily protein  54.25 
 
 		 156 aa  142  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.420767  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2264  LysM domain/BON superfamily protein  53.59 
 
 		 156 aa  142  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.189234  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2304  LysM domain/BON superfamily protein  53.59 
 
 		 156 aa  142  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  51.85 
 
 		 160 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68400  LysM domain/BON superfamily protein  51.61 
 
 		 145 aa  138  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00863438  normal  0.536726 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  50 
 
 		 161 aa  136  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2006  Peptidoglycan-binding LysM  54.19 
 
 		 154 aa  135  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899391  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0459  LysM domain/BON superfamily protein  45.18 
 
 		 168 aa  135  2e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5918  LysM domain/BON superfamily protein  50.32 
 
 		 145 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0283  LysM domain/BON superfamily protein  49.67 
 
 		 146 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  46.06 
 
 		 166 aa  134  4e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02521  hypothetical protein  46.79 
 
 		 149 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1018  Peptidoglycan-binding LysM  46.79 
 
 		 149 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3907  LysM domain/BON superfamily protein  46.79 
 
 		 149 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.979345  normal  0.391605 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3216  LysM domain/BON superfamily protein  46.79 
 
 		 149 aa  133  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02485  hypothetical protein  46.79 
 
 		 149 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2800  LysM domain/BON superfamily protein  46.79 
 
 		 149 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2945  LysM domain/BON superfamily protein  46.79 
 
 		 149 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2836  LysM domain/BON superfamily protein  49.02 
 
 		 148 aa  133  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00380861 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1041  LysM domain/BON superfamily protein  46.79 
 
 		 149 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2785  LysM domain/BON superfamily protein  46.79 
 
 		 149 aa  132  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267708 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  49.67 
 
 		 143 aa  131  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4952  LysM domain/BON superfamily protein  48.37 
 
 		 150 aa  131  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182933  hitchhiker  0.0000184292 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2908  LysM domain/BON superfamily protein  46.15 
 
 		 149 aa  130  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2975  LysM domain/BON superfamily protein  46.15 
 
 		 149 aa  130  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.870465  normal  0.0673181 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2992  LysM domain/BON superfamily protein  46.15 
 
 		 149 aa  130  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.021376 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3097  LysM domain/BON superfamily protein  46.15 
 
 		 149 aa  130  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2940  LysM domain/BON superfamily protein  46.15 
 
 		 149 aa  130  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.137331 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0258  LysM domain/BON superfamily protein  47.71 
 
 		 146 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0155386 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0273  LysM domain/BON superfamily protein  47.71 
 
 		 146 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5404  LysM domain protein  48.37 
 
 		 146 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4943  LysM domain/BON superfamily protein  48.37 
 
 		 146 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0302  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  47.13 
 
 		 155 aa  127  8.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0518  LysM domain/BON superfamily protein  41.07 
 
 		 168 aa  125  3e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000100124  decreased coverage  0.00200043 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0523  LysM domain/BON superfamily protein  41.07 
 
 		 168 aa  124  5e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000072506  hitchhiker  0.00844539 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0282  LysM domain/BON superfamily protein  49.02 
 
 		 146 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3255  LysM domain/BON superfamily protein  38.65 
 
 		 157 aa  97.8  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4237  peptidoglycan-binding LysM  47.46 
 
 		 1910 aa  69.3  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.618664  normal  0.182755 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  60 
 
 		 219 aa  65.9  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3686  Peptidoglycan-binding LysM  57.45 
 
 		 97 aa  66.2  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0233  peptidoglycan-binding LysM  36.84 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0972  peptidoglycan-binding LysM  34.48 
 
 		 546 aa  56.2  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2273  Peptidoglycan-binding LysM  48.39 
 
 		 546 aa  55.5  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000673972  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 552 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4742  peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 511 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 511 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.263437 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0285  peptidoglycan-binding LysM  41.18 
 
 		 1095 aa  53.9  0.0000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  44.68 
 
 		 451 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0939  peptidoglycan-binding LysM  46.81 
 
 		 309 aa  53.5  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.013426  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  47.27 
 
 		 651 aa  52.8  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  44.68 
 
 		 439 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0553  peptidoglycan-binding LysM  42.55 
 
 		 428 aa  52  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0441  LysM domain-containing protein  40.43 
 
 		 404 aa  51.6  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21565  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  47.92 
 
 		 334 aa  51.6  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0448  LysM domain-containing protein  40.43 
 
 		 404 aa  51.6  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2328  peptidoglycan-binding LysM  35.29 
 
 		 234 aa  50.4  0.000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000346433  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1474  hypothetical protein  42.55 
 
 		 663 aa  50.1  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.234073  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  41.67 
 
 		 405 aa  50.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1930  peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 503 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1487  peptidoglycan-binding LysM  39.22 
 
 		 425 aa  49.7  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0490  peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 		 291 aa  49.3  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000860962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3586  peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 352 aa  49.7  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0589826  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0628  peptidoglycan-binding LysM  39.22 
 
 		 302 aa  48.9  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0721  peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 572 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1358  peptidoglycan-binding LysM  43.14 
 
 		 230 aa  48.5  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000598649  hitchhiker  5.9516e-20 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 		 234 aa  48.1  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4719  peptidoglycan-binding LysM  46.3 
 
 		 1079 aa  48.1  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2497  Curculin domain protein (mannose-binding) lectin  44.9 
 
 		 190 aa  47.4  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2195  peptidoglycan-binding LysM  40.38 
 
 		 238 aa  47  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000396131  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1024  Peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 680 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0999741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0991  peptidoglycan-binding LysM  38.3 
 
 		 339 aa  46.2  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0156975  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1176  Peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 676 aa  47  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0861609  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2795  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  45.45 
 
 		 233 aa  47  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.683971  normal  0.0904413 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2688  peptidoglycan-binding LysM  36.36 
 
 		 361 aa  46.2  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00047104  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26580  LysM domain-containing protein  38.18 
 
 		 219 aa  46.2  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0191471  normal  0.545642 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1766  hypothetical protein  40.43 
 
 		 531 aa  47  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.905557  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0018  LysM domain-containing protein  42.86 
 
 		 166 aa  45.8  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00000000125361  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  43.4 
 
 		 390 aa  45.8  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  40.98 
 
 		 1051 aa  46.2  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>