134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0721 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0721  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 572 aa  1128    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1176  Peptidoglycan-binding LysM  46.46 
 
 		 676 aa  398  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0861609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1024  Peptidoglycan-binding LysM  46.07 
 
 		 680 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0999741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1474  hypothetical protein  44.03 
 
 		 663 aa  369  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.234073  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0553  peptidoglycan-binding LysM  39.94 
 
 		 428 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0972  peptidoglycan-binding LysM  34.99 
 
 		 546 aa  187  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0441  LysM domain-containing protein  46.47 
 
 		 404 aa  178  3e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21565  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0448  LysM domain-containing protein  45.64 
 
 		 404 aa  173  9e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  31.64 
 
 		 451 aa  97.8  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1112  peptidoglycan-binding LysM  30.65 
 
 		 322 aa  97.8  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3586  peptidoglycan-binding LysM  31.58 
 
 		 352 aa  90.5  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0589826  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  30.3 
 
 		 405 aa  90.1  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4742  peptidoglycan-binding LysM  29.71 
 
 		 511 aa  87.8  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1930  peptidoglycan-binding LysM  30.77 
 
 		 503 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  30.45 
 
 		 511 aa  86.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.263437 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0991  peptidoglycan-binding LysM  27.41 
 
 		 339 aa  85.1  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0156975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1910  peptidoglycan-binding LysM  27.74 
 
 		 382 aa  81.6  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  31.12 
 
 		 439 aa  80.5  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2688  peptidoglycan-binding LysM  28.69 
 
 		 361 aa  80.5  0.00000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00047104  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  63.27 
 
 		 552 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1766  hypothetical protein  52.94 
 
 		 531 aa  68.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.905557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  43.08 
 
 		 651 aa  67.4  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2193  peptidoglycan-binding LysM  34.18 
 
 		 521 aa  63.2  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.81786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2695  peptidoglycan-binding protein  43.33 
 
 		 440 aa  61.6  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1869  peptidoglycan-binding LysM  39.78 
 
 		 367 aa  62  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1352  peptidoglycan-binding LysM  43.33 
 
 		 440 aa  61.6  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.47776  normal  0.0441198 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  48.98 
 
 		 1051 aa  55.8  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  44.44 
 
 		 166 aa  55.1  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0233  peptidoglycan-binding LysM  41.51 
 
 		 242 aa  55.1  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2006  Peptidoglycan-binding LysM  38.03 
 
 		 154 aa  55.1  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899391  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  50 
 
 		 390 aa  54.7  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 		 395 aa  54.3  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 		 364 aa  53.9  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02521  hypothetical protein  44.9 
 
 		 149 aa  52.8  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1018  Peptidoglycan-binding LysM  44.9 
 
 		 149 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0258  LysM domain/BON superfamily protein  39.66 
 
 		 146 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0155386 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1039  LysM domain-containing protein  42.19 
 
 		 243 aa  52.8  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000199986  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 		 195 aa  52.8  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0273  LysM domain/BON superfamily protein  39.66 
 
 		 146 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3255  LysM domain/BON superfamily protein  42 
 
 		 157 aa  52.4  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2800  LysM domain/BON superfamily protein  44.9 
 
 		 149 aa  52.8  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2945  LysM domain/BON superfamily protein  44.9 
 
 		 149 aa  52.8  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02485  hypothetical protein  44.9 
 
 		 149 aa  52.8  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0283  LysM domain/BON superfamily protein  46 
 
 		 146 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1041  LysM domain/BON superfamily protein  44.9 
 
 		 149 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2785  LysM domain/BON superfamily protein  44.9 
 
 		 149 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267708 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4952  LysM domain/BON superfamily protein  39.66 
 
 		 150 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182933  hitchhiker  0.0000184292 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3216  LysM domain/BON superfamily protein  44.9 
 
 		 149 aa  52.8  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3907  LysM domain/BON superfamily protein  44.9 
 
 		 149 aa  52.8  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.979345  normal  0.391605 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1342  peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 		 389 aa  51.6  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.779699  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0302  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  40.43 
 
 		 155 aa  51.2  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  38.3 
 
 		 166 aa  51.2  0.00005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0952  LysM domain/BON superfamily protein  42.59 
 
