128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3861 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 409 aa  820    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  69.08 
 
 		 408 aa  541  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  67.88 
 
 		 430 aa  531  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  64.04 
 
 		 405 aa  489  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  62.07 
 
 		 417 aa  456  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  58.78 
 
 		 426 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  58.27 
 
 		 419 aa  435  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  53.21 
 
 		 420 aa  419  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  54.62 
 
 		 401 aa  412  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  50.67 
 
 		 394 aa  357  2.9999999999999997e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  50.25 
 
 		 387 aa  353  4e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  45.94 
 
 		 395 aa  305  8.000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  45.94 
 
 		 364 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  44.23 
 
 		 390 aa  301  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  45.33 
 
 		 388 aa  298  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  41.84 
 
 		 358 aa  286  5e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  38.34 
 
 		 343 aa  251  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  41.01 
 
 		 350 aa  245  8e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  40.29 
 
 		 349 aa  243  3e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  33.66 
 
 		 403 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  37.75 
 
 		 383 aa  208  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  39.77 
 
 		 341 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  39.49 
 
 		 341 aa  206  6e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  35.25 
 
 		 352 aa  205  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  38.25 
 
 		 345 aa  202  7e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  37.32 
 
 		 338 aa  200  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  38.92 
 
 		 341 aa  196  8.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  35.56 
 
 		 345 aa  195  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  37.5 
 
 		 341 aa  194  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  38.78 
 
 		 341 aa  192  7e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  39.06 
 
 		 341 aa  192  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  35.59 
 
 		 338 aa  179  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  35.13 
 
 		 345 aa  177  4e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  34.34 
 
 		 389 aa  176  5e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  34.56 
 
 		 345 aa  172  7.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  33.88 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  31.41 
 
 		 377 aa  157  3e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  31.32 
 
 		 393 aa  155  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  31.93 
 
 		 349 aa  149  7e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  31.93 
 
 		 349 aa  149  7e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  30.35 
 
 		 374 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  28.84 
 
 		 368 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  29.75 
 
 		 360 aa  143  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  30.47 
 
 		 377 aa  143  7e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  30.14 
 
 		 353 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  28.03 
 
 		 378 aa  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  27.84 
 
 		 361 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  30.65 
 
 		 391 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  28.38 
 
 		 376 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000235775 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  28.38 
 
 		 376 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  29.73 
 
 		 365 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  28.38 
 
 		 376 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  28.11 
 
 		 374 aa  133  5e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243599 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  27.84 
 
 		 374 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  28.92 
 
 		 369 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  27.84 
 
 		 374 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  28.11 
 
 		 376 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  28.41 
 
 		 364 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  31.19 
 
 		 377 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  28.8 
 
 		 362 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  29.57 
 
 		 367 aa  127  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  30.35 
 
 		 346 aa  126  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  28.64 
 
 		 366 aa  125  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  27.86 
 
 		 364 aa  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  28.35 
 
 		 440 aa  121  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  28.38 
 
 		 440 aa  120  6e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  27.84 
 
 		 369 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  27.98 
 
 		 367 aa  119  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  28.11 
 
 		 440 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  31.03 
 
 		 384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  31.07 
 
 		 384 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  28.06 
 
 		 435 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  27.42 
 
 		 359 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  27.45 
 
 		 339 aa  102  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  26.21 
 
 		 331 aa  99  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  29.6 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  27.32 
 
 		 340 aa  97.4  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000027016  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  26.61 
 
 		 333 aa  96.7  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000322112  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  28.67 
 
 		 394 aa  94.7  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000201658  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2866  hypothetical protein  30.85 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  26.78 
 
 		 333 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000030411  hitchhiker  0.00000000000323717 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  25.91 
 
 		 429 aa  83.2  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  25.09 
 
 		 338 aa  70.1  0.00000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  24.4 
 
 		 335 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  44.83 
 
 		 439 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1910  peptidoglycan-binding LysM  46 
 
 		 382 aa  53.1  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  46 
 
 		 451 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  44.9 
 
 		 651 aa  51.2  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  43.14 
 
 		 161 aa  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4742  peptidoglycan-binding LysM  34.92 
 
 		 511 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  36.36 
 
 		 552 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0972  peptidoglycan-binding LysM  37.7 
 
 		 546 aa  48.1  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2328  peptidoglycan-binding LysM  38.46 
 
 		 234 aa  48.1  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000346433  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  32.88 
 
 		 219 aa  48.5  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1358  peptidoglycan-binding LysM  42.37 
 
 		 230 aa  47.8  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000598649  hitchhiker  5.9516e-20 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  42.86 
 
 		 405 aa  47.8  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  45.65 
 
 		 161 aa  47.4  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 511 aa  47  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.263437 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  45.65 
 
 		 161 aa  47.4  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0553  peptidoglycan-binding LysM  32.14 
 
 		 428 aa  46.6  0.0008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>