 		 167 aa  50.8  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.954636  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2273  Peptidoglycan-binding LysM  37.93 
 
 		 546 aa  50.8  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000673972  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2992  LysM domain/BON superfamily protein  36.49 
 
 		 149 aa  50.8  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.021376 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2975  LysM domain/BON superfamily protein  36.49 
 
 		 149 aa  50.8  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.870465  normal  0.0673181 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2940  LysM domain/BON superfamily protein  36.49 
 
 		 149 aa  50.8  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.137331 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2908  LysM domain/BON superfamily protein  36.49 
 
 		 149 aa  50.8  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3097  LysM domain/BON superfamily protein  36.49 
 
 		 149 aa  50.8  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2091  hypothetical protein  28.07 
 
 		 167 aa  50.4  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.314887  normal  0.895772 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  38.89 
 
 		 349 aa  49.7  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0459  LysM domain/BON superfamily protein  26.43 
 
 		 168 aa  50.4  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3142  spore coat assembly protein SafA  47.92 
 
 		 674 aa  50.1  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.104035  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2836  LysM domain/BON superfamily protein  37.14 
 
 		 148 aa  50.1  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00380861 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  47.73 
 
 		 388 aa  49.3  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0939  peptidoglycan-binding LysM  43.14 
 
 		 309 aa  49.3  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.013426  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5918  LysM domain/BON superfamily protein  42 
 
 		 145 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  44.68 
 
 		 394 aa  49.3  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  38.78 
 
 		 377 aa  48.9  0.0002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1313  hypothetical protein  34.75 
 
 		 969 aa  48.5  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.489713 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0523  LysM domain/BON superfamily protein  41.67 
 
 		 168 aa  48.5  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000072506  hitchhiker  0.00844539 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  46.67 
 
 		 377 aa  48.5  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  42.55 
 
 		 161 aa  48.5  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0518  LysM domain/BON superfamily protein  41.67 
 
 		 168 aa  48.9  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000100124  decreased coverage  0.00200043 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  36.84 
 
 		 185 aa  48.5  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  42.55 
 
 		 161 aa  48.5  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1623  Peptidoglycan-binding LysM  42.47 
 
 		 232 aa  48.5  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000375126  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1358  peptidoglycan-binding LysM  48.98 
 
 		 230 aa  48.1  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000598649  hitchhiker  5.9516e-20 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4948  Peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 153 aa  48.5  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  42.55 
 
 		 158 aa  48.5  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0549  Peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 162 aa  47.8  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  44.9 
 
 		 334 aa  48.1  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2427  LysM domain/BON superfamily protein  43.18 
 
 		 156 aa  47.8  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68400  LysM domain/BON superfamily protein  40 
 
 		 145 aa  47.8  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00863438  normal  0.536726 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0533  peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 162 aa  47.8  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.235675  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2264  LysM domain/BON superfamily protein  43.18 
 
 		 156 aa  47.8  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.189234  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2304  LysM domain/BON superfamily protein  43.18 
 
 		 156 aa  47.8  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2167  LysM domain/BON superfamily protein  43.18 
 
 		 156 aa  47.8  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.420767  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  43.18 
 
 		 358 aa  47.8  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3277  lysM domain-containing protein  44 
 
 		 235 aa  47.4  0.0007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.914808  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  38.98 
 
 		 163 aa  47.4  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1297  transport-associated protein  40.43 
 
 		 156 aa  47.4  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.451371  normal  0.073309 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4237  peptidoglycan-binding LysM  45.45 
 
 		 1910 aa  47.4  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.618664  normal  0.182755 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  44.44 
 
 		 343 aa  47.4  0.0008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5181  LysM domain/BON superfamily protein  40.43 
 
 		 156 aa  47  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.556952  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2211  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  42.22 
 
 		 500 aa  46.6  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00497018  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6198  LysM domain/BON superfamily protein  40.43 
 
 		 156 aa  46.6  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0206564  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1881  LysM domain/BON superfamily protein  40.43 
 
 		 156 aa  46.6  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.168616  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  41.67 
 
 		 143 aa  46.6  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>